目的基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法探討、篩選經(jīng)典名方逍遙散治療糖尿病的可能通路、靶點(diǎn)、成分。方法利用TCMSP、TCMIP、Drugbank、TTD等數(shù)據(jù)庫檢索成分、靶點(diǎn)信息,并進(jìn)行Cytoscape分析;利用String數(shù)據(jù)庫進(jìn)行蛋白互作分析,利用ClueGO進(jìn)行GO等數(shù)據(jù)庫信息富集,并以AutodockVina進(jìn)行分子對接驗(yàn)證。結(jié)果檢索得到逍遙散394個可能的活性成分和558個成分靶點(diǎn),糖尿病相關(guān)靶點(diǎn)4 963個,靶點(diǎn)取交集后得到359個靶點(diǎn),在Cytoscape進(jìn)行分析并按Degree排序后取前10個靶點(diǎn)。按Degree、Average Shortest Path Length、Betweenness Centrality和Closeness Centrality排序后各取排名靠前的一半數(shù)據(jù)得到325個靶點(diǎn),在String數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行檢索利用Cytoscape分析,取Degree大于100的靶點(diǎn),與中藥-成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)分析中的10個靶點(diǎn)去重合并后得到21個靶點(diǎn),對這21個靶點(diǎn)進(jìn)行分子對接驗(yàn)證和GO、KEGG、REACTOME數(shù)據(jù)庫檢索分析。結(jié)論篩選出8個潛在活性結(jié)構(gòu),利用分子對接在21個潛在... 

【文章來源】：現(xiàn)代藥物與臨床. 2020,35(09)

【文章頁數(shù)】：12 頁

【部分圖文】：

0 與逍遙散成分對接能小于對照藥的蛋白個數(shù)排序前8的結(jié)構(gòu)3D圖

將8味中藥、394個成分、359個靶點(diǎn)在Cytoscape中進(jìn)行分析、做圖。由圖1可見，8味中藥的成分和相關(guān)靶點(diǎn)比較多，存在比較復(fù)雜的關(guān)系。在數(shù)據(jù)處理過程中發(fā)現(xiàn)，部分結(jié)構(gòu)如在TCMIP庫中檢索到的Dimethyl Camphorate，數(shù)據(jù)庫顯示成藥性為“好”，但是并沒給出相應(yīng)靶點(diǎn)，為了避免錯漏可能有活性的結(jié)構(gòu)，在后續(xù)研究中利用Autodock Vina對所有結(jié)構(gòu)和篩選出的關(guān)鍵靶點(diǎn)進(jìn)行了分子對接。對數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，中藥相關(guān)參數(shù)按自由度（Degree）排序后如表1所示，甘草Degree最大，預(yù)示其可能的活性成分?jǐn)?shù)量最多。同時接近中心性（Closeness Centrality）很大、平均最短路徑長度（Average Shortest Path Length）很小，說明其在網(wǎng)絡(luò)中可能非常重要。當(dāng)歸介數(shù)（Betweenness Centrality）很大，說明其可能也在本方劑中起著非常重要的作用。對Cytoscape處理結(jié)果中的靶點(diǎn)部分，按Degree由大到小排序后前10個靶點(diǎn)如表2所示。分別對自由度、平均最短路徑長度、介數(shù)、接近中心性按值大小排序后，各取排名靠前的一半得到4份數(shù)據(jù)，然后對得到的結(jié)果取交集得到4個參數(shù)排名都比較靠前的325個靶點(diǎn)用于String數(shù)據(jù)庫分析。

對藥物–成分–靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)分析中篩出的10個靶點(diǎn)和String蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析中篩出的13個靶點(diǎn)取交集得到2個靶點(diǎn)ESR1、PTGS2，其在藥物–成分–靶點(diǎn)和蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)中都起重要作用，預(yù)示這2個靶點(diǎn)可能起著非常關(guān)鍵的作用。圖3 325個靶點(diǎn)的Degree分布

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]基于糞便代謝組學(xué)技術(shù)的逍遙散抗抑郁作用機(jī)制研究[J]. 呂夢,王雅澤,趙迪,趙思俊,李順勇,秦雪梅,劉曉節(jié).  中草藥. 2020(13)
[2]西藥聯(lián)合中藥湯劑治療糖尿病并發(fā)癥的臨床進(jìn)展綜述[J]. 李貽,張鵬敏,賀君.  糖尿病新世界. 2020(05)
[3]逍遙散對抑郁大鼠的行為學(xué)及抗氧化作用的影響[J]. 羅杰,劉小波,呂紅君,楊清鑫,駱燕欽,曾南,劉蓉.  中成藥. 2019(12)
[4]逍遙散及其化裁方臨床應(yīng)用進(jìn)展[J]. 曹旭焱,張少強(qiáng),劉巖.  河南中醫(yī). 2019(11)
[5]逍遙散含藥血清影響RIN-m5f細(xì)胞活性及胰島素分泌的機(jī)制探討[J]. 陳歡,張銘珈,倪慧,朱艷芳,敖海清.  中藥新藥與臨床藥理. 2019(06)
[6]逍遙散治療糖尿病合并抑郁癥的療效觀察[J]. 劉加河,洪冠宇,紀(jì)春敏,鄭曉軍.  糖尿病新世界. 2018(10)
[7]逍遙散在2型糖尿病治療中的應(yīng)用及有效性探究[J]. 丁華君.  臨床醫(yī)藥文獻(xiàn)電子雜志. 2018(12)



本文編號：3124790