目的對2016年長沙地區(qū)一起由GⅡ型諾如病毒引起的急性胃腸炎暴發(fā)疫情致病原進行全基因組序列測定,掌握其基因類型、分子進化特征和抗原重組情況。方法提取疫情中患者糞便標本的總RNA,反轉(zhuǎn)錄成cDNA,PCR擴增病毒全基因組并采用Sanger法測序,比對拼接后獲得病毒全基因組序列;通過BLAST比對和諾如病毒在線分型工具（typing online tool）確定其基因型別;從GenBank中下載GⅡ型諾如病毒參考序列,采用DNA Star軟件進行序列多序列比對和同源性分析,繪制系統(tǒng)遺傳進化樹,基因重組特征分析采用SimPlot軟件。結(jié)果通過一代測序獲得病毒基因組序列長7 491 bp,有3個開放閱讀框（ORF）,長度分別為5 100 bp,1 647 bp,765 bp。多序列比對和同源分析發(fā)現(xiàn)ORF1區(qū)與GⅡ.P12型代表株同源性最高,VP1區(qū)則與GⅡ.3型同源性最高;因此,將該毒株命名為Hu/GⅡ.P12-GⅡ.3/CS02/2016/CHN。分子遺傳進化分析顯示其與中國其他地區(qū)如北京、上海、廣東等地流行的GⅡ.P12-GⅡ.3重組型諾如病毒親緣關(guān)系最為接近。抗原重組分析發(fā)現(xiàn)Hu/GⅡ... 

【文章來源】：現(xiàn)代預(yù)防醫(yī)學. 2019,46(19)北大核心

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長沙Hu/GII.P12－GII.3/CS02/2016/CHN諾如病毒株全基因組序列的重組分析

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3126293