【摘要】：目的:基于GEO數(shù)據(jù)庫(kù),我們尋找在子宮頸鱗狀上皮內(nèi)病變進(jìn)展過(guò)程中關(guān)鍵基因和通路的改變,用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)驗(yàn)證得到的關(guān)鍵基因并在宮頸癌中進(jìn)一步探究其和FIGO分期的關(guān)系。方法:從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載GSE63514、GSE27678、GSE7803三個(gè)數(shù)據(jù)集的基因表達(dá)譜數(shù)據(jù),用標(biāo)準(zhǔn)化流程處理數(shù)據(jù)。對(duì)不同分組的子宮頸病變進(jìn)行異質(zhì)性分析。利用生物信息學(xué)方法篩選宮頸病變進(jìn)展過(guò)程中關(guān)鍵基因和通路。分析關(guān)鍵基因表達(dá)和宮頸病變程度的關(guān)系并利用既往項(xiàng)目轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行驗(yàn)證。分析關(guān)鍵基因的表達(dá)和宮頸癌FIGO分期的關(guān)系。結(jié)果:子宮頸病變異質(zhì)性分析顯示:當(dāng)子宮頸病變進(jìn)展到宮頸癌時(shí),異質(zhì)性顯著增加�；诓町惐磉_(dá)基因的KEGG通路富集分析顯示:IL-17信號(hào)通路可能是宮頸病變惡性進(jìn)展中的重要通路;MAPK信號(hào)通路可能和子宮頸鱗狀上皮內(nèi)病變的發(fā)生相關(guān)。蛋白網(wǎng)絡(luò)互作分析及關(guān)鍵基因篩選,共得到AURKA、TOP2A、CEP55和RFC4四個(gè)核心基因(Hub Gene)。Hub基因表達(dá)量和宮頸病變程度呈正相關(guān),轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)驗(yàn)證得到相同的結(jié)果。Hub基因的表達(dá)和宮頸癌FIGO分期的關(guān)系分析顯示:Hub基因在不同F(xiàn)IGO分期的宮頸癌組織中表達(dá)均無(wú)顯著差異。結(jié)論:AURKA、TOP2A、CEP55和RFC4與子宮頸病變惡性進(jìn)展有密切關(guān)系,其可能為宮頸癌的治療靶點(diǎn)、宮頸病變?cè)\斷分子標(biāo)志物�；蛞部捎脕�(lái)預(yù)測(cè)LSIL惡性進(jìn)展概率,提高宮頸癌篩查的準(zhǔn)確性。
【圖文】：

7圖 2-1 實(shí)驗(yàn)總體設(shè)計(jì)流程2.2.1 基因芯片數(shù)據(jù)下載及質(zhì)控利用Bioconductor的GEOquery[14]包從NCBI的GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載GSE63514、GSE27678 和 GSE7803 的“series matrix files”。其中 GSE63514 和 GSE27678 數(shù)據(jù)已經(jīng)用 RMA（Robust MultichipAverage）算法標(biāo)準(zhǔn)化，GSE7803 數(shù)據(jù)已做分位數(shù)標(biāo)準(zhǔn)化（quantiles）。用 hgu133plus2.db、hgu133a2.db 和 hgu133a.db 分別注釋以上三個(gè)數(shù)據(jù)集的基因芯片。當(dāng)多個(gè)探針對(duì)應(yīng)一個(gè)基因時(shí)，則取該數(shù)據(jù)集內(nèi)所有芯片平均表達(dá)量最大的探針作為該基因的表達(dá)量。
【學(xué)位授予單位】：華中科技大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號(hào)】：R737.33

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)博士學(xué)位論文 前1條

1 馬玉花;極光激酶A對(duì)宮頸鱗狀細(xì)胞癌的影響及其機(jī)制研究[D];新疆醫(yī)科大學(xué);2017年

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本文編號(hào)：2610583