為了鑒定和分析五指山豬背部和腹部皮下脂肪組織中差異表達(dá)的長鏈非編碼RNA(long noncoding RNA, lncRNA)和信使RNA(messenger RNA, mRNA),采用RNA-Seq和生物信息學(xué)方法對五指山豬皮下脂肪組織中的lncRNA和mRNA進(jìn)行分析篩選,運(yùn)用DESeq鑒定背部和腹部皮下脂肪組織中差異表達(dá)的lncRNA和mRNA,并對差異表達(dá)的lncRNA進(jìn)行靶基因預(yù)測分析。結(jié)果顯示:在五指山豬皮下脂肪組織中共鑒定出12 875個(gè)lncRNA,其中正義型10 155個(gè)、反義型278個(gè)、內(nèi)含子型246個(gè)、基因間型2 196個(gè);在背部與腹部皮下脂肪間,存在184個(gè)差異表達(dá)的mRNA,其中前十位分別是ZIC1、ZIC4、HAND2、CCBE1、RPH3A、ISM1、ANXA8、SLITRK4、DSG2、EVPL,存在45個(gè)差異表達(dá)的lncRNA,其中6個(gè)只在背部皮下脂肪中表達(dá)、18個(gè)只在腹部皮下脂肪中表達(dá);獲得差異表達(dá)lncRNA的靶基因共109個(gè),包括順式作用的靶基因和反式作用的靶基因。本試驗(yàn)為進(jìn)一步研究lncRNA和mRNA調(diào)控豬皮下脂肪發(fā)育的分子機(jī)制提供科學(xué)依據(jù)...

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【部分圖文】：

圖3 五指山豬皮下脂肪lncRNA和mRNA的特征

熱圖結(jié)果顯示,不同部位皮下脂肪的lncRNA和mRNA存在明顯差別;同一部位脂肪組織的3個(gè)生物學(xué)樣本,重復(fù)性較好(圖4)。表2脂肪組織間差異表達(dá)的lncRNA和mRNA比對的樣品RNA的種類差異表達(dá)總數(shù)上調(diào)數(shù)目下調(diào)數(shù)目背部皮下脂肪VS腹部皮下脂肪lncRNA45....

圖4 差異表達(dá)lncRNA和mRNA的熱圖

表3差異倍數(shù)絕對值前10位的差異表達(dá)基因比對的樣品基因編號差異倍數(shù)基因名稱上調(diào)/下調(diào)背部皮下脂肪VS腹部皮下脂肪ENSSSCG00000011692-8.65359824964755ZIC1下調(diào)ENSSSCG00000011693-8.018398099....

圖1 4種分析軟件鑒定lncRNA的維恩圖

通過測序后篩選,在五指山豬脂肪組織樣品中共鑒定出12875個(gè)lncRNA(圖1)。依據(jù)lncRNA和蛋白編碼基因間的位置關(guān)系,可以將lncRNA分為4種類型,分別是正義型(Sense)、反義型(Antisense)、內(nèi)含子型(Intronic)和基因間型(Intergenic)....

圖2 lncRNA的分類圖

依據(jù)lncRNA和蛋白編碼基因間的位置關(guān)系,可以將lncRNA分為4種類型,分別是正義型(Sense)、反義型(Antisense)、內(nèi)含子型(Intronic)和基因間型(Intergenic)。在檢測的五指山豬脂肪組織中,SenselncRNA有10155個(gè)、Antise....

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