為了適應高海拔地區(qū)的極端環(huán)境,高原動物進化出了一些典型的解剖學和生理學特征,包括更大的肺臟和心臟、遲鈍的缺氧性肺血管收縮、更大的血流量以及更強的代謝能力。近年來,高海拔適應性機制這個有趣的生物學問題吸引了包括生理學家、遺傳學家等研究人員的關注。人們在形態(tài)學、解剖學、血液學、生理學和基因組學等層面對高海拔適應性機制展開了大量研究,但少有研究關注小RNA在高海拔適應性中的作用,特別是microRNAs在高海拔適應性中的多物種比較分析。為了揭示農(nóng)業(yè)動物高海拔適應的分子機制,本研究利用小RNA轉(zhuǎn)錄組測序手段獲得了四個典型農(nóng)業(yè)動物高低海拔群體的小RNA轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),試圖探討四個動物在高海拔適應過程中miRNA參與機制的相似性,主要研究結(jié)果如下:（1）收集了雞、豬、牛和綿羊四個物種的高低海拔動物,每個群體三個生物學重復,采集心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟和肌肉六個組織。對141個樣本本進行了小RNA文庫的構建和測序,共獲得1.68 Gb的原始數(shù)據(jù),平均每個樣本11.90 Mb。經(jīng)過過濾,每個樣本平均產(chǎn)生11.41 Mb的高質(zhì)量數(shù)據(jù);使用miRDeep2軟件,在四個物種中分別鑒定了數(shù)量從323到596個... 

【文章來源】：四川農(nóng)業(yè)大學四川省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：121 頁

【學位級別】：博士

【部分圖文】：

小RNA文庫構建實驗流程

圖 2. Orthologue 鑒定流程Figure 2. Workflow of orthologue identification成份分析（Principal Variance Component Analysis, PVC析使用 R 包里面的 pvca 軟件完成：ductor.org/packages/release/bioc/html/pvca.html。iRNA 鑒定、靶基因預測及功能富集分析 edgeR 軟件對特定物種和組織內(nèi)部高低海拔群體樣本之鑒定。當校正后的 P 值≤ 0.05 時，我們鑒定此 miRNA的 miRNA�？煽康� miRNA 靶基因，我們使用基于序列匹配的軟件 T分析對 miRNA 進行了靶基因的鑒定。各個物種基因的 3le 91.0 Biomart 數(shù)據(jù)庫中下載。我們首先使用 Targetsc

圖 3. pSilencer 3.1-H1 neo 載體質(zhì)粒結(jié)構圖（引自 Thermo Fisher Scientific 公司 3. The structure of pSilencer 3.1-H1 neo vector （quoted from Thermo Fisher Scien用NEB公司的T4連接酶將合成的黃牛和牦牛前體序列與線性pSilenc連接形成環(huán)狀重組質(zhì)粒，連接反應體系與反應程序如表 8。然后使用司的 Top10 感受態(tài)細胞，將重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)化到感受態(tài)細胞內(nèi)。表 8. 連接反應體系Table 8. Reaction system of coupled reaction試劑 用量T4 連接酶 Buffer 2 μLT4 連接酶 1 μL載體（pSilencer 3.1-H1 neo） 1 μL目的片段（Pri-miR-378）H2O3 μL13 μL


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