目的 構(gòu)建胃癌相關(guān)競爭內(nèi)源性RNA（ceRNA）網(wǎng)絡(luò),探索胃癌發(fā)生、發(fā)展的分子機制。方法 應用生物芯片技術(shù)測定胃癌及對應癌旁組織的信使RNA（mRNA）、微小RNA（miRNA）和長鏈非編碼RNA（lncRNA）表達譜,應用R軟件中的edgeR包篩選差異表達基因并繪制火山圖,基于miRNA－lncRNA在線預測工具lncBase數(shù)據(jù)庫和miRNA靶基因預測數(shù)據(jù)庫預測mRNA、miRNA和lncRNA的相互作用關(guān)系,采用Cytoscape軟件構(gòu)建胃癌lncRNA－miRNA－mRNA ceRNA網(wǎng)絡(luò),根據(jù)cytohubba計算各節(jié)點degree得分篩選關(guān)鍵基因（hub基因）。運用注釋、可視化和集成發(fā)現(xiàn)數(shù)據(jù)庫（DAVID）,對差異表達的mRNA進行基因本體論（GO）功能富集和京都基因與基因組百科全書（KEGG）通路富集分析。在OncoLnc數(shù)據(jù)庫中,選擇腫瘤基因組計劃（TCGA）數(shù)據(jù)集的胃癌項目,輸入hub基因,以標準化后基因表達量中位數(shù)為界值,將樣本分為高表達組和低表達組,并進行生存分析。結(jié)果 共篩出差異表達的mRNA 766個,miRNA 10個,lncRNA 110個,其中90個mR... 

【文章來源】：中華腫瘤雜志. 2020,(02)

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【參考文獻】：
期刊論文
[1]長鏈非編碼RNA-肺腺癌轉(zhuǎn)移相關(guān)轉(zhuǎn)錄子1調(diào)控食管癌EC-109細胞侵襲轉(zhuǎn)移的機制[J]. 張清琴,崔艷慧,王穎,寇衛(wèi)政,曹飛,曹向軍,苗戰(zhàn)會,康小紅.  中華腫瘤雜志. 2017 (06)



本文編號：3070741