轉(zhuǎn)座子是基因組中可移動的序列,由于轉(zhuǎn)座子的存在,真核生物擁有動態(tài)基因組�；谄渚幋a轉(zhuǎn)座酶的能力,轉(zhuǎn)座子可分為自主性轉(zhuǎn)座子和非自主性轉(zhuǎn)座子,非自主轉(zhuǎn)座子失去獨立轉(zhuǎn)座能力,但仍可被自主轉(zhuǎn)座元件產(chǎn)生的轉(zhuǎn)座酶識別而被作為轉(zhuǎn)座底物。盡管很多自主性轉(zhuǎn)座子在進化過程中對基因組結(jié)構(gòu)的塑造有重要影響,但是大部分基因組包含更多易“增殖”的微型非自主性轉(zhuǎn)座子。微型反向重復轉(zhuǎn)座元件(Miniature inverted-repeat transposable elements)簡稱MITE就是這樣一類轉(zhuǎn)座子,它廣泛存在于真核基因組中,擁有較高的拷貝數(shù),對宿主的基因表達的調(diào)控及基因組進化可能有重要作用,然而對其相關的分子調(diào)控機制研究較少。本研究以光誘導花青素合成野生型和缺陷型津田蕪菁(Brasics rapa subsp.rapa’Tsuda’)為試材,在花青素合成基因啟動子區(qū)的多態(tài)性位點處克隆到一個蕪菁轉(zhuǎn)座子DTM-Brr4,該轉(zhuǎn)座子早前已由軟件預測出,但其對蕪菁特異性狀的影響,其來源及進化,在基因組上的分布及轉(zhuǎn)座特性與功能尚未得到系統(tǒng)研究。本論文首先進行回交群體轉(zhuǎn)座子側(cè)翼PCR驗證及下游基因表達模式分析;利...

【文章頁數(shù)】：65 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
1 緒論
    1.1 轉(zhuǎn)座子簡介
        1.1.1 轉(zhuǎn)座子分類及其轉(zhuǎn)座特點
        1.1.2 轉(zhuǎn)座子對宿主基因組的影響
        1.1.3 轉(zhuǎn)座子的沉默和激活
    1.2 Brassica中轉(zhuǎn)座子的研究進展
    1.3 MITE轉(zhuǎn)座子的研究進展
        1.3.1 MITE的發(fā)現(xiàn)
        1.3.2 MITE的分布
        1.3.3 MITE的活動和增殖
    1.4 本研究的目的及意義
2 蕪菁特異性轉(zhuǎn)座子DTM-Brr4的發(fā)現(xiàn)
    2.1 引言
    2.2 材料與試劑
        2.2.1 試驗材料
        2.2.2 試驗試劑
    2.3 試驗方法
        2.3.1 DNA甲基化的檢測
        2.3.2 目的片段克隆測序
        2.3.3 g75突變體群體插入片段基因型檢測
        2.3.4 花青素合成基因表達分析
        2.3.5 插入序列的初步比對分析
    2.4 結(jié)果與分析
        2.4.1 蕪菁花青素積累相關多態(tài)性位點的發(fā)現(xiàn)
        2.4.2 多態(tài)性位點與蕪菁花青素積累表型的連鎖分析
        2.4.3 多態(tài)性位點與花青素積累關鍵基因的表達
        2.4.4 多態(tài)性位點處插入序列的初步比對分析
    2.5 討論
    2.6 本章小結(jié)
3 蕪菁DTM-Brr4生物信息學分析
    3.1 引言
    3.2 試驗方法
    3.3 結(jié)果與分析
        3.3.1 DTM-Brr4的序列特點
        3.3.2 DTM-Brr4在十字花科植物中的進化分析
        3.3.3 DTM-Brr4蕪菁基因組中的分布
    3.4 討論
    3.5 本章小結(jié)
4 DTM-Brr4的轉(zhuǎn)座活性及功能分析
    4.1 引言
    4.2 材料與試劑
        4.2.1 試驗材料
        4.2.2 試驗試劑
    4.3 試驗方法
        4.3.1 DTM-Brr4在多個蕪菁重測序樣本中的拷貝數(shù)差異分析
        4.3.2 DTM-Brr4在蕪菁重測序樣本中的共有(或穩(wěn)定)位點及側(cè)翼序列分析
        4.3.3 McrBC-PCR法檢測DTM-Brr4穩(wěn)定位點側(cè)翼序列的甲基化情況
        4.3.4 重亞硫酸鹽克隆測序法(BS)檢測基因附近多態(tài)性位點的DTM-Brr4及側(cè)翼序列的甲基化情況
        4.3.5 蕪菁特異小RNA與DTM-Brr4的比對
    4.4 結(jié)果與分析
        4.4.1 DTM-Brr4在蕪菁中的轉(zhuǎn)座活性分析
        4.4.2 DTM-Brr4在蕪菁中靶向插入保守基序的探索
        4.4.3 DTM-Brr4插入相對穩(wěn)定位點和非穩(wěn)定位點的的甲基化差異分析
        4.4.4 基因附近DTM-Brr4的內(nèi)部及外側(cè)甲基化情況檢測
        4.4.5 DTM-Brr4與蕪菁特異小RNA的關系
    4.5 討論
    4.6 本章小結(jié)
結(jié)論
參考文獻
攻讀學位期間發(fā)表的學術論文
致謝



本文編號：3861366