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山楂高密度分子遺傳圖譜的構建及部分果實性狀的QTL定位分析

發(fā)布時間:2020-05-26 22:13
【摘要】:山楂(Crataegus spp.)為薔薇科山楂屬植物,是重要的果樹資源,但由于其生長周期長,遺傳組成復雜,自交不親和等問題限制了新品種的研發(fā)進度。本研究以果實大小和果實硬度都存在顯著性差異的山楂品種‘山東大綿球’(母本)和‘新賓軟籽’(父本)創(chuàng)建雜交群體,選用130株雜交F1代為作圖群體,采用RAD測序技術開發(fā)的SNP標記構建山楂高密度分子遺傳圖譜;對作圖群體果實進行單果重、縱徑、橫徑、果皮穿刺硬度、果皮脆性和果肉平均硬度6個表型性狀的調(diào)查,并利用R/qtl軟件,選用區(qū)間QTL作圖法(IQM),對群體果實的6個性狀進行QTL定位研究。主要研究結果如下:1.從128對引物組合中篩選出兩對引物組合‘CH05e06’和‘CH03g06’用于雜交后代實生苗木真假雜種鑒定,結果表明,本研究采用的130株雜交后代單株均為真雜種。2.通過篩選獲得6384個高質(zhì)量的SNP標記位點。應用JoinMap分別繪制出雙親的遺傳圖譜及雙親整合的遺傳圖譜,三個圖譜均含有17個連鎖群。母本‘山東大綿球’的遺傳圖譜共有2656個SNP標記,覆蓋總圖距為2689.65cM,位點之間的平均遺傳距離為1.34cM,連鎖群的平均長度為158.21 cM,每個連鎖群的平均標記數(shù)為1564個;父本‘新賓軟籽’的遺傳圖譜共有4085個SNP標記,覆蓋總圖距為2558.41cM,位點之間的平均遺傳距離為0.64cM,連鎖群的平均長度為150.49cM,每個連鎖群的平均標記數(shù)為240.29個;整合圖譜中共有6384個SNP標記,覆蓋總圖距為2470.02cM,位點之間的平均遺傳距離為0.41cM,連鎖群的平均長度為145.30cM,每個連鎖群的平均標記數(shù)為375.53個3.在整合圖譜中分別檢測到與單果重相關的QTL位點2個,可解釋的表型變異率為19%和21.8%;與縱徑相關的QTL位點2個,可解釋的表型變異率為18.1%和24.3%;與橫徑相關的QTL位點1個,可解釋的表型變異率為21.4%;與果皮穿刺硬度相關的QTL位點6個,可解釋的表型變異率在17.7%-25.2%之間;與果皮脆性相關的QTL位點5個,可解釋的表型變異率在18.1%-32.2%之間;與果肉平均硬度相關的QTL位點5個,可解釋的表型變異率在18.1%-19.9%之間;本研究構建的遺傳圖譜是目前山楂屬植物中報道的分子標記數(shù)量最多的遺傳圖譜,該圖譜不僅為今后山楂重要性狀QTL精細定位奠定基礎,也將對山楂分子輔助選擇育種起到較大的促進作用。
【圖文】:

建庫流程,測序


材料與方法中篩選 2 對引物用于雜種鑒定。然后對這兩對引物的溫度梯度依次為 63.0℃、62.6℃、61.7℃、60.4℃2.6℃、51.3℃、50.4℃以及 50.0℃。最后進行 PC沒有雜帶的條帶,該條帶對應的退火溫度即為最凝膠電泳及銀染顯色崗,2016)的方法,在其方法的基礎上略有改動建及測序A 進行酶切試驗。對得到的酶切片段(RAD 標簽篩選、連接 P2 測序接頭、PCR 擴增、文庫質(zhì)檢合格,測序策略為 IlluminaPE150。具體流程如圖 2-1:

電泳圖,雜種后代,基因組DNA,電泳


沈陽農(nóng)業(yè)大學碩士學位論文3 結果分析3.1 基因組 DNA 濃度及質(zhì)量檢測利用 1%瓊脂糖凝膠電脈檢測基因組 DNA 的質(zhì)量,結果顯示:DNA 主帶清晰,無拖尾現(xiàn)象,沒有嚴重糖類或蛋白污染(圖 2-1 )。對于不符合試驗要求的樣品,重新提取,保證所有樣品 DNA 濃度和質(zhì)量符合試驗標準,進一步利用分光光度計檢測,發(fā)現(xiàn) DNA濃度均大于 50 ng/uL,,OD260/280 在 1.8~2.2 之間能夠滿足接下來試驗要求,可用于進一步的試驗,然后將所有試驗樣品 DNA 稀釋至 50ng/μL,在-20℃冰箱中保存?zhèn)溆谩?
【學位授予單位】:沈陽農(nóng)業(yè)大學
【學位級別】:碩士
【學位授予年份】:2019
【分類號】:S661.5

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本文編號:2682479

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