作為最原始的多細胞生物,海綿(多孔動物門,Porifera)已經(jīng)在地球上生存了至少6億年。自出現(xiàn)以來,海綿一直在生態(tài)系統(tǒng)方面扮演重要角色。近年來,海綿作為具有生物活性海洋天然產(chǎn)物的主要來源得到了廣泛研究。此外,海綿骨針的特性及其生長機制和生物礦化過程也是研究熱點。人們普遍認為海綿是現(xiàn)存最古老的多細胞種系,因此它在多細胞分化研究中的地位舉足輕重。雖然海綿可被利用的價值如此之高,但是關(guān)于海綿的基礎(chǔ)研究依然非常薄弱。 隨著測序技術(shù)的迅猛發(fā)展,轉(zhuǎn)錄組作為一種有力的研究手段,已被廣泛地運用到數(shù)以千計個物種的研究中。目前關(guān)于海綿轉(zhuǎn)錄組的研究有兩篇報道,它們關(guān)注的焦點均是找出一批與海綿生活史相關(guān)的基因。轉(zhuǎn)錄組不僅可以用來獲取反映特定生理狀態(tài)的基因,還可用于開發(fā)新的分子標記。單核苷酸多態(tài)性(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)是指在DNA序列上,同一位點的不同等位基因之間核苷酸的差異,屬于第三代DNA分子標記。通過分析編碼序列區(qū)域的SNP,可以計算非同義替代率與同義替代率的比值(SNP A/S),進而研究物種的功能基因的選擇壓力。 本研究利用Illumina ...

【文章頁數(shù)】：118 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第1章 緒論
    1.1 海綿
        1.1.1 海綿概述
        1.1.2 海綿研究價值
        1.1.3 苔海綿和葉片山海綿簡介
    1.2 轉(zhuǎn)錄組
        1.2.1 轉(zhuǎn)錄組概述
        1.2.2 轉(zhuǎn)錄組的研究手段
        1.2.3 海綿轉(zhuǎn)錄組研究概況
    1.3 SNP
        1.3.1 SNP概述
        1.3.2 SNP的研究手段
        1.3.3 海洋動物SNP研究與海綿SNP的研究進展
    1.4 本研究目的、意義和內(nèi)容
第2章 海綿轉(zhuǎn)錄組unigene構(gòu)建
    2.1 生物信息學分析平臺構(gòu)建
    2.2 轉(zhuǎn)錄組文庫構(gòu)建
        2.2.1 樣品采集及cDNA文庫構(gòu)建
        2.2.2 文庫測序
    2.3 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)預處理及unigene拼接
        2.3.1 數(shù)據(jù)預處理
        2.3.2 unigene拼接
    2.4 海綿轉(zhuǎn)錄組拼接結(jié)果與分析
第3章 海綿轉(zhuǎn)錄組unigene的基因注釋和GO(Gene Ontology)注釋
    3.1 基因注釋和GO(Gene Ontology)注釋背景介紹
    3.2 海綿unigene的基因注釋和GO注釋方法構(gòu)建
        3.2.1 海綿unigene的基因注釋方法構(gòu)建
        3.2.2 BLAST2GO數(shù)據(jù)庫本地化
        3.2.3 海綿轉(zhuǎn)錄組GO注釋及比較
    3.3 結(jié)果與分析
        3.3.1 海綿unigene的基因注釋結(jié)果與分析
        3.3.2 unigene的GO注釋結(jié)果與分析
        3.3.3 不同海綿轉(zhuǎn)錄組GO注釋比較結(jié)果與分析
第4章 海綿轉(zhuǎn)錄組同源基因分析
    4.1 同源基因背景介紹
        4.1.1 同源基因概述
        4.1.2 海綿轉(zhuǎn)錄組同源基因背景介紹
    4.2 海綿轉(zhuǎn)錄組同源基因方法構(gòu)建
        4.2.1 同源基因探測
        4.2.2 同源基因功能注釋
    4.3 結(jié)果與分析
        4.3.1 不同海綿轉(zhuǎn)錄組之間的直系同源基因
        4.3.2 不同海綿轉(zhuǎn)錄組之間直系同源基因的功能注釋
第5章 海綿轉(zhuǎn)錄組SNP分析
    5.1 海綿轉(zhuǎn)錄組SNP分析方法構(gòu)建
        5.1.1 海綿轉(zhuǎn)錄組SNP檢測
        5.1.2 海綿轉(zhuǎn)錄組SNP分布及SNP A/S計算方法
        5.1.3 海綿轉(zhuǎn)錄組SNPA/S分析
    5.2 海綿SNP結(jié)果
        5.2.1 SNP密度統(tǒng)計
        5.2.2 SNP A/S統(tǒng)計
    5.3 海綿SNP討論
        5.3.1 SNP A/S在GO注釋中的差異分布
1的CDS分析">        5.3.2 SNP A/S>1的CDS分析
        5.3.3 不足
參考文獻
致謝



本文編號：4041860