基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)對于生物學(xué)研究具有重要意義,在疾病治療等方面發(fā)揮著重要作用。隨著高通量檢測技術(shù)的發(fā)展,動態(tài)高維基因表達(dá)數(shù)據(jù)大量涌現(xiàn),為精準(zhǔn)重構(gòu)基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)提供了機(jī)遇和挑戰(zhàn)。微分方程是研究基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)重構(gòu)的一類重要方法。目前大量學(xué)者對微分方程右側(cè)函數(shù)形式作出了參數(shù)和非參數(shù)模型的假定,本文考慮將右側(cè)函數(shù)作出部分線性單指標(biāo)模型的假定,這個半?yún)?shù)模型的好處是既考慮了基因間的線性調(diào)控作用,又考慮了非線性綜合調(diào)控作用。本文首先使用獨(dú)立性檢驗進(jìn)行高維變量初步篩選,構(gòu)建部分線性單指標(biāo)常微分方程模型,利用profile最小二乘方法進(jìn)行參數(shù)估計后借助smoothly clipped absolute deviation(SCAD)方法進(jìn)行變量選擇,并證明了變量選擇的相合性。其次,由于基因間的調(diào)控關(guān)系是有方向的,為了檢驗?zāi)Ｐ椭袇?shù)的顯著性,本文提出了部分線性單指標(biāo)常微分方程模型基于有向圖的似然比檢驗,證明了似然比檢驗統(tǒng)計量的漸近性質(zhì),并推廣到了有向無環(huán)圖似然比檢驗。數(shù)值模擬表明提出的模型和方法在小樣本下的優(yōu)良性質(zhì);實證分析使用召回率作為評價準(zhǔn)則,通過酵母和大腸桿菌基因表達(dá)數(shù)據(jù)集重構(gòu)10個基因調(diào)控子網(wǎng),均得出較高的...

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【學(xué)位級別】：碩士

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圖4.17個基因隨時間變化的軌跡圖

青島大學(xué)碩士學(xué)位論文31圖4.17個基因隨時間變化的軌跡圖由于受實驗環(huán)境的干擾，測量的基因表達(dá)水平()jiXt是有誤差的，于是我們在()jiXt的基礎(chǔ)上加一個測量誤差ij，得到含有噪聲的觀察值：()()2,0,0.5.ijjiijijY=Xt+N在產(chǎn)生帶有測量誤差測量數(shù)據(jù)ijY后....

本文編號：4049859