植物正常的生長發(fā)育依賴于外界環(huán)境。逆境下,植物體內(nèi)質(zhì)網(wǎng)中富集大量無法折疊或折疊錯(cuò)誤的蛋白質(zhì),引發(fā)內(nèi)質(zhì)網(wǎng)脅迫。啟動(dòng)保守的未折疊蛋白應(yīng)答是細(xì)胞應(yīng)對(duì)內(nèi)質(zhì)網(wǎng)脅迫的有效策略。青錢柳(Cyclocarya paliurus(Batal.)Iljinskaja)是我國特有的樹種,具有多種重要藥理活性。但非生物脅迫,如干旱、鹽、冷或熱,會(huì)導(dǎo)致內(nèi)質(zhì)網(wǎng)中錯(cuò)誤折疊或未折疊蛋白的積累,從而造成青錢柳產(chǎn)量降低。內(nèi)質(zhì)網(wǎng)脅迫誘導(dǎo)的未折疊蛋白反應(yīng)在植物對(duì)逆境脅迫的發(fā)育和適應(yīng)中發(fā)揮著重要作用。目前青錢柳基因組未知,相關(guān)研究較少,通過轉(zhuǎn)錄組測序研究青錢柳內(nèi)質(zhì)網(wǎng)脅迫相關(guān)基因是目前最重要的手段之一。本研究的主要結(jié)果如下:1)通過青錢柳RNA-seq,共檢測到452,300,260條clean reads,196,207個(gè)unigenes。與對(duì)照組(TM-0h)相比,實(shí)驗(yàn)組(TM-6h和TM-14h)有1,867個(gè)下調(diào),3,040個(gè)上調(diào);2)從青錢柳RNA-seq數(shù)據(jù)庫中篩選到一批常用的候選內(nèi)參基因:UBQ4、TUB、TUA、GAPDH、18SrRNA、ACT2和ACTF;3)利用RT-qPCR和常用內(nèi)參基因穩(wěn)定性分析軟件(g...

【文章頁數(shù)】：96 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖1cDNA文庫建庫和Illumina測序流程圖

302.4.4轉(zhuǎn)錄組測序RNA-seq及組裝交予北京諾禾致源科技股份有限公司承擔(dān)。cDNA文庫建庫和Illumina測序流程如圖1，具體步驟如下：圖1cDNA文庫建庫和Illumina測序流程圖（1）青錢柳轉(zhuǎn)錄組測序材料RNA樣品的質(zhì)量檢測：①RNA的降解程度以及是否有污染通過1....

圖2cDNA文庫構(gòu)建原理

31（8）運(yùn)用Qubit2.0進(jìn)行文庫初步定量，將文庫稀釋至1.5ng/uL；（9）為了使文庫可充分應(yīng)用于后續(xù)分析，利用Agilent2100檢測文庫的insertsize是否達(dá)到預(yù)期，如果已達(dá)到，則對(duì)文庫的有效濃度（＞2nM）進(jìn)行精準(zhǔn)定量。文庫構(gòu)建原理如圖2：圖2cDNA文庫構(gòu)....

圖3轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析流程

32的、重復(fù)的、帶adaptor的，為了確保不會(huì)影響接下來的數(shù)據(jù)組裝和后續(xù)分析，需要對(duì)這些reads進(jìn)行過濾篩選，通過將含有ploy-Ns和接頭的讀數(shù)以及低質(zhì)量的數(shù)據(jù)過濾掉，獲得cleanreads。然后從高質(zhì)量的cleanreads中獲得Q30、Q20、序列重復(fù)水平和GC含量，....

圖4轉(zhuǎn)錄本長度分布

38圖4轉(zhuǎn)錄本長度分布3.1.2基因功能注釋將上一步驟中獲得的unigenes與來自7個(gè)公共數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)進(jìn)行比較，這些數(shù)據(jù)庫包括Nr、Nt、SwissProt、KOG/COG（ClusterofOrthologousGroupofproteins）、GO（GeneOntology....

本文編號(hào)：3989640