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基于基因組和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的胡椒內(nèi)參基因鑒定

發(fā)布時(shí)間:2022-10-04 14:17
  為系統(tǒng)篩選適合胡椒基因表達(dá)模式分析的內(nèi)參基因,本研究基于胡椒全基因組和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),初步篩選出62個(gè)候選基因。以胡椒主根、芽尖、葉片、花穗、不同發(fā)育時(shí)期果實(shí)以及接種辣椒疫霉菌的主蔓為材料,利用geNorm、NormFinder和BestKeeper軟件系統(tǒng)分析候選基因在不同組織中的表達(dá)穩(wěn)定性,結(jié)合目標(biāo)基因的表達(dá)模式驗(yàn)證,鑒定穩(wěn)定表達(dá)最優(yōu)的內(nèi)參基因?yàn)镸yeloid leukemia factor 1 (Pn17.1212)。結(jié)果表明:該基因是分析胡椒果實(shí)發(fā)育、辣椒疫霉菌響應(yīng)相關(guān)基因表達(dá)模式的理想內(nèi)參。內(nèi)參基因的選擇不應(yīng)僅限于持家基因,全基因組和轉(zhuǎn)錄組信息可提供更加全面的參考基因數(shù)據(jù),內(nèi)參基因的準(zhǔn)確鑒定需綜合轉(zhuǎn)錄組信息、基因表達(dá)穩(wěn)定性、標(biāo)記基因的表達(dá)模式驗(yàn)證等數(shù)據(jù)分析的結(jié)果,獲得的理想內(nèi)參基因可滿足不同研究對(duì)表達(dá)穩(wěn)定性的要求。 

【文章頁(yè)數(shù)】:10 頁(yè)

【文章目錄】:
1 材料與方法
    1.1 材料
    1.2 方法
        1.2.1 RNA提取和c DNA合成
        1.2.2 引物設(shè)計(jì)和擴(kuò)增
        1.2.3候選內(nèi)參基因的表達(dá)穩(wěn)定性分析
2 結(jié)果與分析
    2.1 候選內(nèi)參基因的引物設(shè)計(jì)與特異性鑒定
    2.2 候選內(nèi)參基因的表達(dá)穩(wěn)定性分析
        2.2.1 候選內(nèi)參基因的表達(dá)穩(wěn)定性ge Norm分析
        2.2.2 候選內(nèi)參基因的表達(dá)穩(wěn)定性Norm Finder分析
        2.2.3 候選內(nèi)參基因表達(dá)穩(wěn)定性Best Keeper分析
    2.3 候選內(nèi)參基因的鑒定與驗(yàn)證
3 討論


【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]鋁脅迫下橡膠苗實(shí)時(shí)熒光定量PCR內(nèi)參基因的篩選[J]. 馬小偉,安鋒,劉子凡,謝貴水.  熱帶作物學(xué)報(bào). 2020(05)
[2]胡椒實(shí)時(shí)熒光定量PCR內(nèi)參基因的篩選[J]. 胡麗松,范睿,伍寶朵,吳剛,譚樂(lè)和,郝朝運(yùn).  熱帶作物學(xué)報(bào). 2017(10)
[3]中國(guó)胡椒研究綜述[J]. 鄔華松,楊建峰,林麗云.  中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué). 2009(07)
[4]表達(dá)譜基因芯片的可靠性驗(yàn)證分析[J]. 羅瑤,許宏,李瑤,韓志勇,裘敏燕,陳沁,劉三震,倪勝,謝毅,毛裕民.  遺傳學(xué)報(bào). 2003(07)



本文編號(hào):3685184

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