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美國白蛾滯育相關(guān)基因的篩選與種群分化的研究

發(fā)布時間:2020-07-02 09:47
【摘要】:美國白蛾(Hyphantria cunea)屬鱗翅目(Lepidoptera)燈蛾科(Arctiidae),原產(chǎn)于北美地區(qū),后因人類活動入侵到多個國家,先現(xiàn)已成為一種世界性檢疫害蟲,對包括我國在內(nèi)的諸多國家造成了嚴(yán)重的危害。為探究與美國白蛾滯育相關(guān)的基因,以沈陽地區(qū)美國白蛾蛹(滯育和非滯育)為材料,通過轉(zhuǎn)錄組測序的手段,對美國白蛾滯育蛹和非滯育蛹的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了測定,通過對比,得到了二者間的差異表達(dá)基因,經(jīng)篩選,進(jìn)而獲得美國白蛾滯育相關(guān)基因。此外,為探究不同地理種群美國白蛾種群的分化情況,以中國、美國不同地理種群的美國白蛾老熟幼蟲為材料,采用分子標(biāo)記的方法,對美國白蛾COⅠ序列進(jìn)行了測定,并結(jié)合GeneBank中美國白蛾COI序列,通過構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹對中國、美國、加拿大和匈牙利種群間的關(guān)系加以探究。兩部分研究的結(jié)論如下:1.經(jīng)轉(zhuǎn)錄組測序與拼接得到58,151條unigene,與9個公共數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對,共有21,689條unigene得到了注釋(37.3%),其中Nr數(shù)據(jù)庫注釋到的unigene最多(20,872,35.89%),且美國白蛾與家蠶(Bombyx mori)同源性最高(7,596,36.39%);將unigene與GO數(shù)據(jù)庫比對,共注釋到16,734條unigene,分屬3大類,61個功能群;KEGG pathway分析表明,3,225條unigene定位到332個代謝通路。2.對unigene進(jìn)行篩選,取FDR≤0.001且log_2|Fold change|1的基因為差異表達(dá)基因。共得到差異表達(dá)基因32,464條,其中上調(diào)基因29,013條,下調(diào)基因3,451條。結(jié)合差異表達(dá)基因的表達(dá)量和現(xiàn)有研究結(jié)果,共篩選到MCM2、JHAMT、PRPCK、HSP20、FOXO3、PIK3R、SDH2等滯育相關(guān)基因。3.對中國10個地點種群和美國12個地理種群(紅頭型和黑頭型樣品)美國白蛾的COI序列進(jìn)行測序,得到709bp COI序列,其中變異位點46個。利用MEGA5.1分別采用最大進(jìn)似然法和鄰接法基于Kimura-2-Parameter模型構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,結(jié)果表明,除威斯康辛州和北卡羅納州黑頭型種群外,美國白蛾紅、黑頭型種群間存在較大差異,且中國種群COI序列相似度較高,分化不明顯。4.將中、美種群COI序列與GeneBank中加拿大和匈牙利種群的COI序列數(shù)據(jù)相結(jié)合,得到519bp的COI序列片段,采用相同方法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,可知,美國白蛾美國東部、中東部黑頭型種群,加拿大東南部種群和中國種群可聚為一枝,有著較近的親緣關(guān)系。
【學(xué)位授予單位】:沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2018
【分類號】:S763.42


本文編號:2738048

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