本文關鍵詞： 膽管癌 差異表達基因 蛋白質相互作用網絡 細胞凋亡 細胞周期 細胞增殖　出處：《蘇州大學》2015年博士論文　論文類型：學位論文

【摘要】：背景：膽管癌是最常見的肝膽系統(tǒng)惡性腫瘤之一,肝內外膽管癌占所有肝膽惡性腫瘤的10%-25%,發(fā)病率僅次于肝細胞癌位于肝膽系統(tǒng)惡性腫瘤的第二位。膽管癌按照部位可劃分為肝內膽管癌,肝門部膽管癌和肝外膽管癌。膽管癌的發(fā)病率有相當大的地理和人群差異。其既定的風險因素包括寄生蟲感染原發(fā)性硬化性膽管炎,膽管囊腫,肝內膽管結石等。本研究通過分析膽管癌相關基因芯片數(shù)據篩選與膽管癌發(fā)病機制相關的重要基因和通路,并對篩選出的基因進行實驗驗證,探索這些基因在膽管癌的發(fā)生發(fā)展中的作用。方法：從GEO數(shù)據庫中下載數(shù)據GSE34166,該數(shù)據集共有10個樣本(包括4個良性膽管狹窄和6個惡性膽管狹窄樣本),采用R軟件包做數(shù)據預處理和差異表達分析,選取差異表達基因。然后對差異表達基因進行生物信息學分析,首先上傳至String 8.3在線分析工具獲得差異表達基因的蛋白一蛋白相互作用網絡統(tǒng)計網絡中各個節(jié)點的度,挑選出最關鍵的hub基因,再篩選hub基因在所有人類基因范圍內的互作網絡(score0.9),對網絡中的基因進行通路富集分析。利用基于文本挖掘方法的在線免費工(EpiTect ChIP qPCR Primers)搜索hub基因的轉錄因子。通過RT-PCR方法檢測重要差異表達基因在膽管癌細胞中的表達變化。構建GSTA1過表達載體,在膽管癌細胞中瞬時轉染載體,過表達GSTA1;用siRNA干擾的方法沉默EPHB2。分別用Annexin V-FITC/PI雙染、流式細胞儀和MTT的方法檢測GST TA1過表達和EPHB2沉默對膽管癌細胞凋亡、細胞周期和細胞增殖的影響。結果：1.篩選到377個差異表達基因,其中212個上調基因,165個下調基因。研究發(fā)現(xiàn)HOXB6,HOXA10和EPHB2等基因上調差異倍數(shù)較大,SLC4A4和GSTA1等基因下調差異倍數(shù)較大。2.利用GSTA1基因建立的由25個基因(其中包括1個差異表達的基因GSTA3)組成的蛋白質相互作用網絡,在網絡中hub基因GSTA1和GSTA3,主要與CYP家族基因有密切的相互聯(lián)系。蛋白質相互作用網絡中基因主要富集的信號通路是細胞色素P450外源性物質代謝作用通路,藥物代謝作用通路和谷胱甘肽代謝作用通路。調控hub基因G STA1的轉錄因子主要是：Sp-1, Ap-1, c-Jun和c-Fos。3. RT-PCR實驗檢測發(fā)現(xiàn)：HOXB6、HOXA10和SLC4A4在體外實驗中檢測得到的表達結果與生物信息學方法得到的結果不完全一致而EPHB2和GSTA1的結果與生信分析的結果是一致的。4.GS TA1過表達對HCCC-9810膽管癌細胞的細胞凋亡、細胞周期和細胞增殖沒有明顯影響。5.沉默EPHB2基因后,RBE細胞凋亡未受到顯著影響,而細胞周期和細胞增殖受到了影響。結論：這些研究結果說明EPHB2和GSTA1基因在膽管癌中確實發(fā)生了差異表達,其中EPHB2基因對細胞周期和細胞活性都產生了明顯影響。這些重要的基因將有望成為診斷和治療膽管癌新的生物學標志物。本文的研究為探討膽管癌發(fā)病的分子機制提供了新信息,為研究新的治療策略提供了理論基礎和實驗基礎。
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【學位授予單位】：蘇州大學
【學位級別】：博士
【學位授予年份】：2015
【分類號】：R735.8

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