目的:為了揭示miRNA與甲狀腺乳頭狀癌（PaPillary thyroid cancer,PTC）的關(guān)系,本課題以PTC組織樣本為研究對(duì)象,測(cè)序篩選差異miRNA,并從分子層面驗(yàn)證黃芪多糖（astragalus Polysaccharide,APS）抗PTC的機(jī)制。方法:（1）PTC表達(dá)譜的構(gòu)建與分析選取甘肅省人民醫(yī)院普通外科經(jīng)病理確診的PTC癌組織及配對(duì)正常組織樣本3對(duì),運(yùn)用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)進(jìn)行分析,篩選顯著差異表達(dá)的miRNAs,預(yù)測(cè)靶基因并進(jìn)行通路富集分析,在細(xì)胞層面對(duì)篩選的差異基因進(jìn)行驗(yàn)證。（2）APS干預(yù)TPC-1細(xì)胞形態(tài)的觀察APS干預(yù)TPC-1細(xì)胞后,在倒置顯微鏡下觀察細(xì)胞形態(tài)變化情況。（3）APS對(duì)TPC-1增殖的影響取生長(zhǎng)狀態(tài)良好的TPC-1細(xì)胞,接種于96孔板中,利用CCK8分別對(duì)TPC-1對(duì)照組、APS100ug/mL、APS200ug/mL、APS400ug/mL作用12h/24h/36h/48h后,繪制各組細(xì)胞的抑制率。（4）novel-miR-26、FOXO1水平的檢測(cè)分別收集不同濃度APS（100、200和400ug/mL）處理的TPC-1細(xì)胞和對(duì)照組細(xì)胞... 

【文章來(lái)源】：甘肅中醫(yī)藥大學(xué)甘肅省

【文章頁(yè)數(shù)】：68 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

文庫(kù)構(gòu)建流程

由百邁克公司負(fù)責(zé)檢測(cè)，樣品保存完好，樣品純度符合檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)，沒有污降解，符合建庫(kù)要求。如（表 2-圖 2）表 2 測(cè)序樣品總 RNA 的檢測(cè)結(jié)果樣品名稱 RIN 值 28S/18S OD260/280 OD260/230 樣品狀態(tài) 稀釋倍a1 6.90 1.10 1.97 0.87 正常 5.00a2 8.00 1.30 1.96 1.14 正常 3.00b1 7.50 1.50 1.97 1.03 正常 4.00b2 7.70 1.60 1.97 1.23 正常 4.00c1 7.20 1.80 1.96 1.69 正常 5.00c2 6.10 0.90 1.95 0.74 正常 4.001.5%凝膠 TAKARA λ-Hind III digest TAKARA 250bP DNA Ladder

圖 3 fastq 文件示例圖2.2.2 測(cè)序數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì)測(cè)序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)見（表 3），SamPles 是樣品信息；BMK-ID：百邁客編號(hào)；Raw_reads：測(cè)序原始數(shù)據(jù)；Length<15：小于 15 的 reads；Length>35：大于35 的 reads；Clean_reads：質(zhì)量值大于或等于 30 的堿基的 Reads 數(shù)；Q30(%):質(zhì)量值大于 30 的比例。通過質(zhì)量控每個(gè)樣品的 Clean Data 均大于 15.56 M。表 3 miRNA 測(cè)序數(shù)據(jù)匯總表SamPles BMK-ID Raw_reads Length<15 Length>35 Clean_reads Q30(%)a1 S01 26624219 78601 336268 26209350 99.18a2 S02 20661072 70239 311119 20279714 99.18b1 S03 21634797 115288 412265 21107244 99.00


本文編號(hào)：3337828