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基于生信學(xué)數(shù)據(jù)挖掘和實(shí)驗(yàn)研究的銀芍散抗高脂血癥的研究

發(fā)布時(shí)間:2021-01-16 02:42
  目的:利用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)技術(shù)結(jié)合動(dòng)物實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證,尋找銀芍散治療高脂血癥的作用靶點(diǎn),探討可能的作用機(jī)制。方法:利用TCMSP中藥化學(xué)成分?jǐn)?shù)據(jù)庫(kù),結(jié)合文獻(xiàn)報(bào)道篩選銀芍散中核心化學(xué)成分。采用2D/3D化合物相似性方法和反向藥效團(tuán)匹配方法在Swiss Target Prediction和PharmMapper數(shù)據(jù)庫(kù)中篩選成分潛在作用靶點(diǎn),同時(shí)比對(duì)篩選CooLGeN數(shù)據(jù)庫(kù)中已批準(zhǔn)的降脂藥物靶基因,使用Cytoscape軟件構(gòu)建成分-靶點(diǎn)-通路網(wǎng)絡(luò),應(yīng)用ClueGO進(jìn)行GO富集分析和KEGG通路注釋分析,分析銀芍散降血脂可能作用機(jī)制。采用高脂血癥大鼠模型,銀芍散干預(yù)6 w后測(cè)定血清中總膽固醇(TC)、三酰甘油(TG)、低密度脂蛋白膽固醇(LDL-C)、高密度脂蛋白膽固醇(HDL-C)水平。肝組織HE染色觀察病理,熒光定量PCR(q-PCR)檢測(cè)肝組織TNF-α、NF-κB、PPAR-γ、LDL-R基因表達(dá)。結(jié)果:本研究建立了銀芍散的"成分-疾病-靶點(diǎn)"網(wǎng)絡(luò),共發(fā)現(xiàn)21個(gè)銀芍散治療高血脂癥可能的作用靶點(diǎn),GO富集及KEGG分析表明其中16個(gè)靶點(diǎn)涉及25條作用通路。分子對(duì)接顯示銀芍散潛在的16個(gè)作用靶點(diǎn)與3... 

【文章來(lái)源】:中藥藥理與臨床. 2020,36(03)北大核心

【文章頁(yè)數(shù)】:8 頁(yè)

【部分圖文】:

基于生信學(xué)數(shù)據(jù)挖掘和實(shí)驗(yàn)研究的銀芍散抗高脂血癥的研究


銀芍散對(duì)高脂血癥大鼠模型肝臟病理的影響

高脂血癥,靶點(diǎn)


根據(jù)Swiss Target Prediction 數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)的結(jié)果,以Probability值≥0.5為條件進(jìn)行篩選,排除重復(fù)項(xiàng),結(jié)果得到銀芍散潛在作用靶點(diǎn)314個(gè)。在CooLGeN和OMIM數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索高血脂癥的作用靶點(diǎn)共290個(gè)。韋恩圖(圖1)顯示銀芍散共有21個(gè)治療高脂血癥的潛在靶點(diǎn),表中頻次越高說(shuō)明該靶點(diǎn)與成分的交互次數(shù)越多,成分對(duì)該靶點(diǎn)越集中,結(jié)果見(jiàn)表3。表3 銀芍散治療高脂血癥的潛在作用靶點(diǎn) Gene Name Uniprot ID Target 頻次/次 TNF-α P01375 Tumor necrosis factor(腫瘤壞死因子) 17 NF-κB1 P19838 Nuclear factor kappa B subunit 1(核轉(zhuǎn)錄因子κB亞基1) 13 LPL P06858 Lipoprotein lipase(脂蛋白脂肪酶) 6 LDLR P01130 Low-density lipoprotein receptor(低密度脂蛋白受體) 6 PPARG P37231 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma(過(guò)氧化物酶體增殖物激活受體γ) 6 BCL2 P10415 Apoptosis regulator Bcl-2(凋亡調(diào)節(jié)因子Bcl-2) 5 NR1H4 Q96RI1 Bile acid receptor(膽汁酸受體) 5 SEC14L2 O76054 SEC14-like protein 2(SEC14樣蛋白2) 4 BAX Q07812 Apoptosis regulator BAX(凋亡調(diào)節(jié)因子Bax) 4 HMGCR P04035 HMG-CoA reductase(HMG-CoA還原酶) 3 CYP24A1 Q07973 Cytochrome P450 family 24 subfamily A member 1(細(xì)胞色素P450家族24亞家族A成員1) 3 HTR2A P28223 hydroxytryptamine receptor 2A(羥色胺受體2A) 2 FDFT1 P37268 Squalene synthase(鯊烯合酶) 2 CALB1 P05937 Calbindin(鈣結(jié)合蛋白) 1 CYP27A1 Q02318 Cytochrome P450 family 27 subfamily A member 1(細(xì)胞色素P450家族27亞家族A成員1) 1 BACE1 P56817 Beta-secretase 1(β-分泌酶1) 1 ALOX5 P09917 Arachidonate 5-lipoxygenase(花生四烯酸5-脂氧合酶) 1 AR P10275 Androgen receptor(雄激素受體) 1 ALB P02768 Serum albumin(血清白蛋白) 1 F7 P08709 Coagulation factor VII(凝血因子Ⅶ) 1 LPA P08519 Apolipoprotein(a)(載脂蛋白a) 1

功能圖,靶點(diǎn),組分,脂質(zhì)


GO富集分析了銀芍散潛在靶點(diǎn)的功能分布,其中biologicalprocess(生物過(guò)程)與脂質(zhì)生物合成的調(diào)控、脂質(zhì)儲(chǔ)存調(diào)節(jié)、膽固醇生物合成、低密度脂蛋白顆粒的應(yīng)答、酒精生物合成調(diào)控、甾體生物合成調(diào)控、腫瘤壞死因子介導(dǎo)的信號(hào)通路、維生素D代謝和膽汁分泌等方面相關(guān),其中主要以脂質(zhì)生物合成的正向調(diào)控為主;molecular function(分子功能)與RNA聚合酶II轉(zhuǎn)錄因子活性和特異性DNA結(jié)合相關(guān);cellular component(細(xì)胞組分)與血漿脂蛋白顆粒相關(guān),見(jiàn)圖2。2.3.2 KEGG通路分析

【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
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本文編號(hào):2979998

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