本文關(guān)鍵詞：多種測序技術(shù)在藥品檢測環(huán)境微生物鑒定分析中的應(yīng)用研究

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【摘要】：目的:探索多種測序技術(shù)在藥品檢測環(huán)境微生物鑒定分析中的應(yīng)用。方法:從藥品微生物實驗室環(huán)境中連續(xù)7個月采樣收集獲得248株細(xì)菌和6株霉菌,并對收集的細(xì)菌采用全自動微生物生化鑒定儀(Vitek 2 Compact)進(jìn)行鑒定。根據(jù)生化鑒定結(jié)果選擇在種屬分類學(xué)上具有代表性的20種細(xì)菌(共28株)和6株霉菌分別采用一代測序技術(shù)(ABI 3500測序平臺)和宏基因組測序技術(shù)(Hiseq 2000測序平臺和Ion torrent測序平臺)進(jìn)行鑒定分析,相互驗證菌株鑒定方法的準(zhǔn)確性。結(jié)果:28株細(xì)菌的16S r DNA一代測序鑒定與生化鑒定相比,屬水平分類一致的有23株,種水平分類一致的有10株。采用Hiseq 2000對28株細(xì)菌混合進(jìn)行全基因組測序鑒定獲得78種菌株信息,與16S r DNA一代測序相比,種水平一致的有15株,屬水平一致的有2株,缺失了3株菌的信息,多出了61株菌的信息;霉菌全基因組測序獲得3株菌信息,與霉菌LSU r DNA的一代測序結(jié)果相比,缺失了3株菌的信息。采用Ion torrent對28株菌混合進(jìn)行16S r DNA宏基因組測序鑒定,獲得信息包含7科、10屬和13種,與16S r DNA一代測序結(jié)果對應(yīng)的有11種,且10種屬覆蓋了一代測序中的28株菌;霉菌ITS2宏基因組測序結(jié)果包含4屬和3種,4屬覆蓋了霉菌一代測序結(jié)果中的6株菌,但種水平只有煙曲霉和一代測序結(jié)果一致。結(jié)論:新一代宏基因組測序技術(shù)及分析方法需要進(jìn)一步改進(jìn)與完善,才能對環(huán)境微生物混合菌株進(jìn)行快速準(zhǔn)確鑒定從而開展建庫溯源工作。
【作者單位】： 浙江省食品藥品檢驗研究院;
【關(guān)鍵詞】： 藥品檢測環(huán)境 一代測序 宏基因組測序 微生物試驗環(huán)境 生化鑒定 高通量測序
【分類號】：R927
【正文快照】： 微生物污染是藥品生產(chǎn)過程監(jiān)控及最終產(chǎn)品本文從作者工作的微生物實驗室環(huán)境中連質(zhì)量評估的重要指標(biāo),也是影響藥品安全生產(chǎn)的潛續(xù)7個月收集獲得248株細(xì)菌和6株霉菌,并對在隱患[1]。目前藥品生產(chǎn)過程中的環(huán)境監(jiān)控以空收集的細(xì)菌采用全自動微生物生化鑒定儀(Vitek氣中的浮游菌和

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