位于細菌脂肪酸合成途徑延伸循環(huán)的第二個酶是β-酮脂酰-ACP還原酶（FabG）,FabG在還原型輔酶ⅡNADPH的協(xié)助下,催化β-酮酯酰-ACP C3位的羰基還原為羥基。FabG屬于短鏈脫氫酶/還原酶超家族（SDR）的成員。綠茶提取物的主要成分是表沒食子兒茶素沒食子酸酯（EGCG）,同時EGCG也是細菌Ⅱ型脂肪酸合酶系統(tǒng)中β-酮�；�-ACP-還原酶（FabG）的有效抑制劑,這是一種廣泛的植物多酚所共有的特性,本文針對EGCG與相關(guān)植物多酚抑制β-酮�；�-ACP-還原酶（FabG）的作用機制進行研究。首先運用分子對接、分子動力學(xué)模擬、DSSP以及結(jié)合自由能分解（MM-PSBA）等計算方法,計算EGCG和相關(guān)植物多酚配體與FabG受體形成的復(fù)合物體系之間各類相互作用的參數(shù)如RMSD、Rg、RMSF、氫鍵、二級結(jié)構(gòu)以及相對結(jié)合自由能等,研究了這些參數(shù)隨分子動力學(xué)模擬進行而發(fā)生的變化及變化規(guī)律。實驗結(jié)果表明,當(dāng)無配體存在時,FabG單體體系穩(wěn)定性較差,回旋半徑較小,蛋白質(zhì)折疊較為緊湊,活性通道附近柔性較大的區(qū)域氨基酸殘基波動較大,二級結(jié)構(gòu)不穩(wěn)定;當(dāng)EGCG與相關(guān)植物多酚存在時,其側(cè)鏈羥基可與活... 

【文章頁數(shù)】：58 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第一章 文獻綜述
    1.1 抗菌藥物發(fā)展與現(xiàn)狀
    1.2 耐藥性細菌的種類
    1.3 抗菌藥物的作用機制和細菌耐藥性機制
        1.3.1 抗菌藥物作用機制
        1.3.2 細菌耐藥性機制
    1.4 生物體內(nèi)脂肪酸合成途徑與靶點
        1.4.1 人和細菌脂肪酸合成途徑的差異
        1.4.2 細菌的脂肪酸合成途徑
    1.5 β-酮脂酰-ACP還原酶(FabG)簡介
    1.6 計算機輔助藥物設(shè)計簡介
        1.6.1 分子對接
        1.6.2 分子動力學(xué)模擬
    1.7 本論文的研究內(nèi)容及意義
        1.7.1 研究目的及意義
        1.7.2 本論文主要研究內(nèi)容
        1.7.3 研究的創(chuàng)新點
第二章 表沒食子兒茶素沒食子酸酯(EGCG)及相關(guān)植物多酚對FabG的分子動力學(xué)研究
    2.1 分子作用機制模擬實驗
        2.1.1 蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)準備
        2.1.2 受體與配體的動力學(xué)模擬初始構(gòu)象的確定
        2.1.3 分子動力學(xué)模擬
        2.1.4 結(jié)合自由能的計算方法
    2.2 結(jié)果分析與討論
        2.2.1 分子動力學(xué)模擬穩(wěn)定性的探究
        2.2.2 各個體系Loop區(qū)氨基酸殘基波動變化
        2.2.3 各體系中蛋白質(zhì)氨基酸殘基二級結(jié)構(gòu)變化情況
        2.2.4 FabG復(fù)合物體系的氫鍵分析及聚類分析
        2.2.5 MM-PBSA結(jié)合自由能分析
    2.3 小結(jié)
第三章 含鄰羥苯基的三唑類化合物對細菌多靶標抑制作用研究
    3.1 實驗方法
        3.1.1 準備受體靶標與配體小分子庫
        3.1.2 受體蛋白與小分子配體的分子對接
        3.1.3 分子對接打分
    3.2 蛋白受體與配體分子對接結(jié)果
        3.2.1 含鄰羥苯基的三唑類化合物的分類
        3.2.2 第Ⅰ類化合物的分子對接
        3.2.3 第Ⅱ類化合物的分子對接
        3.2.4 第Ⅲ類化合物的分子對接
        3.2.5 第Ⅳ類化合物的分子對接
    3.3 小結(jié)
第四章 結(jié)論
參考文獻
發(fā)表論文和科研情況說明
致謝


【參考文獻】：
期刊論文
[1]分子動力學(xué)模擬三氯生對烯脂酰-ACP還原酶作用機制研究[J]. 楊旭云,盧俊瑞,劉金彪,李培春,劉悅.  天津理工大學(xué)學(xué)報. 2016(04)
[2]新型1,2,4-三唑糖苷衍生物的合成及體外抗菌活性測試[J]. 張彤彤,盧俊瑞,馮鐘念,劉金彪,穆江蓓,侯玨卓,鮑秀榮,辛春偉,王美君.  應(yīng)用化學(xué). 2014(09)
[3]計算機模擬三氯生對FabI活性口袋及Loop區(qū)的調(diào)控機制[J]. 艾義新,盧俊瑞,辛春偉,穆江蓓,楊旭蕓,張賀.  物理化學(xué)學(xué)報. 2014(03)
[4]3-（N-取代苯基-2-乙酰胺基）硫基-4-N-取代鄰羥苯基亞胺基-5-甲基-1,2,4-三唑類化合物的合成及生物活性研究[J]. 穆曼曼,盧博為,盧俊瑞,辛春偉,戢丹,李建發(fā),鮑秀榮.  有機化學(xué). 2012(06)
[5]近年抗生素研究進展[J]. 賈雪冬,劉明亮.  國外醫(yī)藥(抗生素分冊). 2012(03)
[6]3-取代硫基-4-N-鄰羥苯基亞胺基-5-乙基-1,2,4-三唑類化合物的合成及抑菌活性[J]. 穆曼曼,盧俊瑞,辛春偉,盧博為,戢丹,鮑秀榮.  天津理工大學(xué)學(xué)報. 2011(Z1)
[7]1-（4-取代苯基）-4-苯基-5-（2-羥基芐基）氨基-1,2,3-三唑類衍生物的合成及抑菌活性[J]. 趙芡,盧俊瑞,辛春偉,鮑秀榮,高海燕,趙旭,李莎,芮甜甜.  高等學(xué)�；瘜W(xué)學(xué)報. 2011(12)
[8]細菌耐藥:挑戰(zhàn)與對策[J]. 肖永紅.  中國執(zhí)業(yè)藥師. 2011(06)
[9]抗菌藥物開發(fā)史和研發(fā)方向[J]. 徐錚奎.  上海醫(yī)藥. 2011(05)
[10]2/3-取代硫基-5-鄰羥基苯基唑類化合物的合成及抑菌活性[J]. 朱姍姍,盧俊瑞,辛春偉,盧博為,鮑秀榮,唐大偉,鄒敏,劉倩.  有機化學(xué). 2010(12)

碩士論文
[1]1，4-二取代苯基-5-（2-羥基取代芐基）氨基-1，2，3-三唑類化合物的合成及抑菌活性[D]. 趙芡.天津理工大學(xué) 2011



本文編號：3731129