目的·利用生物信息學(xué)分析探究潰瘍性結(jié)腸炎(ulcerative colitis,UC)及其惡性并發(fā)癥的致病相關(guān)基因及潛在的藥物治療靶點。方法·從GEO(Gene Expression Omnibus)數(shù)據(jù)庫下載4個基因表達(dá)數(shù)據(jù)集(GSE13367、GSE9452和GSE36807為UC組,GSE37283為UCN組),采用聯(lián)合分析篩選差異基因。結(jié)合后續(xù)的免疫分析及基因相關(guān)性分析得到與UC及其惡性并發(fā)癥相關(guān)的關(guān)鍵基因,并利用LINCS L1000數(shù)據(jù)庫篩選若干具有潛在治療效果的小分子藥物。結(jié)果·通過對UC組及UCN組數(shù)據(jù)集的2次差異基因分析分別篩選出86個和253個顯著差異表達(dá)基因。針對UC組差異基因的蛋白質(zhì)相互作用(protein-protein interaction,PPI)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行的評分分析顯示網(wǎng)絡(luò)的核心基因為CXCL8(C-X-C motif chemokine ligand 8)。KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析表明CXCL8主要參與了IL-17信號通路中對中性粒細(xì)胞的招募作用�；贚INCS L1000數(shù)據(jù)庫...

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 基因表達(dá)數(shù)據(jù)集獲取及數(shù)據(jù)預(yù)處理
    1.2 差異表達(dá)基因篩選
    1.3 基于GSEA的KEGG富集分析
    1.4 PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及模塊分析
    1.5 差異基因與免疫細(xì)胞浸潤的相關(guān)性分析
    1.6 基于LINCS L1000數(shù)據(jù)庫的藥物篩選分析
    1.7 統(tǒng)計學(xué)分析
2 結(jié)果
    2.1 差異表達(dá)基因的篩選
    2.2 基于GSEA的KEGG富集分析結(jié)果
    2.3 差異表達(dá)基因的PPI網(wǎng)絡(luò)模塊分析
    2.4 TIMER數(shù)據(jù)庫分析以及基因相關(guān)性分析
    2.5 小分子治療藥物篩選結(jié)果
3 討論



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