本文關(guān)鍵詞：一株多耐藥鮑曼不動(dòng)桿菌噬菌體的分離及其基因組序列解析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：隨著抗生素在臨床上長(zhǎng)期、廣泛的使用，細(xì)菌耐藥性的出現(xiàn)及日益嚴(yán)重化給臨床抗感染治療帶來了嚴(yán)峻挑戰(zhàn)。鮑曼不動(dòng)桿菌(Acinetobacter baumannii)是一類革蘭陰性、氧化酶陽性、過氧化酶陰性的需氧非發(fā)酵菌，廣泛存在于自然界和人體中。它可引起醫(yī)院獲得性肺炎、血液感染、泌尿系統(tǒng)感染以及皮膚軟組織感染等，是院內(nèi)獲得性感染常見的致病菌。特別是耐藥鮑曼不動(dòng)桿菌和超級(jí)細(xì)菌的出現(xiàn)，使得臨床治療變得更加困難，已嚴(yán)重威脅人類健康。而抗生素面對(duì)越來越嚴(yán)重的耐藥細(xì)菌也顯示出了其應(yīng)用的局限性，因而尋找新的治療方法十分必要。 噬菌體(Bacteriophage)是感染細(xì)菌的病毒，在自然界中廣泛存在，是生物圈中數(shù)量最多的生命形式，其種群達(dá)1031以上。由于噬菌體能“吃”細(xì)菌，噬菌體在發(fā)現(xiàn)之初就被用于治療感染性疾病，在臨床耐藥菌問題日益嚴(yán)峻的今天，人們?cè)趪L試?yán)檬删w或其功能基因編碼物進(jìn)行感染性疾病治療方面做了許多探索，并顯示了廣泛的應(yīng)用前景。 本文以一株臨床分離的多耐藥鮑曼不動(dòng)桿菌株(AB1)作為宿主菌，并從該醫(yī)院下水道污水中分離到1株噬菌體，命名為Abp l。得到該噬菌體之后，首先對(duì)其生物學(xué)特性進(jìn)行了研究；其次提取基因組送北京華大基因研究中心進(jìn)行測(cè)序，完成補(bǔ)洞后對(duì)基因組形狀鑒定；最后對(duì)基因組進(jìn)行了生物信息分析，證實(shí)噬菌體Abp l屬于短尾噬菌體科T7噬菌體屬KMV亞群。研究?jī)?nèi)容及結(jié)果主要包括以下幾個(gè)方面。 1．多耐藥鮑曼不動(dòng)桿菌的分離鑒定。鮑曼不動(dòng)桿菌AB I是從西南醫(yī)院燒傷科分離的一株細(xì)菌，，經(jīng)過檢驗(yàn)科的生化方法鑒定為鮑曼不動(dòng)桿菌。為進(jìn)一步證實(shí)，設(shè)計(jì)了一對(duì)鮑曼不動(dòng)桿菌的16S rRNA基因的引物，通過PCRXJAB1進(jìn)行擴(kuò)增，得到一條1500bp左右的條帶，送北京華大基因研究中心測(cè)序。測(cè)序結(jié)果在NCBI網(wǎng)站上進(jìn)行BLAST比對(duì)，結(jié)果表明與多株鮑曼不動(dòng)桿菌16S rRNA基因序列相似程度達(dá)到99%,進(jìn)而確定AB1為鮑曼不動(dòng)桿菌。藥敏實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，AB I是一株多耐藥鮑曼不動(dòng)桿菌，對(duì)氨基糖普類、碳青霉烯類、頭抱菌素、四環(huán)素及喳諾酮類抗生素耐藥，而對(duì)多勃菌素B敏感，其MIC值為0.236mg/L 2.以鮑曼不動(dòng)桿菌AB I為宿主菌，從西南醫(yī)院污水中分離到1株可以形成透明噬菌斑的噬菌體，命名為Abp l。電鏡觀察發(fā)現(xiàn)有一個(gè)正多面體的頭部，直徑約55nm,并且有一個(gè)尾巴，長(zhǎng)約15nm o因此Abp l屬于短尾噬菌體科。噬菌體Abp l感染其宿主菌鮑曼不動(dòng)桿菌的最佳感染復(fù)數(shù)是0.001。一步生長(zhǎng)曲線表明，Abp l感染宿主菌的潛伏期約為1Omin,爆發(fā)期約為40min,爆發(fā)量高達(dá)350. SDS-PAGE蛋白電泳發(fā)現(xiàn)，Abp l至少含有11個(gè)條帶，表明它至少含有11個(gè)結(jié)構(gòu)蛋白，其中38KD左右對(duì)應(yīng)的條帶含量最多，為噬菌體的主要衣殼結(jié)構(gòu)蛋白。 3．提取并純化噬菌體Abp l基因組DNA,送北京華大基因研究中心進(jìn)行全基因組建庫和測(cè)序，進(jìn)一步補(bǔ)洞得到噬菌體的基因組，噬菌體Abp1基因組的一般情況如下：1)基因組全長(zhǎng)為42,185bp, G+C含量為39.15%(其中A=31.48%, G=21.96%, T=29.37%,C=17.19%);2)未見編碼tRNA的基因；3)Abp1全基因組編碼54個(gè)基因，平均每個(gè)基因長(zhǎng)722bp,即每1000bp編碼了1.29個(gè)基因，92.5%的基因組序列被用來編碼基因；4)酶切方法證實(shí)Abp l是一個(gè)線性基因組。 4. Abp1基因組生物信息分析。該基因組含有54個(gè)基因，BLASTp比對(duì)氨基酸序列顯示有26個(gè)基因是已知的，而有28個(gè)是功能未知的。其中有10基因編碼了噬菌體Abp1的結(jié)構(gòu)蛋白，其分子量大小也與SDS-PAGE條帶對(duì)應(yīng)分子量大小對(duì)應(yīng)。Abp l基因組編碼了4個(gè)HNH核酸內(nèi)切酶、DNA成熟酶、DNA解旋酶、DNA連接酶、DNA外切酶、DNA內(nèi)切酶、DNA聚合酶、RNA聚合酶和dNMP激酶。 5．利用全基因組比對(duì)和RNA聚合酶進(jìn)化樹分析證實(shí)Abp l屬于短尾噬菌體科T7噬菌體屬的KMV亞群。 噬菌體Abpl的全基因組序列已經(jīng)提交NCBI,其序列號(hào)為JX6587900 綜上所述，通過本研究，分離到了一株多耐藥鮑曼不動(dòng)桿菌AB1的裂解性噬菌體Abp l，并研究了其基本生物學(xué)特性，進(jìn)一步對(duì)基因組測(cè)序和生物信息分析。結(jié)果表明噬菌體Abp l屬于短尾噬菌體科T7噬菌體屬的KMV亞群。一方面增加了對(duì)鮑曼不動(dòng)桿菌噬菌體的進(jìn)一步認(rèn)識(shí)，另一方面為后期噬菌體治療奠定基礎(chǔ)。
【關(guān)鍵詞】：多耐藥鮑曼不動(dòng)桿菌 T7噬菌體 全基因組比對(duì) 進(jìn)化分析 最佳感染復(fù)數(shù) 一步生長(zhǎng)曲線
【學(xué)位授予單位】：第三軍醫(yī)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2013
【分類號(hào)】：R378
【目錄】：

• 縮略語表5-7
• Abstract7-9
• 摘要9-11
• 第一章 前言11-13
• 第二章 鮑曼不動(dòng)桿菌噬菌體的分離與鑒定13-27
• 2.1 臨床分離宿主菌為鮑曼不動(dòng)桿菌的鑒定13-20
• 2.1.1 試劑與材料13-15
• 2.1.2 實(shí)驗(yàn)方法15-17
• 2.1.3 結(jié)果與討論17-20
• 2.2 宿主菌AB1的噬菌體的分離20-27
• 2.2.1 試劑與材料20-22
• 2.2.2 實(shí)驗(yàn)方法22-27
• 2.2.3 結(jié)果與討論27
• 第三章 噬菌體Abp1的生物學(xué)特性27-39
• 3.1 噬菌體Abp1最佳感染復(fù)數(shù)的測(cè)定27-30
• 3.1.1 試劑與材料27-28
• 3.1.2 實(shí)驗(yàn)方法28-29
• 3.1.3 結(jié)果與討論29-30
• 3.2 噬菌體Abp1一步生長(zhǎng)曲線的繪制30-34
• 3.2.1 試劑與材料30-31
• 3.2.2 實(shí)驗(yàn)方法31-32
• 3.2.3 結(jié)果與討論32-34
• 3.3 噬菌體Abp1結(jié)構(gòu)蛋白的分析34-39
• 3.3.1 試劑與材料35-37
• 3.3.2 實(shí)驗(yàn)方法37
• 3.3.3 結(jié)果與討論37-39
• 第四章 噬菌體Abp1的基因組測(cè)序及形狀鑒定39-48
• 4.1 噬菌體Abp1的全基因組測(cè)序39-44
• 4.1.1 試劑與材料39-41
• 4.1.2 實(shí)驗(yàn)方法41-42
• 4.1.3 結(jié)果與討論42-44
• 4.2 噬菌體Abp1基因組線狀環(huán)狀鑒定44-48
• 4.2.1 試劑與材料44-46
• 4.2.2 實(shí)驗(yàn)方法46
• 4.2.3 結(jié)果與討論46-48
• 第五章 噬菌體Abp1基因組的生物信息學(xué)分析及分類48-59
• 5.1 噬菌體基因組Abp1基本生物信息學(xué)分析48-55
• 5.1.1 分析方法48-49
• 5.1.2 結(jié)果與討論49-55
• 5.2 Abp1的分類55-59
• 5.2.1 實(shí)驗(yàn)方法56-57
• 5.2.2 結(jié)果與討論57-59
• 全文總結(jié)59-60
• 參考文獻(xiàn)60-65
• 文獻(xiàn)綜述 噬菌體治療的最新進(jìn)展：不同給藥途徑對(duì)噬菌體治療效果的影響65-72
• 參考文獻(xiàn)70-72
• 附錄172-75
• 附錄275-77
• 附錄377-79
• 攻讀碩士期間發(fā)表的文章79-80
• 致謝80

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前4條

1 劉洋;黃允寧;楊勇;徐遠(yuǎn)義;楊世杰;杜鵬;;術(shù)前腹腔注射沙培林治療進(jìn)展期胃癌的臨床觀察[J];癌癥;2010年04期

2 汪復(fù);朱德妹;胡付品;阮斐怡;倪語星;孫景勇;徐英春;張小江;胡云健;艾效曼;俞云松;楊青;孫自鏞;簡(jiǎn)翠;賈蓓;黃文祥;卓超;蘇丹虹;魏蓮花;吳玲;張朝霞;季萍;王傳清;薛建昌;張泓;李萬華;;2008年中國CHINET細(xì)菌耐藥性監(jiān)測(cè)[J];中國感染與化療雜志;2009年05期

3 汪復(fù);朱德妹;胡付品;阮斐怡;倪語星;孫景勇;徐英春;張小江;胡云健;艾效曼;俞云松;楊青;孫自鏞;李麗;賈蓓;黃文祥;卓超;蘇丹虹;魏蓮花;吳玲;張朝霞;季萍;王傳清;薛建昌;張泓;李萬華;徐元宏;沈繼錄;單斌;杜艷;;2009年中國CHINET細(xì)菌耐藥性監(jiān)測(cè)[J];中國感染與化療雜志;2010年05期

4 胡付品;朱德妹;汪復(fù);蔣曉飛;楊青;徐英春;張小江;孫自鏞;陳中舉;王傳清;王愛敏;倪語星;孫景勇;俞云松;林潔;單斌;杜艷;徐元宏;沈繼錄;張泓;孔菁;卓超;蘇丹虹;張朝霞;季萍;胡云建;艾效曼;黃文祥;賈蓓;魏蓮花;吳玲;;2011年中國CHINET細(xì)菌耐藥性監(jiān)測(cè)[J];中國感染與化療雜志;2012年05期

  本文關(guān)鍵詞：一株多耐藥鮑曼不動(dòng)桿菌噬菌體的分離及其基因組序列解析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號(hào)：394160