目的 編寫shell腳本,批量完成柯薩奇病毒等腸道病毒Sanger測序結(jié)果的數(shù)據(jù)處理和比對分析,并為后續(xù)工作準(zhǔn)備數(shù)據(jù)文件。方法 選擇已完成手工分析的柯薩奇病毒等腸道病毒VP1基因測序文件,編寫shell腳本模擬手工分析程序,順序使用phred、phd2fasta和phrap等三個軟件和單機版NCBI-BLAST軟件可完成從堿基識別至序列比對的全部工作。比對結(jié)束后使用Linux命令篩選信息,生成樣本和匹配的序列名稱文件、基因型以及用于后續(xù)分析的序列文件。使用MEGA 6.0軟件比較手工分析得到的序列與shell腳本計算得到的序列之間的相似性,評價shell腳本分析的可靠性。結(jié)果 使用shell腳本可完成所有功能。Shell腳本計算和手工分析的比對結(jié)果完全符合。結(jié)論 shell腳本分析縮短了測序結(jié)果分析中重復(fù)工作耗費的時間,使研究人員可更加專注于序列后續(xù)分析。 

【文章來源】：國際病毒學(xué)雜志. 2019,(01)

【文章頁數(shù)】：5 頁

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3046187