本文關(guān)鍵詞：梅花鹿鹿茸快速生長(zhǎng)過(guò)程中轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析及差異表達(dá)基因篩選，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：目的應(yīng)用高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)毛桃期（10天）和快速生長(zhǎng)期（60天）鹿茸頂端組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組深度測(cè)序以及數(shù)據(jù)分析，篩選與鹿茸快速生長(zhǎng)相關(guān)表達(dá)基因，對(duì)其生長(zhǎng)機(jī)制進(jìn)行探究，為進(jìn)一步研究鹿茸快速生長(zhǎng)以及功能基因的發(fā)掘奠定基礎(chǔ)。 方法采用改良Trizol法提取毛桃期和快速生長(zhǎng)期鹿茸頂端組織總RNA，應(yīng)用瓊脂糖凝膠電泳、BioSpec-nano紫外可見(jiàn)分光光度計(jì)和Agilent Technologies2100Bioanalyzer分析儀對(duì)總RNA質(zhì)量進(jìn)行檢測(cè)和鑒定。采用HiSeq2000SequencingSystem平臺(tái)及雙末端測(cè)序方法進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，測(cè)序原始數(shù)據(jù)（clear reads）經(jīng)過(guò)Trinity組裝軟件進(jìn)行從頭組裝拼接得到Unigene序列數(shù)據(jù)。將Unigene序列與蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)nr、Swiss-Prot、KEGG和COG進(jìn)行BLASTX比對(duì)、GO功能注釋及KEGG代謝通路分析。針對(duì)不同生長(zhǎng)時(shí)期的基因進(jìn)行差異表達(dá)分析，篩選與快速生長(zhǎng)相關(guān)基因并采用qPCR法進(jìn)行數(shù)據(jù)驗(yàn)證。 結(jié)果1.從鹿茸毛桃期（LA）和快速生長(zhǎng)期（LC）頂端組織中提取出的總RNA，經(jīng)非變性瓊脂糖電泳檢測(cè)28s，18s條帶清晰；BioSpec-nano微量紫外可見(jiàn)分光光度計(jì)檢測(cè)樣品濃度值分別為2560.85ng/μl和1986.23ng/μl；Agilent Technologies2100Bioanalyzer檢測(cè)RIN值分別為7.4和8.5，符合建庫(kù)要求。 2．采用Illumina/Solexa高通量測(cè)序技術(shù)經(jīng)去除載體序列、低質(zhì)量序列后，LA期獲得40,721,676clean reads，總堿基數(shù)為3,664,950,840nt，97.25%的序列測(cè)序質(zhì)量值均在Q20以上，，GC含量為53.07%；將LA期40,721,676個(gè)clean reads進(jìn)行序列組裝拼接，獲得112,343個(gè)contigs，再將contigs拼接成67,580個(gè)unigenes，平均長(zhǎng)度為709nt，N50為1292nt；通過(guò)蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)Nr比對(duì)，共比對(duì)上33,451個(gè)unigenes（49.5.%）；將LA期樣品進(jìn)行GO功能注釋、COG功能分類和KEGG代謝通路分析，10,667個(gè)unigenes被歸類到50個(gè)GO功能類別中，10,370個(gè)unigenes歸類到25個(gè)COG功能分類中，21,767個(gè)unigenes注釋到223個(gè)KEGG代謝通路中。 3. LC期獲得39,787,196clean reads，總堿基數(shù)為3,580,847,640nt，97.05%的序列測(cè)序質(zhì)量值在Q20以上，未知堿基數(shù)為0.01%，GC含量為51.45%；序列拼接后獲得107,848個(gè)contigs,再將contigs拼接成63,253個(gè)unigenes，平均長(zhǎng)度為639nt，N50為1072nt；通過(guò)蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)nr比對(duì)，共比對(duì)上32,247個(gè)unigenes（50.98%）；將LC時(shí)期樣品進(jìn)行GO功能注釋、COG功能分類和KEGG代謝通路分析，11,936個(gè)unigenes被歸類到52個(gè)GO功能類別中，9,119個(gè)unigenes歸類到25個(gè)COG功能分類中，22,561個(gè)unigenes注釋到223個(gè)KEGG代謝通路中。 4.通過(guò)對(duì)鹿茸不同生長(zhǎng)時(shí)期進(jìn)行GO功能富集分析及KEGG代謝通路差異表達(dá)富集分析，共有15,539個(gè)差異表達(dá)基因注釋到GO功能類別中，5,244個(gè)差異表達(dá)基因注釋到235個(gè)KEGG代謝信號(hào)通路中。 5.通過(guò)對(duì)鹿茸不同生長(zhǎng)時(shí)期轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行差異表達(dá)基因分析，共篩選出10,027條差異表達(dá)基因；結(jié)合GO功能富集分析及KEGG代謝通路富集分析，進(jìn)一步篩選出18種轉(zhuǎn)錄因子、17種生長(zhǎng)因子、16種細(xì)胞外基質(zhì)基因及27種與軟骨細(xì)胞增殖、分化以及肥大等與鹿茸生長(zhǎng)密切相關(guān)基因。 6.利用qPCR方法對(duì)隨機(jī)挑選的差異表達(dá)基因進(jìn)行檢測(cè)，結(jié)果顯示qPCR表達(dá)趨勢(shì)與轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)一致。 結(jié)論1.本研究通過(guò)高通量測(cè)序及數(shù)據(jù)分析，成功建立了鹿茸快速生長(zhǎng)時(shí)期轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)，豐富了鹿茸在基因水平及蛋白水平上的數(shù)據(jù)信息。 2.通過(guò)對(duì)鹿茸不同生長(zhǎng)時(shí)期轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行差異基因表達(dá)分析，篩選出大量鹿茸快速生長(zhǎng)過(guò)程中相關(guān)調(diào)控基因，為鹿茸生長(zhǎng)機(jī)制研究及功能基因發(fā)掘奠定基礎(chǔ)。
【關(guān)鍵詞】：梅花鹿茸 快速生長(zhǎng) 轉(zhuǎn)錄組 高通量測(cè)序 差異表達(dá)基因
【學(xué)位授予單位】：長(zhǎng)春中醫(yī)藥大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2013
【分類號(hào)】：R282;R3416
【目錄】：

• 中文摘要6-8
• ABSTRACT8-11
• 英文縮略詞11-12
• 前言12-13
• 文獻(xiàn)綜述13-21
• 1 轉(zhuǎn)錄組學(xué)概述13
• 2 高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展13-16
• 3 鹿茸轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究16-20
• 3.1 鹿茸概述16-18
• 3.2 鹿茸快速生長(zhǎng)的研究18
• 3.3 鹿茸轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究概況18-20
• 4. 本研究的內(nèi)容和意義20-21
• 實(shí)驗(yàn)研究21-52
• 一、實(shí)驗(yàn)材料21-22
• 1.1 實(shí)驗(yàn)藥材21
• 1.2 實(shí)驗(yàn)試劑21-22
• 1.3 實(shí)驗(yàn)儀器22
• 二、實(shí)驗(yàn)方法22-30
• 2.1 樣品采集22-23
• 2.2 總 RNA 的提取23
• 2.3 總 RNA 質(zhì)量檢測(cè)23-24
• 2.4 Illumina/Solexa 測(cè)序文庫(kù)制備及測(cè)序24-25
• 2.5 Illumina/Solexa 測(cè)序組裝和比對(duì)25
• 2.6 Illumina/Solexa 測(cè)序數(shù)據(jù)分析25-27
• 2.7 熒光定量 qPCR 差異表達(dá)基因驗(yàn)證27-30
• 三、實(shí)驗(yàn)結(jié)果30-52
• 3.1 RNA 樣品的制備及質(zhì)量評(píng)價(jià)30-31
• 3.2 測(cè)序產(chǎn)量統(tǒng)計(jì)及質(zhì)量評(píng)價(jià)31-32
• 3.3 Illumina/Solexa 序列組裝結(jié)果32-34
• 3.4 組裝序列質(zhì)量評(píng)價(jià)34-35
• 3.5 序列比對(duì)結(jié)果35-38
• 3.6 數(shù)據(jù)分析結(jié)果38-52
• 討論52-65
• 1 Hiseq2000 測(cè)序平臺(tái)鹿茸轉(zhuǎn)錄組 Illumina/Solexa 測(cè)序52
• 2 鹿茸轉(zhuǎn)錄組序列比對(duì)分析52-53
• 3 鹿茸轉(zhuǎn)錄組序列功能注釋以及代謝信號(hào)通路分析53-54
• 3.1 Unigenes 的 GO 功能分類53-54
• 3.2 Unigenes 的 COG 功能分類54
• 3.3 Unigenes 的 KEGG 代謝信號(hào)通路分析54
• 4 差異表達(dá)基因功能及代謝通路分析54-56
• 5 10 天和 60 天鹿茸生長(zhǎng)過(guò)程中高表達(dá)基因篩選56
• 6 10 天和 60 天鹿茸快速生長(zhǎng)過(guò)程中差異表達(dá)基因篩選56-65
• 6.1 差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄因子57-58
• 6.2 差異表達(dá)生長(zhǎng)因子58-60
• 6.3 差異表達(dá)細(xì)胞外基質(zhì)基因60-61
• 6.4 差異表達(dá)軟骨細(xì)胞增殖、肥大以及軟骨發(fā)育相關(guān)基因61-65
• 結(jié)語(yǔ)65-66
• 致謝66-67
• 參考文獻(xiàn)67-81
• 附錄 A81-97

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

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6 吉靜嫻;錢(qián)t

本文編號(hào)：283800