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高通量測序分析湖南地區(qū)動脈瘤性蛛網(wǎng)膜下腔出血患者外周血長鏈非編碼RNA表達差異

發(fā)布時間:2020-08-21 23:31
【摘要】:目的:探索動脈瘤性蛛網(wǎng)膜下腔出血(aneurysmal Subarachnoid Hemorrhage,aSAH)患者外周血中相關(guān)的未知長鏈非編碼RNA。方法:通過病例-對照研究,在湖南省人民醫(yī)院神經(jīng)內(nèi)科收集了2017年1月到2018年12月期間經(jīng)DSA確診的湖南地區(qū)的首發(fā)aSAH患者75例,并選取35名與之同時期性別、年齡、地域相匹配對照組人群。分別取aSAH組及對照組各5例外周血樣本進行LncRNA高通量測序表達譜分析,使用GeneSpring GX v12.1軟件獲得LncRNA表達譜,通過計算兩組樣本間的倍數(shù)變化和P值,并篩選差異表達LncRNA。利用RT-qPCR法在原始高通量樣本中首次驗證縮小范圍,再將差異表達的LncRNA在70例aSAH患者和30名對照組人群的外周血中擴大樣本二次驗證其在外周血中的基因表達水平。結(jié)果:測序結(jié)果分析發(fā)現(xiàn)差異表達的有482個上調(diào)表達及543個下調(diào)表達的LncRNA。擴大樣本RT-qPCR法驗證最終篩選出兩個LncRNA:ENST00000505844、ENST00000608142。ROC曲線下面積分別為0.806、0.734,有一定的診斷意義。上述基因在aSAH患者中顯著上調(diào),這與測序結(jié)果一致。結(jié)論:1.初步從aSAH患者外周血樣本中篩選出差異表達的LncRNA。2.擴大樣本行RT-qPCR驗證得到兩個上調(diào)LncRNA:ENST00000505844,ENST00000608142,它們與aSAH發(fā)生密切相關(guān)。
【學位授予單位】:湖南師范大學
【學位級別】:碩士
【學位授予年份】:2019
【分類號】:R743.35
【圖文】:

質(zhì)量圖,效果評價,火山,散點圖


碩士學位論文18圖1. 使用箱式圖、散點圖和火山圖進行數(shù)據(jù)效果評價注釋:箱式圖A 評估 LncRNA 表達數(shù)據(jù)的質(zhì)量。散點圖B 用于評估 aSAH 組和對照組之間LncRNA 表達的變化;鹕綀D C 顯示兩組間LncRNA 表達的顯著性差異。異常點上四分位值中位值下四分位值藍色區(qū)域為數(shù)據(jù)中心紅色區(qū)域為異常區(qū)域A下調(diào)≥2 倍上調(diào)≥2倍P≤0.05P>0.05下調(diào)≥2 倍無差

聚類圖,差異表達,聚類,綠色


待驗證的差異表達LncRNAs聚類圖

自然殺傷細胞,藥物代謝,細胞色素,信號通路


路、細胞色素 P450-藥物代謝,細胞因子間受體相互作用,P13K-Akt 信號通路,抗原處理和提呈和自然殺傷細胞介導的細胞毒性等(圖 4)。圖3A . 上調(diào)表達 LncRNAs的 GO分析

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2 劉思奇;勞亞玲;楊紅菊;;長鏈非編碼RNA與非酒精性脂肪性肝病[J];中外醫(yī)療;2019年26期

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7 王麗敏;顧s

本文編號:2799986


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