本文關(guān)鍵詞：中國(guó)漢族人群大皰性類(lèi)天皰瘡全基因組關(guān)聯(lián)分析研究

  更多相關(guān)文章： 大皰性類(lèi)天皰瘡 全基因組關(guān)聯(lián)分析 易感基因

【摘要】：研究背景大皰性類(lèi)天皰瘡（Bullous pemphigoid，BP）是一種慢性自身免疫性表皮下大皰病。好發(fā)于老年人，兒童罕見(jiàn)，臨床表現(xiàn)為皮膚皰壁緊張的漿液性水皰或大皰，尼氏征陰性，多散布在四肢的屈側(cè)、下肢以及腰部等處。BP的發(fā)病率低，歐洲人群BP的年發(fā)病率大約為1/10萬(wàn)-7/10萬(wàn)。在中國(guó)人群中，BP病例約占門(mén)診病例的0.02%左右。在年齡大于80歲的老年人群體中，BP的年發(fā)病率明顯增多，大約為150-330/100萬(wàn)。罹患類(lèi)天皰瘡的1年內(nèi)的死亡率大約為20%-40%，但在中國(guó)人群的死亡率（12%）低于歐洲人群。 迄今為止，BP的病因和發(fā)病機(jī)制尚不明確，自身免疫反應(yīng)機(jī)制被認(rèn)為是導(dǎo)致疾病發(fā)生的主要原因，其致病過(guò)程包括補(bǔ)體的激活、炎癥細(xì)胞的聚集、釋放蛋白水解酶以及直接干擾自身抗原的粘附功能等步驟。BP發(fā)病過(guò)程中，體液免疫與細(xì)胞免疫介導(dǎo)過(guò)程皆需要B淋巴細(xì)胞與CD4+Th細(xì)胞的共同參與。自身抗原被抗原遞呈細(xì)胞捕獲、處理，同時(shí)結(jié)合到主要組織相容性復(fù)合體II類(lèi)分子而暴露在細(xì)胞的表面。T細(xì)胞通過(guò)受體介導(dǎo)的識(shí)別抗原，激發(fā)各種細(xì)胞因子的釋放，促進(jìn)B細(xì)胞產(chǎn)生抗體。鑒于這種免疫機(jī)制，HLA基因可能是BP發(fā)病機(jī)制中最重要的遺傳易感性因素。 通過(guò)候選基因的方法發(fā)現(xiàn)MHC區(qū)域HLA-II類(lèi)基因，以及非MHC基因與BP的相關(guān)性。在不同地域的高加索人群中，均發(fā)現(xiàn)HLA-DQB1*0301與BP具有顯著相關(guān)性。然而，不同種族和地域的遺傳背景差異可能是造成遺傳異質(zhì)性的主要因素。印度人群同樣發(fā)現(xiàn)HLA-DQB1*0301等位基因與BP相關(guān)，但在中國(guó)和日本人群中卻截然不同。其次是從BP可能的發(fā)病機(jī)制中，篩選如COL17A1基因、IGHV基因、以及細(xì)胞因子基因，探討與BP的遺傳易感性。BP可能是一種由多個(gè)因素共同作用而導(dǎo)致的復(fù)雜性疾病。當(dāng)前對(duì)復(fù)雜疾病遺傳學(xué)研究的主要策略包括如連鎖分析研究、功能候選基因關(guān)聯(lián)研究等方法都存在一定的局限性。因此，開(kāi)展BP的GWAS研究，對(duì)BP遺傳學(xué)基礎(chǔ)以及發(fā)病機(jī)制的認(rèn)識(shí)具有重要意義。 目的利用全基因組關(guān)聯(lián)分析研究方法在全基因組范圍內(nèi)搜尋與BP關(guān)聯(lián)的遺傳變異，鑒定出中國(guó)漢族人群BP的易感基因/位點(diǎn)；構(gòu)建中國(guó)人群BP病例與對(duì)照的全基因組關(guān)聯(lián)分析數(shù)據(jù)庫(kù)。 方法根據(jù)樣本收集的標(biāo)準(zhǔn)，從遺傳資源協(xié)作網(wǎng)醫(yī)院收集BP患者和正常對(duì)照樣本，分成2個(gè)各自獨(dú)立中國(guó)南方人群和北方人群樣本。利用HumanOmniZhongHua-8全基因組SNP分型芯片分別對(duì)來(lái)自中國(guó)北方的91例BP患者和575例正常對(duì)照，以及中國(guó)南方138例BP病例和991例對(duì)照進(jìn)行SNPs分型；對(duì)兩組人群的SNP分型數(shù)據(jù)，分別經(jīng)過(guò)嚴(yán)格的質(zhì)控后進(jìn)行聯(lián)合Meta分析以及單倍型分析。 結(jié)果1）經(jīng)過(guò)多種嚴(yán)格的數(shù)據(jù)質(zhì)控后，本課題組構(gòu)建了中國(guó)漢族北方與南方人群，包括229例BP病例和1566例正常對(duì)照801,392個(gè)常染色體SNPs的大皰性類(lèi)天皰瘡GWAS數(shù)據(jù)庫(kù)。 2）通過(guò)對(duì)中國(guó)漢族北方人群和南方人群GWAS數(shù)據(jù)Meta分析結(jié)果發(fā)現(xiàn)1個(gè)新的易感位點(diǎn)1q43（rs72766895，P=6.38×10-9，OR=3.14）與BP顯著相關(guān)；該區(qū)域內(nèi)的PLD5基因在功能學(xué)可能與BP發(fā)病過(guò)程中的發(fā)病機(jī)制相關(guān)，提示PLD5基因?yàn)锽P的易感基因。 3）發(fā)現(xiàn)2個(gè)與BP相關(guān)聯(lián)的提示易感位點(diǎn)，分別位于18q21.31（SNP rs117788424,P=1.38×10~(-7)，，OR=2.51）和2p25.3區(qū)域內(nèi)（SNP rs12988270，P=1.96×10~(-7)，OR=2.52），該LD區(qū)域內(nèi)相關(guān)基因的功能學(xué)證據(jù)提示18q21.31和2p25.3為BP的遺傳易感區(qū)域。 4）對(duì)既往報(bào)道的HLA基因與BP的相關(guān)性進(jìn)行驗(yàn)證，進(jìn)一步證實(shí)HLA與BP的相關(guān)性，同時(shí)發(fā)現(xiàn)位于HLA-II基因區(qū)域存在風(fēng)險(xiǎn)性的單倍型（P=3.29×10~(-8), OR=1.92）。結(jié)論本課題在中國(guó)漢族人群中開(kāi)展BP的GWAS研究，首次在非MHC區(qū)域發(fā)現(xiàn)一個(gè)新的與疾病相關(guān)易感位點(diǎn)，兩個(gè)提示易感位點(diǎn)；通過(guò)單倍型分析發(fā)現(xiàn)與BP相關(guān)的HLA-II基因區(qū)域風(fēng)險(xiǎn)性單倍型，并進(jìn)一步證實(shí)HLA與BP的相關(guān)性;首次構(gòu)建第一個(gè)中國(guó)漢族人群大皰性類(lèi)天皰瘡病例與正常對(duì)照的全基因組關(guān)聯(lián)分析數(shù)據(jù)庫(kù)。本研究在強(qiáng)調(diào)免疫因素在BP發(fā)病過(guò)程中重要性的同時(shí)，還提示與BP致病通路相關(guān)的遺傳變異對(duì)疾病的影響。本研究將加深對(duì)BP的遺傳學(xué)基礎(chǔ)的認(rèn)識(shí)，同時(shí)為BP的發(fā)病機(jī)制研究提供新的證據(jù)。
【關(guān)鍵詞】：大皰性類(lèi)天皰瘡 全基因組關(guān)聯(lián)分析 易感基因
【學(xué)位授予單位】：安徽醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2013
【分類(lèi)號(hào)】：R758.66
【目錄】：

• 英文縮略詞表7-9
• 摘要9-12
• Abstract12-15
• 1 前言15-23
• 1.1 研究背景15-20
• 1.2 研究思路20-23
• 2 實(shí)驗(yàn)材料與方法23-45
• 2.1 研究對(duì)象23
• 2.2 實(shí)驗(yàn)試劑23-25
• 2.2.1 DNA 提取試劑23-24
• 2.2.2 電泳試劑24
• 2.2.3 全基因組基因分型試劑24-25
• 2.3 實(shí)驗(yàn)儀器25-27
• 2.3.1 DNA 提取器材25
• 2.3.2 電泳儀器25-26
• 2.3.3 測(cè) OD 值儀器26
• 2.3.4 全基因組 SNP 分型儀器26-27
• 2.5 實(shí)驗(yàn)方法27-39
• 2.5.1 全血標(biāo)本采集27
• 2.5.2 基因組 DNA 提取27-28
• 2.5.3 DNA 濃度檢測(cè)與標(biāo)準(zhǔn)化28-29
• 2.5.4 電泳液的配置29-30
• 2.5.5 上樣緩沖液的配置30
• 2.5.6 基因組 DNA 電泳檢測(cè)30-32
• 2.5.7 全基因組 SNPs 基因分型32-39
• 2.6 數(shù)據(jù)質(zhì)控和統(tǒng)計(jì)分析39-45
• 2.6.1 分析軟件和電子數(shù)據(jù)庫(kù)查詢(xún)信息39-42
• 2.6.2 數(shù)據(jù)質(zhì)量控制42
• 2.6.3 初篩實(shí)驗(yàn)的 SNP 質(zhì)控42-43
• 2.6.4 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析43-45
• 3 結(jié)果45-73
• 3.1 研究對(duì)象一般情況和 SNP 數(shù)據(jù)45
• 3.2 中國(guó)北方人群全基因組 SNPs 分型數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果45-55
• 3.3 中國(guó)南方人群全基因組 SNPs 分型數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果55-66
• 3.4 兩組人群全基因組分型數(shù)據(jù) Meta 結(jié)果分析66-73
• 3.4.1 BP 與 1q43 區(qū)域顯著相關(guān)66-70
• 3.4.2 BP 相關(guān)的提示易感位點(diǎn)70-71
• 3.4.3 HLA-II 基因與 BP 的相關(guān)性71-73
• 4 討論73-81
• 4.1 HLA 與大皰性類(lèi)天皰瘡73-75
• 4.2 大皰性類(lèi)天皰瘡新的易感區(qū)域 1q4375-78
• 4.3 大皰性類(lèi)天皰瘡的提示易感位點(diǎn)78-80
• 4.4 后期研究展望80-81
• 5 結(jié)論81-82
• 6 參考文獻(xiàn)82-94
• 附錄94-97
• 致謝97-99
• 課題綜述99-125
• 參考文獻(xiàn)114-125

【共引文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

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中國(guó)博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

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9 李

本文編號(hào)：1014319