人蛔蟲和豬蛔蟲是主要寄生于人和豬小腸中的寄生線蟲,易引起蛔蟲病,嚴(yán)重危害人類健康,同時也對養(yǎng)豬業(yè)造成巨大損失。為此,許多國家十分重視人、畜蛔蟲病的防控。關(guān)于人蛔蟲和豬蛔蟲形態(tài)學(xué)、生理生化、細(xì)胞免疫和分子生物學(xué)等方面的比較分析,表明這兩種宿主的蛔蟲有相似的形態(tài)和遺傳結(jié)構(gòu),且偶有交叉感染的現(xiàn)象,這些結(jié)果使得人蛔蟲和豬蛔蟲的分類學(xué)問題一直存在爭議,也是研究熱點(diǎn)。以往大多數(shù)的分子系統(tǒng)學(xué)和分子遺傳學(xué)研究是基于線粒體或微衛(wèi)星等分子標(biāo)記,在基因組水平未見報道。本研究首次基于全基因組測序,分析了人蛔蟲和豬蛔蟲種群差異和遺傳分化特征以及蛔蟲的線粒體全基因組系統(tǒng)發(fā)育,開發(fā)了豬蛔蟲基因組微衛(wèi)星分子標(biāo)記,為進(jìn)一步開展人蛔蟲和豬蛔蟲種群遺傳、分子流行病學(xué)和分類鑒定等提供基礎(chǔ)。本研究主要結(jié)果如下:1.通過HiseqXten測序平臺對人蛔蟲和豬蛔蟲種群進(jìn)行全基因組重測序,質(zhì)控后共獲得134.085Gb高質(zhì)量數(shù)據(jù),分別檢測到6525078個和4260867個SNP。群體進(jìn)化樹、主成分及群體結(jié)構(gòu)三種分析均顯示,人蛔蟲種群和豬蛔蟲種群表現(xiàn)出明顯的遺傳分化,且連鎖不平衡分析發(fā)現(xiàn)人蛔蟲種群比豬蛔蟲種群更原始。2.選擇性消除分析...

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【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖1.1豬蛔蟲生活史Fig1.1LifecycleofA.suum

圖1.1豬蛔蟲生活史Fig1.1LifecycleofA.suum（http://cal.vet.upenn.edu/projects/merial/Ascarids/Asc₁5a.html）一期幼蟲；B：第二期幼蟲；C：第三期幼蟲；D：第四....

圖2.1人蛔蟲和豬蛔蟲DNA樣本電泳結(jié)果

2.1.3.6種群歷史動態(tài)分析基于人蛔蟲種群和豬蛔蟲種群的高質(zhì)量的SNP標(biāo)記，通過SNP間的連鎖不平衡對有效群體的大小進(jìn)行估算，以PSMC方法計算種群不同歷史時期有效群體的大小。2.2結(jié)果2.2.1測序數(shù)據(jù)統(tǒng)計本研究基于HiseqXten平臺對人蛔蟲種群和豬....

圖2.2人蛔蟲和豬蛔蟲堿基錯誤率分布圖

圖2.2人蛔蟲和豬蛔蟲堿基錯誤率分布圖Fig.2.2DistributionofsequencingerrorrateforA.lumbricoidesandA.suum2.2.3測序質(zhì)量分布情況本研究中測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量主要分布在Q20以上（圖2....

圖2.3人蛔蟲和豬蛔蟲測序質(zhì)量分布圖

圖2.2人蛔蟲和豬蛔蟲堿基錯誤率分布圖Fig.2.2DistributionofsequencingerrorrateforA.lumbricoidesandA.suum2.2.3測序質(zhì)量分布情況本研究中測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量主要分布在Q20以上（圖2....

本文編號：4005707