在某一特定類型的人類正常組織樣本內(nèi),基因表達(dá)水平的相對高低秩序(relative expression orderings,REOs)關(guān)系,即轉(zhuǎn)錄組定性特征,存在廣泛的穩(wěn)定性,而在其相應(yīng)的癌癥組織樣本中卻發(fā)生了廣泛的擾動�；谶@一生物學(xué)現(xiàn)象,我們實(shí)驗(yàn)室已經(jīng)開發(fā)幾個基于REOs的分析算法,如用于識別個體化水平的差異表達(dá)基因的RankComp算法,利用單邊數(shù)據(jù)識別疾病相關(guān)通路的DRFunc算法等。在這類方法中,通常都是篩選出基因表達(dá)的秩序關(guān)系在正常組織樣本中顯著穩(wěn)定的基因?qū)?利用其作為正常背景,然后通過癌癥組織樣本中的基因?qū)εc這個正常背景比較,進(jìn)行相關(guān)分析。REOs具有對實(shí)驗(yàn)批次效應(yīng)不敏感、可以整合不同來源的數(shù)據(jù),因此可以重復(fù)利用以往研究累積的樣本等優(yōu)點(diǎn)。然而,目前尚沒有研究分析如年齡、性別、種族以及吸煙等混雜因素對正常組織樣本中REOs的影響。在本研究中,我們搜集來自三個獨(dú)立數(shù)據(jù)集的173例肺正常組織樣本,用于評價(jià)混雜因素對REOs的影響。對于年齡因素,我們采用秩和檢驗(yàn)篩選與年齡相關(guān)的基因?qū)�。其他三個因素,首先,利用二項(xiàng)累積分布分別在兩類樣本中篩選顯著穩(wěn)定的基因?qū)?然后比較這兩類樣本中基...

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【學(xué)位級別】：碩士

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圖2.1在肺正常組織樣本中識別兩類樣本間群體水平的差異表達(dá)基因步驟，以性別為例，其他混雜因素類似

肺正常組織樣本中識別兩類樣本間群體水平的差異表達(dá)以性別為例，其他混雜因素類似。集分析與基因組百科全書KEGG（KyotoEncyclopediaof庫（http://www.genome.jp/kegg/），是一個儲存基因以及它們之間關(guān)系的數(shù)據(jù)庫[46-48]，目的是為了廣....

圖2.2本研究中的分析流程圖

通過由某些疾病相關(guān)的致病基因與已知的相互作用邊連成幾個獨(dú)立部和綜合的通路，疾病通路的基因可能會分成互相不相連的幾塊，而且也似的功能。除了定義通路之外，KEGG還開發(fā)了一些通路分析工具如K(mapper)[49]，其可以給各個通路中的感興趣的基因和酶等注釋上使用者的顏色，把從功....

本文編號：3927293