本文關(guān)鍵詞：462例肺結(jié)核患者結(jié)核分枝桿菌MLVA基因分型的研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：肺結(jié)核已成為威脅人類健康的全球性疾病，在發(fā)展中國家仍然是一個重大的公共衛(wèi)生負擔(dān)。作為早期基因分型金標(biāo)準(zhǔn)的插入序列6110限制性片段長度多態(tài)性（IS6110 RFLP）分型，其方法較為繁瑣，結(jié)果不易分析，實驗室間的結(jié)果很難進行比對。多位點數(shù)目可變串聯(lián)重復(fù)序列基因分型（MLVA）技術(shù)簡便快速，可操作性強，其速度遠超其他分型方法，且適用于大規(guī)模菌株基因型鑒定。目的利用MLVA分型技術(shù)，探討吉林省結(jié)核病院結(jié)核分枝桿菌的基因型，流行趨勢以及分布情況，為吉林省結(jié)核病的防控工作提供理論依據(jù)。方法收集吉林省結(jié)核病院2011年-2012年肺結(jié)核患者痰液標(biāo)本的結(jié)核分枝桿菌分離株，利用MLVA基因分型方法，對其進行基因分型的初步研究。本研究選用12個數(shù)目可變串聯(lián)重復(fù)序列（VNTR）位點進行分型檢測，采用Totalab軟件對檢測結(jié)果進行數(shù)據(jù)化分析，并利用BioNumerics（6.0）軟件得出聚類分析結(jié)果。用SPSS（13.0）統(tǒng)計軟件對462株結(jié)核分枝桿菌基因型不同因素的成簇性、186株優(yōu)勢菌株和與數(shù)據(jù)庫比對所得北京家族基因型結(jié)果進行統(tǒng)計學(xué)分析。結(jié)果（1）462株結(jié)核分枝桿菌臨床分離株的12個VNTR位點檢測結(jié)果顯示這些菌株均有明顯的多態(tài)性，12個VNTR位點的Hunter-Gaston指數(shù)從0.296到0.756，其中分辨力較高的位點是MIRU26、MIRU31、MIRU10、MIRU40，中等分辨力的位點是MIRU16、MIRU4、MIRU39、MIRU27、MIRU23、MIRU24、MIRU2，分辨力較低的位點是MIRU20。（2）利用Ward法（樹狀圖法）對462株臨床分離株和1株標(biāo)準(zhǔn)菌株H37Rv，共463株菌株進行基因分型，分為4個基因群（Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ），406個基因型，其中Ⅰ群占45％（210/463），含有210株菌和191個基因型，標(biāo)準(zhǔn)株也在該群，為主要流行菌型。（3）最近鄰法對462株臨床分離株和1株標(biāo)準(zhǔn)菌株H37Rv進行MLVA分型，結(jié)果分為6個基因群（a、b、c、d、e、f），460個基因型，a群占80％（371/463），為主要流行基因型，標(biāo)準(zhǔn)株在b群。（4）將462株臨床分離株及標(biāo)準(zhǔn)株與數(shù)據(jù)庫比對，結(jié)果顯示北京家族基因型占70％（324/463），非北京家族基因型占30％（139/463）。非北京家族基因型主要包括Bov、CAS、H_3、H_4、T_1、T_3、LAM等基因型。（5）462菌株成簇基因型與非成簇基因型在性別（χ~2=0.289，P=0.591）、年齡（χ~2=0.909，P=0.340）、初治復(fù)治（χ~2=3.135，P=0.077）、是否合并疾�。é謣2=0.404，P=0.525）、臨床類型（P0.05）之間差異均無統(tǒng)計學(xué)意義。（6）462菌株優(yōu)勢菌株與非優(yōu)勢菌株在性別（χ~2=2.803，P=0.094）、年齡（χ~2=0.201，P=0.654）、初治復(fù)治（χ~2=0.001，P=1.000）、臨床類型（χ~2=0.228，P=0.633）之間差異均無統(tǒng)計學(xué)意義，感染優(yōu)勢菌株基因型的患者中合并疾病的人數(shù)所占比例高于感染非優(yōu)勢菌株基因型患者中合并疾病人數(shù)所占比例（χ~2=6.292，P=0.012）。（7）462菌株北京家族基因型與非北京家族基因型在年齡（χ~2=0.490，P=0.484）、初治復(fù)治（χ~2=0.304，P=0.582）、是否合并疾�。é謣2=0.41，P=0.522）、臨床類型之間（P0.05）差異均無統(tǒng)計學(xué)意義，感染北京家族基因型患者中女性所占比例高于感染非北京家族基因型患者中女性所占比例（χ~2=5.909，P=0.015）。結(jié)論研究結(jié)果初步顯示（1）MIRU26、MIRU31、MIRU10、MIRU40位點是分析吉林省462例肺結(jié)核患者結(jié)核分枝桿菌基因分型的首選位點。（2）462株結(jié)核分枝桿菌臨床分離株存在著明顯的遺傳多態(tài)性。MLVA基因分型至少分為四個基因群，主要流行菌型為Ⅰ群和a群。（3）吉林省462例肺結(jié)核患者來自不同縣市其主要基因型群存在差異，大部分地區(qū)與總體的流行趨勢相符。（4）吉林省462例肺結(jié)核患者是否感染成簇基因型與性別、年齡、初診和復(fù)診、是否合并疾病、臨床類型均無關(guān)。（5）吉林省462例肺結(jié)核患者是否感染優(yōu)勢菌株基因型與性別、年齡、初診和復(fù)診、臨床類型均無關(guān)，僅與是否合并其他疾病有關(guān)，，感染優(yōu)勢菌株基因型患者合并其他疾病患者的比例高于感染非優(yōu)勢菌株基因型患者中合并其他疾病患者的比例。（6）吉林省462例肺結(jié)核患者是否感染北京家族基因型與年齡、初診和復(fù)診、是否合并疾病、臨床類型均無關(guān)，與性別有關(guān)，感染北京家族基因型患者中女性所占比例高于感染非北京家族基因型患者中女性所占比例。
【關(guān)鍵詞】：結(jié)核病 結(jié)核分枝桿菌 基因分型 多位點可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)序列分析 Hunter-Gaston指數(shù)
【學(xué)位授予單位】：吉林大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2013
【分類號】：R521
【目錄】：

• 摘要4-6
• ABSTRACT6-11
• 英文縮略詞表11-12
• 第1章 緒論12-21
• 1.1 結(jié)核病流行特征12-15
• 1.1.1 全球結(jié)核病流行現(xiàn)狀12-13
• 1.1.2 我國結(jié)核病流行現(xiàn)狀13-14
• 1.1.3 吉林省結(jié)核病流行現(xiàn)狀14-15
• 1.2 結(jié)核病流行過程15-16
• 1.2.1 傳染源15
• 1.2.2 傳播途徑15
• 1.2.3 易感人群15-16
• 1.3 結(jié)核病的診斷與治療16
• 1.4 結(jié)核病的分子生物學(xué)研究16-19
• 1.4.1 結(jié)核分枝桿菌的生物學(xué)特征16-17
• 1.4.2 結(jié)核分枝桿菌的基因分型方法17-19
• 1.5 結(jié)核分枝桿菌 MLVA 基因分型研究19-20
• 1.5.1 可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)序列19
• 1.5.2 多位點可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)序列基因分型19
• 1.5.3 MLVA 分型法在結(jié)核分枝桿菌基因分型中的應(yīng)用19-20
• 1.6 本課題研究意義20-21
• 第2章 材料與方法21-29
• 2.1 實驗材料21-22
• 2.1.1 實驗對象21
• 2.1.2 實驗菌株21
• 2.1.3 實驗試劑21
• 2.1.4 實驗耗材21-22
• 2.1.5 實驗儀器22
• 2.1.6 實驗試劑的配制22
• 2.2 研究方法22-27
• 2.2.1 調(diào)查內(nèi)容22
• 2.2.2 結(jié)核菌的培養(yǎng)22-23
• 2.2.3 DNA 的制備23
• 2.2.4 結(jié)核菌的鑒定23-25
• 2.2.5 MLVA 分型檢測25-27
• 2.3 數(shù)據(jù)整理與分析27-29
• 2.3.1 重復(fù)拷貝數(shù)的計算27
• 2.3.2 Hunter Gaston 指數(shù)（HGI）的計算27
• 2.3.3 聚類分析27-28
• 2.3.4 人群分布特征分析28-29
• 第3章 結(jié)果29-52
• 3.1 病例的一般狀況29
• 3.2 分離菌株的鑒定29-31
• 3.3 VNTR 位點檢測31-38
• 3.3.1 樣本的重復(fù)性檢測31
• 3.3.2 VNTR 位點檢測結(jié)果31-37
• 3.3.3 不同位點的分辨力37-38
• 3.4 菌株的 MLVA 基因分型38-46
• 3.4.1 待測菌株 VNTR 位點的重復(fù)拷貝數(shù)38
• 3.4.2 Ward 法 MLVA 基因分型38-42
• 3.4.3 最近鄰法 MLVA 基因分型42-44
• 3.4.4 MLVA 基因分型與數(shù)據(jù)庫比對結(jié)果44-46
• 3.5 基因型成簇性的分布特征46-48
• 3.5.1 性別分布46
• 3.5.2 年齡分布46
• 3.5.3 臨床特征分布46-48
• 3.6 優(yōu)勢菌株基因型的分布特征48-50
• 3.6.1 性別分布48
• 3.6.2 年齡分布48
• 3.6.3 優(yōu)勢菌株基因型的臨床特征分布48-50
• 3.7 Spoligotyping 基因分型的分布特征50-52
• 3.7.1 性別分布50
• 3.7.2 年齡分布50
• 3.7.3 北京家族基因型的臨床特征分布50-52
• 第4章 討論52-58
• 4.1 12 個 VNTR 位點的多態(tài)性52-53
• 4.2 MLVA 基因分型研究53-55
• 4.2.1 Ward 法（樹狀圖法）MLVA 基因分型研究53-54
• 4.2.2 最近鄰法 MLVA 基因分型研究54-55
• 4.3 基因型成簇性分析55
• 4.4 優(yōu)勢菌株基因型分析55-56
• 4.5 Spoligotyping 基因分型分析56-58
• 第5章 結(jié)論58-59
• 參考文獻59-66
• 攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文及取得的科研成果66-67
• 課題資助情況67-68
• 致謝68

【參考文獻】

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  本文關(guān)鍵詞：462例肺結(jié)核患者結(jié)核分枝桿菌MLVA基因分型的研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：330651