本文關(guān)鍵詞：略陽雞皮膚和肌肉組織轉(zhuǎn)錄組研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：略陽雞是產(chǎn)于陜西漢中地區(qū)的一個(gè)優(yōu)良地方品種,在陜西省略陽縣獨(dú)特的地理環(huán)境條件下經(jīng)長(zhǎng)期風(fēng)土馴化和長(zhǎng)期精心選育飼養(yǎng)而形成,具有“六端烏”(烏冠、烏喙、烏趾、烏舌、烏皮、烏骨)的特征,是略陽縣獨(dú)有的一種生物資源。又因其原產(chǎn)于略陽縣黑河流域,故俗稱黑河烏雞。烏雞體內(nèi)富含的黑色素,食用后可以促進(jìn)人體內(nèi)血色素和紅血球的增生,促進(jìn)身體健康,具有極高的滋補(bǔ)和藥用價(jià)值。因而黑色素作為烏雞價(jià)值的承載者,烏雞體內(nèi)黑色素的含量越多越好。但是,近年來略陽雞群體中烏質(zhì)性狀出現(xiàn)明顯退化,對(duì)烏雞生產(chǎn)造成很大的經(jīng)濟(jì)損失。同時(shí),由于略陽雞屬于地方品種,較肉雞生長(zhǎng)速度緩慢,生產(chǎn)力低下,直接影響了養(yǎng)殖戶的養(yǎng)殖積極性。純化群體烏質(zhì)性狀和提高生長(zhǎng)速度是目前略陽雞育種工作的核心內(nèi)容。本研究通過對(duì)16周齡黑色皮膚和白色皮膚略陽雞類群的皮膚及胸肌組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組高通量測(cè)序。依據(jù)測(cè)序結(jié)果,篩選、分析色素相關(guān)基因ASIP、TYR、KIT、OCA2、TYRP1、KITLG、MITF、MC1R等在皮膚組織的差異表達(dá),以及調(diào)控肌肉沉積主效基因——MUSTN1基因在肌肉組織中的差異表達(dá),并通過熒光實(shí)時(shí)定量PCR反應(yīng)對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行了驗(yàn)證。取得以下結(jié)果:1.檢測(cè)得到只在黑色皮膚略陽雞個(gè)體中表達(dá)的基因81個(gè),只在白色皮膚個(gè)體中表達(dá)的基因82個(gè),在二者中都檢測(cè)到的基因有506個(gè)。2.檢測(cè)得到在白色皮膚略陽雞和黑色皮膚略陽雞的肌肉組織中表達(dá)的基因個(gè)數(shù)分別為18608和22563,并發(fā)現(xiàn)28個(gè)差異表達(dá)基因。3.略陽雞黑色皮膚與白色皮膚中,除了TYRP1基因,調(diào)控色素沉著的主效基因(ASIP、TYR、KIT、OCA2、KITLG、MITF、MC1R)在兩種不同膚色皮膚組織中均可以表達(dá)。4.熒光實(shí)時(shí)定量PCR驗(yàn)證表明,皮膚組織中ASIP、TYR、KIT和OCA2的表達(dá)量黑色皮膚較白色皮膚顯著上調(diào)(P0.05),KITLG、MITF和MC1R在不同膚色中差異不顯著(P0.05),TYRP1在皮膚組織中未檢測(cè)到表達(dá),與測(cè)序結(jié)果一致。5.肌肉和皮膚組織測(cè)序結(jié)果均表明,MUSTN1基因在略陽雞皮膚和肌肉中均差異表達(dá),且在黑皮膚個(gè)體中均極顯著上調(diào)(P0.01),揭示MUSTN1基因在肌肉和皮膚組織中的表達(dá)與膚色性狀密切相關(guān)。6.通過熒光實(shí)時(shí)定量PCR檢測(cè)表明,在16周齡黑皮膚略陽雞類群中,MUSTN1基因在皮膚組織中的表達(dá)量顯著高于在腿肌和胸肌中的表達(dá)量(P0.05);在胸肌組織中,MUSTN1基因在白色皮膚類群中的表達(dá)量顯著高于黑色皮膚類群中的表達(dá)量(P0.05)。7.通過對(duì)兩組測(cè)序數(shù)據(jù)的進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn),MITF基因在略陽雞兩個(gè)膚色類群中存在可變剪接,剪接存在于5’UTR區(qū)和第一外顯子之間。以上結(jié)果對(duì)略陽雞烏質(zhì)性狀及肌肉性狀的選種選育提供了重要的參考價(jià)值,同時(shí)為烏雞黑色素沉著和肌肉沉積機(jī)理的進(jìn)一步深入研究提供科學(xué)的理論依據(jù)。
【關(guān)鍵詞】：略陽雞 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 皮膚 肌肉 熒光定量
【學(xué)位授予單位】：西北農(nóng)林科技大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：S831
【目錄】：

• 摘要6-8
• ABSTRACT8-12
• 第一章 文獻(xiàn)綜述12-22
• 1.1 略陽雞概況12-13
• 1.1.1 略陽雞的歷史起源與現(xiàn)狀12-13
• 1.1.2 目前略陽雞養(yǎng)殖過程中存在的問題13
• 1.2 黑色素合成機(jī)制13-14
• 1.3 色素性狀相關(guān)基因在雞遺傳育種中的研究進(jìn)展14-18
• 1.3.1 TYR家族基因15-16
• 1.3.2 KIT和KITLG基因16
• 1.3.3 ASIP基因16-17
• 1.3.4 MC1R基因17
• 1.3.5 OCA2基因17
• 1.3.6 MITF基因17-18
• 1.4 肌肉沉積主效調(diào)控基因—MUSTN1基因18-19
• 1.5 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)機(jī)理及在家禽遺傳育種中的應(yīng)用19-20
• 1.6 本研究的目的與意義20-22
• 第二章 略陽雞皮膚組織轉(zhuǎn)錄組研究22-39
• 2.1 本研究技術(shù)路線22-23
• 2.2 材料與方法23-25
• 2.2.1 試驗(yàn)動(dòng)物和樣品23
• 2.2.2 主要試驗(yàn)試劑及其配制23
• 2.2.3 儀器設(shè)備23-24
• 2.2.4 總RNA的提取24
• 2.2.5 熒光定量PCR特異性引物24-25
• 2.2.6 模板CDNA25
• 2.3 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序25-27
• 2.4 驗(yàn)證試驗(yàn)27-28
• 2.4.1 RNA的提取27
• 2.4.2 模板CDNA的制備27
• 2.4.3 PCR反應(yīng)27
• 2.4.4 熒光定量PCR反應(yīng)27-28
• 2.4.5 數(shù)據(jù)處理28
• 2.5 結(jié)果與分析28-35
• 2.5.1 皮膚組織轉(zhuǎn)錄組測(cè)序28-33
• 2.5.2 差異表達(dá)基因的驗(yàn)證33-35
• 2.6 討論35-39
• 2.6.1 MC1R基因?qū)﹄u膚色的調(diào)控35-36
• 2.6.2 主效色素調(diào)控基因?qū)﹄u膚色的調(diào)控36-37
• 2.6.3 MITF基因的可變剪接分析37-39
• 第三章 略陽雞肌肉組織轉(zhuǎn)錄組研究39-48
• 3.1 技術(shù)路線39
• 3.2 材料與方法39-40
• 3.2.1 試驗(yàn)動(dòng)物和樣品39
• 3.2.2 主要試驗(yàn)試劑及其配制39
• 3.2.3 儀器設(shè)備39
• 3.2.4 總RNA的提取39
• 3.2.5 熒光定量PCR特異性引物39-40
• 3.2.6 模板CDNA40
• 3.3 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序40
• 3.4 MUSTN1基因的表達(dá)驗(yàn)證40
• 3.4.1 RNA的提取40
• 3.4.2 模板CDNA的制備40
• 3.4.3 PCR反應(yīng)40
• 3.4.4 熒光定量PCR反應(yīng)40
• 3.4.5 數(shù)據(jù)處理40
• 3.5 結(jié)果與分析40-46
• 3.5.1 肌肉組織轉(zhuǎn)錄組測(cè)序40-44
• 3.5.2 MUSTN1基因的表達(dá)驗(yàn)證44-46
• 3.6 討論46-48
• 第四章 結(jié)論48-49
• 參考文獻(xiàn)49-54
• 附錄54-57
• 致謝57-58
• 作者簡(jiǎn)介58

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  本文關(guān)鍵詞：略陽雞皮膚和肌肉組織轉(zhuǎn)錄組研究，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號(hào)：386353