研究旨在基因組水平上揭示河南斗雞的遺傳進化機制。利用RAD-seq簡化基因組測序鑒定河南斗雞與其他18個地方雞種、2個引入肉雞品種的SNP標記,計算遺傳統(tǒng)計量,分析河南斗雞的遺傳多樣性和遺傳結構,鑒定受選擇基因。結果表明,在河南斗雞中鑒定出SNP標記259,412個。與其他18個地方雞種相比,河南斗雞的觀察雜合度Ho(0.1560)和核苷酸多樣度Pi(0.1752)均為最低,近交系數(shù)Fis為0.1099,遺傳多樣性相對匱乏;河南斗雞的平均遺傳分化系數(shù)Fst最高(0.2187),平均基因流Nm最低(0.9017),在以引入品種為外群的系統(tǒng)發(fā)育樹中形成一個獨立的分支。通過Fst和θπ檢驗,在河南斗雞中鑒定出24個受選擇區(qū)域、129個受選擇基因。GO和KEGG分析表明這些受選擇基因主要富集在能量代謝、神經(jīng)系統(tǒng)發(fā)育、運動行為、微管細胞骨架等生物學通路。

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 試驗材料
    1.2 試驗方法
        1.2.1 RAD-seq 簡化基因組測序
        1.2.2 SNP 質控
        1.2.3 統(tǒng)計分析
2 結 果
    2.1 基因組SNP鑒定
    2.2 群體遺傳多樣性分析
    2.3 群體遺傳結構分析
    2.4 選擇信號分析
3 討 論
    3.1 基因組SNP鑒定和遺傳多樣性分析
    3.2 基因組選擇信號分析



本文編號：3842621