為研究microRNA（miRNA）在五指山豬和長白豬肌肉生長發(fā)育中的差異和探究差異miRNA對骨骼肌發(fā)育轉(zhuǎn)錄后調(diào)控的影響,以1月齡的五指山豬和長白豬背最長肌為材料,通過轉(zhuǎn)錄組測序和生物信息學分析篩選與骨骼肌發(fā)育相關的差異miRNA。結果顯示,從2個文庫中共鑒定獲得318種己知的豬miRNA,五指山豬和長白豬分別鑒定出312個和306個已知miRNA,同時分別發(fā)現(xiàn)了83個和88個新的miRNA。獲得17個差異顯著的miRNA,其中16個miRNA表達上調(diào),1個miRNA表達下調(diào)。靶基因預測和生物學功能預測發(fā)現(xiàn)17個差異miRNA,共預測到535個靶基因,靶向作用于mTOR信號通路和肌動蛋白細胞骨架調(diào)控的ssc-miR-486,ssc-miR-204,ssc-miR-338和ssc-miR-885-3p 4個miRNA可能參與骨骼肌生長發(fā)育過程。 

【文章來源】：江蘇農(nóng)業(yè)學報. 2020,36(03)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

表達量前10的豬miRNA統(tǒng)計

經(jīng)過對原始數(shù)據(jù)(Raw data)的過濾篩選和質(zhì)量評估,共構建了五指山小型豬和長白豬的2個背最長肌miRNA文庫。從2個miRNA文庫中分別獲得21 178 739條和20 725 847條miRNA原始序列,去除低質(zhì)量Read后,分別獲得高質(zhì)量Clean reads 20 165 360條和19 565 284條,分別占總Read的95.22%和94.4%。能夠定位到豬基因組上的特異性Unique序列分別有420 645條和678 594條,分別達到59.47%和61.44%。由圖1可知,這些讀段序列長度大多數(shù)分布在20～23 nt,其中序列長度22 nt所占比例最大,與典型的miRNA長度分布相符。同時我們對已知miRNA 堿基偏向性進行統(tǒng)計,發(fā)現(xiàn)五指山豬和長白豬背肌中18～26 nt miRNA首位堿基對U具有強烈的偏好性(圖2),與前人的研究結果相同[3]。2.2 已知的豬miRNA的鑒定和統(tǒng)計分析

首先,將測序所得的Clean reads與miRbase21.0中已知的豬miRNA前體序列進行比對,結果顯示,從2個文庫中共鑒定獲得318種己知的豬miRNA,從五指山豬和長白豬中分別鑒定出312個和306個已知miRNA,其中有300個miRNA共表達,這些miRNA分別能被定位到280個和277個已知的豬miRNA前體上。對于比對上的豬基因組但未注釋上任何RNA類型的Clean reads,結合miRNA的生物學特征,運用Mireap 預測軟件對其進行新miRNA預測分析,在五指山豬中發(fā)現(xiàn)了83個新miRNA,在長白豬中發(fā)現(xiàn)了88個新miRNA。對miRNA表達量進行統(tǒng)計后發(fā)現(xiàn), ssc-miR-206、ssc-miR-1、ssc-miR-let7家族、ssc-miR-26a、ssc-miR-10a等多個miRNA在1月齡五指山豬和長白豬背肌組織中均高表達(圖3)。而作為肌肉特異性ssc-miR-133a-3p在1月齡五指山豬和長白豬背肌組織樣品中表達量分別排在第14和20位。這些新發(fā)現(xiàn)的miRNA表達量都很低,RPKM>300的miRNA僅有2個,分別為ssc-novel-miR-4和novel-miR-45。圖3 表達量前10的豬miRNA統(tǒng)計

【參考文獻】：
期刊論文
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[2]p53基因3′UTR雙熒光素酶報告質(zhì)粒的構建及其與miRNA-2127靶向關系的驗證[J]. 張玉霞,袁小遠,王友令,孟凱.  山東農(nóng)業(yè)科學. 2019(01)
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博士論文
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[2]萊蕪豬和大白豬背最長肌miRNA與mRNA轉(zhuǎn)錄組測序及特征分析[D]. 陳偉.山東農(nóng)業(yè)大學 2014

碩士論文
[1]miR-204-5p對C2C12細胞成肌分化的影響[D]. 游路.四川農(nóng)業(yè)大學 2016
[2]豬肌肉生長相關microRNA-1a，133b和206a的表達分析[D]. 王睿琪.湖南農(nóng)業(yè)大學 2011



本文編號：3622504