本試驗以甘肅高山細毛羊、藏綿羊、灘羊、塔什庫爾干羊、哈薩克羊和湖羊共6個綿羊群體為研究對象,克隆測定藏綿羊PHD2基因CDS序列并對其進行生物信息學分析;采用實時熒光定量PCR技術檢測PHD2基因mRNA在綿羊十二指腸等13個組織中的相對表達量。運用PCR-SSCP技術分析6個綿羊群體中PHD2基因的遺傳多態(tài)性,以探討藏綿羊PHD2基因遺傳特異性,豐富藏綿羊高原低氧適應候選基因的研究基礎數據。主要研究結果及結論如下:（1）本試驗經克隆測序獲得藏綿羊PHD2基因CDS序列,序列長2609bp,編碼358個氨基酸殘基;與Ensemble數據庫中綿羊序列比對發(fā)現2個SNPs,均為同義突變。蛋白分子式為C1691H2674N496O514S12,分子量為38561.5,理論等電點（PI）為8.64。該蛋白由線粒體合成,為親水性蛋白和穩(wěn)定蛋白。預測分析發(fā)現藏綿羊PHD2蛋白無信號肽剪切位點和跨膜螺旋結構,存在兩個低復雜度區(qū)域和三個結構域。該蛋白翻譯后修飾的主要方式是磷酸化,在細胞內主要行翻譯、氨基酸生物合成、中央中介代謝、調節(jié)功能、復制和轉錄和脂肪酸代謝作用,且以連接酶的形式在細胞內發(fā)揮底物合成... 

【文章來源】：甘肅農業(yè)大學甘肅省

【文章頁數】：71 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Summary
第一章 文獻綜述
    1 高原低氧適應性進化
        1.1 生理生化、形態(tài)結構和細胞代謝等的適應性進化特征
        1.2 分子水平適應進化
    2 脯氨酸羥化酶概述
        2.1 PHDs家族概述
        2.2 PHDs的類型和分布
        2.3 染色體定位及基因結構
        2.4 PHDs家族的工作機制
        2.5 PHDs家族的生物學功能
    3 PHD2基因及其研究進展
        3.1 PHD2基因的結構特點及表達調控
        3.2 PHD2基因多態(tài)性和表達研究
        3.3 PHD2基因在高原低氧適應中的研究進展
    4 本研究的目的和意義
第二章 試驗材料與研究方法
    1 試驗材料
        1.1 血樣、組織樣采集
        1.2 主要試劑、儀器設備和主要溶劑配制
    2 試驗方法
        2.1 DNA的提取和檢測
        2.2 總RNA的提取和檢測
        2.3 cDNA合成
        2.4 引物設計與擴增
        2.5 擴增產物瓊脂糖檢測
        2.6 擴增產物SSCP檢測
        2.7 基因克隆與測序
    3 數據分析方法
        3.1 生物信息學分析方法
        3.2 實時熒光定量數據分析方法
        3.3 基因多態(tài)性分析方法
第三章 結果與分析
    1 藏綿羊PHD2基因生物信息學分析
        1.1 藏綿羊PHD2基因PCR擴增結果
        1.2 藏綿羊擴增序列比對
        1.3 藏綿羊PHD2蛋白理化性質分析
        1.4 亞細胞定位
        1.5 信號肽剪切位點預測
        1.6 跨膜螺旋結構預測
        1.7 磷酸化和糖基化位點預測
        1.8 保守結構域分析
        1.9 親疏水性分析
        1.10 功能預測與分析
        1.11 二級結構和三級結構預測分析
    2 綿羊PHD2基因各組織表達差異
        2.1 總RNA提取瓊脂糖電泳質量檢測
        2.2 目的基因PCR產物瓊脂糖電泳檢測
        2.3 目的基因RT-qPCR動力學曲線分析
        2.4 目的基因RT-qPCR溶解曲線分析
        2.5 目的基因在綿羊不同組織中的表達分析
    3 綿羊PHD2基因多態(tài)性遺傳特征
        3.1 PCR擴增檢測
        3.2 SSCP檢測
        3.3 等位基因序列比對
        3.4 群體遺傳特性分析
第四章 討論
    1 藏綿羊PHD2基因生物信息學特征
    2 綿羊PHD2基因mRNA表達差異
    3 綿羊PHD2基因變異特征
第五章 結論
參考文獻
附件
致謝
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導師簡介


【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3351793