圓環(huán)病毒病是由圓環(huán)病毒感染所引起的器官功能性障礙或繁殖障礙疾病,該病是世界范圍內(nèi)公認(rèn)的嚴(yán)重危害養(yǎng)豬業(yè)的主要疾病之一,當(dāng)與其他病毒混合感染時(shí)往往對(duì)豬造成嚴(yán)重的危害。為了解PCV2在河北省流行特點(diǎn)及遺傳演化規(guī)律,本研究建立PCV2和PCV3雙重納米PCR檢測(cè)方法,對(duì)河北省養(yǎng)豬場(chǎng)的379份臨床樣品進(jìn)行PCV2和PCV3檢測(cè),并對(duì)47陽(yáng)性樣品進(jìn)行了PCV2 ORF2基因測(cè)序分析,部分PCV2和PCV3全基因序列分析,結(jié)果如下:1.應(yīng)用PCR方法對(duì)379份臨床樣品進(jìn)行檢測(cè)。結(jié)果發(fā)現(xiàn)PCV2的陽(yáng)性感染率達(dá)到53.6%,PCV3的陽(yáng)性感染率較低為25.6%,而PCV2和PCV3混合感染率為12.1%,表明我省北部地區(qū)PCV2和PCV3感染較普遍。47個(gè)強(qiáng)陽(yáng)性樣品的PCV2 ORF2基因遺傳演化分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)2015²019年間河北省PCV2優(yōu)勢(shì)流行毒株為PCV2b和PCV2d亞型,但亦存在少數(shù)PCV2e的流行。2.應(yīng)用PCR檢測(cè)方法對(duì)2株P(guān)CV2（HB-PCV2-5、HB-PCV2-182）和1株P(guān)CV3（HB-PCV3）陽(yáng)性毒株的全基因進(jìn)行擴(kuò)增、克隆、測(cè)序和遺傳進(jìn)化分析。結(jié)果... 

【文章來(lái)源】：河北科技師范學(xué)院河北省

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

PCV2ORF2基因遺傳進(jìn)化樹(shù)

第二章PCV2和PCV3遺傳演化分析302.3.3PCV2ORF2核苷酸序列同源性分析根據(jù)進(jìn)化樹(shù)分析結(jié)果選取14株遺傳進(jìn)化距離較遠(yuǎn)差異較大的PCV2ORF2序列與18株參考毒株進(jìn)行同源性比對(duì)分析（圖2-2），發(fā)現(xiàn)14株P(guān)CV2ORF2序列之間核苷酸同源性為87.0%~97.7%，與參考毒株及疫苗株間同源性為83.5%~97.3%，其中分離毒株與疫苗株LG-HM038034.1和SH-HM038027.1的同源性分別為87.3%~90.6%和88.1%~96.2%。圖2-2部分PCV2分離株ORF2基因核苷酸同源性比對(duì)Fig.2-2ComparisonofnucleotidehomologyofORF2geneofsomePCV2isolates2.3.4PCV2ORF2氨基酸位點(diǎn)比對(duì)分析利用Megalign對(duì)代表毒株和參考毒株的氨基酸序列進(jìn)行位點(diǎn)比對(duì)分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)其氨基酸同源性在87.1%~100%之間，PCV2Cap蛋白變異較高的位點(diǎn)主要集中于50~90aa，130~135aa和184~191aa三個(gè)區(qū)段（圖2-3）。

第二章PCV2和PCV3遺傳演化分析31圖2-3PCV2ORF2氨基酸位點(diǎn)比對(duì)分析Fig.2-3PCV2ORF2aminoacidpositioncomparisonanalysis2.3.5PCV2和PCV3全基因擴(kuò)增結(jié)果通過(guò)優(yōu)化PCR反應(yīng)溫度及條件，得到PCV2的擴(kuò)增條帶為1768bp，PCV3的擴(kuò)增條帶為2000bp，與預(yù)期目標(biāo)相符。2.3.6PCV2全基因片段克隆及序列拼接將擴(kuò)增獲得的全基因組片段的PCR產(chǎn)物，經(jīng)過(guò)純化、連接、轉(zhuǎn)化后，挑取單個(gè)菌落，搖菌擴(kuò)大培養(yǎng)后提取質(zhì)粒。用快速內(nèi)切酶進(jìn)行雙酶切鑒定，將鑒定為陽(yáng)性的質(zhì)粒送測(cè)序。測(cè)序結(jié)果用軟件拼接處理，獲得PCV2和PCV3的全基因序列，并將其全基因組序列提交至NCBI，PCV2的GenBank登陸號(hào)為MT711855和MT711856，PCV3的GenBank登陸號(hào)為MT71187。分析得出PCV2和PCV3各片段的信息（表2-10、表2-11）。表2-10PCV2全基因結(jié)構(gòu)分析Table2-10DetailanalysisofPCV2straingenomicregionsRegionNucleotidelengthAminoacidORF1942314ORF2702234ORF3312104

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
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本文編號(hào)：3295350