口蹄疫（FMD）是由口蹄疫病毒感染引起豬、牛、羊等偶蹄動物的一種急性,烈性傳染病,給我國畜牧業(yè)健康發(fā)展造成巨大威脅。目前,對于FMD大部分的研究主要集中于口蹄疫病理及病因上,而對宿主感染FMDV后腸道菌群的變化狀況卻鮮有報道。利用Illumina高通量測序技術,我們研究了口蹄疫病毒感染對乳鼠腸道菌群的影響。研究發(fā)現(xiàn)在門水平,與對照組相比,口蹄疫病毒感染顯著提高了乳鼠腸道中Proteobacteria的豐度,而降低了Fusobacteria和Firmicutes的豐度。在屬水平,與對照組相比,口蹄疫病毒感染顯著降低了Fusobacterium的豐度。由此可見,口蹄疫病毒感染與乳鼠腸道微生物菌群多樣性及物種豐度的變化存在關聯(lián)性。為了進一步研究抗病毒狀態(tài)下腸道菌群的情況,首先我們對I型干擾素的IFN-ε,δ,ω,αω亞型進行了研究。近幾年的研究顯示epsilon干擾素在病毒急性期感染期間并不會導致它的上調,它在FMDV感染的表達情況未見報道。首先我們通過建立檢測小鼠epsilon干擾素的實時熒光定量方法,檢測了乳鼠IFN-ε在感染前后及不同時間段的變化,發(fā)現(xiàn)IFN-εmRNA轉錄水平在乳鼠感... 

【文章來源】：中國農業(yè)科學院北京市

【文章頁數(shù)】：64 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

型干擾素的信號通路Figure1.TypeIInterferonSignalingPathway

分析軟件對實驗數(shù)據(jù)進行統(tǒng)計分析，顯著性分析采用單因素方差有統(tǒng)計學意義。的分類學鑒定中共收集了 26 個糞便樣品用于測序后續(xù)的分析，共產生 1相應的平均每個樣本為 11612 條序列（范圍從 7882 到 128每個樣品序列長度分布見圖 2.1。此外，稀釋曲線基本達到檢測到，并且測序量能夠反應樣品中絕大部分的微生物信息OTUs 劃分為不同類別，包括門，類，聚，科和屬水平。將至 OTU 用于后續(xù)的分析。根據(jù)獲得的 OTU 數(shù)據(jù)來制作每個樣覆蓋率。在這些樣品中共有 9 門，14 類，20 個目，39 個科

圖 2.2 乳鼠腸道樣本測序序列稀釋曲線（相似度：97%）.2 Rarefaction curve of sequenced reads in feces of mice (similari腸道菌群在門類水平的變化情況 組中優(yōu)勢細菌的百分比為 80%的 Firmicutes，2.27%% Actinobacteria，而在 FF 組乳鼠中的百分比分別為對照組與病毒感染組腸道微生物中也主要由 Firmacteria 組成（圖 2.4，2.5，2.6）。盡管如此，病毒異（圖 2.4），例如在聚類水平上，口蹄疫病毒感染icutes 和 Fusobacteria 降低了。圖 2.6 呈現(xiàn)了腸道微heatmap），結果表明 FF 組小鼠腸道微生物結構發(fā)

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3215032