牛卵泡發(fā)育相關(guān)基因表達的研究
發(fā)布時間：2021-02-18 00:42
牛屬于單胎動物,在一般情況下一個發(fā)情周期卵巢內(nèi)只有一個成熟卵泡釋放卵子,大量發(fā)育的卵泡在其發(fā)生過程中閉鎖而不能排卵,限制了養(yǎng)牛業(yè)的快速發(fā)展。卵母細(xì)胞本身在內(nèi)分泌激素的調(diào)控下有序的生長、發(fā)育,相關(guān)的基因在不同的時空準(zhǔn)確表達。一些可能的因子（促性腺激素,生長因子,c-kit）已經(jīng)有人研究過,但是抑制卵泡生長發(fā)育的機制我們知道的仍然很少。本試驗以牛卵泡為研究對象,利用深度測序技術(shù)篩選出10個與卵泡發(fā)育相關(guān)的基因,進一步通過qRT-PCR技術(shù)對這10個基因在另一時期加以研究,旨在探討其與母牛繁殖性能的關(guān)系,為進一步研究母牛繁殖方面的調(diào)控提供理論依據(jù)。本試驗的研究結(jié)果及結(jié)論如下：1.通過深度測序技術(shù)對牛ODF1和PDF1顆粒細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進行了分析,分別獲得了43,708,132和44,082,301個"clean reads"。在這兩個文庫中,統(tǒng)計得到了719個表達量相對較高的基因,并且還獲得了83個差異表達基因,其中41個下調(diào)基因,42個上調(diào)基因。通過功能篩選,發(fā)現(xiàn)10個基因在牛卵泡發(fā)育過程中可能起到關(guān)鍵作用。2.熒光定量PCR結(jié)果表明：MAPK13和CPXM1在從屬卵泡顆粒細(xì)胞中的表達量極...
【文章來源】：山西農(nóng)業(yè)大學(xué)山西省
【文章頁數(shù)】：58 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
發(fā)情周期內(nèi)卵泡發(fā)育波圖解（引自丨relandJ.J.etal,2000)
結(jié)果發(fā)現(xiàn)兩組樣本的總RNA的純度比較高且完整性好，可直接用于下一步深度測序（見圖2-1)。I 一 s< . ~18S圖2-1總RNA電泳圖Fig.2-1 Gel electrophoresis figure for total RNA2.2 Illumina測序與序列重新裝配通過Illumina平臺對PDFl和ODFl測序，我們分別得到44,189,827和43,826,914個原始“reads”。經(jīng)過去除接頭、低質(zhì)量的“reads”以及空“reads”等一系列過濾過程后，分別產(chǎn)生了44，082,301和43,708,132個“dean reads”。然后使用CLC基因組學(xué)工作平臺(CLC bio, Aarhus, Denmark)將這些“clean reads"映射到牛的RefSeq數(shù)據(jù)庫中，我們得到35,325經(jīng)過注釋的轉(zhuǎn)錄本。，我們規(guī)定對RPKM< 0.5的基因可以視為在這兩種不同時期的卵泡顆粒細(xì)胞中不表達。經(jīng)過計算，共有15，533個基因在PDF1和ODF1顆粒細(xì)胞中表達。此外
為了進一步了解這些上調(diào)基因的功能，我們將這42個基因的“term”映射到GO數(shù)據(jù)庫中，發(fā)現(xiàn)其中22個基因有GO ID并且可以劃分為三大類，共14個功能性的分組(圖2-3)，其中17個基因表現(xiàn)為生物學(xué)過程(35%), 14個基因表現(xiàn)為細(xì)胞組分(30%)，還有17個表現(xiàn)為分子功能(35%).'4 r UO。-- . S I Il-mZ z Z Z z ZZ Z z Z 聲 z Z、分、z Z \ 》V )^ Y YBiological process C'elluhir component Molecular function圖2-3在ODFl和PDFl中表現(xiàn)在正調(diào)控基因的GO分析Fig 2-3. GO analysis of genes up-regualted in ODFl vs PDFl2.5 KEGG pathway顯著富集分析為了進一步研究這些表達量相對較高基因的信號通路，我們通過將這719個基因映射到KEGG數(shù)據(jù)庫中，發(fā)現(xiàn)其中有189個基因有特異的KEGG pathway注釋，并且可以歸為12類（見圖2-3)。在這12類pathway中顯著富集的基因都參與了核糖體pathway。此夕卜，我們專門對在ODFl/PDFl中表現(xiàn)為上調(diào)的42個基因進行KEGG pathway分析，發(fā)現(xiàn)CYP11A1和CYP19A1參與了類固醇激素生物合成
【參考文獻】：
期刊論文
[1]補體系統(tǒng)絲氨酸蛋白酶的結(jié)構(gòu)與功能[J]. 何智,陳政良. 國外醫(yī)學(xué)(免疫學(xué)分冊). 2004(06)
博士論文
[1]PRRSV和CSFV實時熒光定量PCR方法的建立及PRRSV M蛋白重組質(zhì)粒實驗免疫研究[D]. 牛偉.吉林大學(xué) 2012
本文編號：3038788
【文章來源】：山西農(nóng)業(yè)大學(xué)山西省
【文章頁數(shù)】：58 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
發(fā)情周期內(nèi)卵泡發(fā)育波圖解（引自丨relandJ.J.etal,2000)
結(jié)果發(fā)現(xiàn)兩組樣本的總RNA的純度比較高且完整性好，可直接用于下一步深度測序（見圖2-1)。I 一 s< . ~18S圖2-1總RNA電泳圖Fig.2-1 Gel electrophoresis figure for total RNA2.2 Illumina測序與序列重新裝配通過Illumina平臺對PDFl和ODFl測序，我們分別得到44,189,827和43,826,914個原始“reads”。經(jīng)過去除接頭、低質(zhì)量的“reads”以及空“reads”等一系列過濾過程后，分別產(chǎn)生了44，082,301和43,708,132個“dean reads”。然后使用CLC基因組學(xué)工作平臺(CLC bio, Aarhus, Denmark)將這些“clean reads"映射到牛的RefSeq數(shù)據(jù)庫中，我們得到35,325經(jīng)過注釋的轉(zhuǎn)錄本。，我們規(guī)定對RPKM< 0.5的基因可以視為在這兩種不同時期的卵泡顆粒細(xì)胞中不表達。經(jīng)過計算，共有15，533個基因在PDF1和ODF1顆粒細(xì)胞中表達。此外
為了進一步了解這些上調(diào)基因的功能，我們將這42個基因的“term”映射到GO數(shù)據(jù)庫中，發(fā)現(xiàn)其中22個基因有GO ID并且可以劃分為三大類，共14個功能性的分組(圖2-3)，其中17個基因表現(xiàn)為生物學(xué)過程(35%), 14個基因表現(xiàn)為細(xì)胞組分(30%)，還有17個表現(xiàn)為分子功能(35%).'4 r UO。-- . S I Il-mZ z Z Z z ZZ Z z Z 聲 z Z、分、z Z \ 》V )^ Y YBiological process C'elluhir component Molecular function圖2-3在ODFl和PDFl中表現(xiàn)在正調(diào)控基因的GO分析Fig 2-3. GO analysis of genes up-regualted in ODFl vs PDFl2.5 KEGG pathway顯著富集分析為了進一步研究這些表達量相對較高基因的信號通路，我們通過將這719個基因映射到KEGG數(shù)據(jù)庫中，發(fā)現(xiàn)其中有189個基因有特異的KEGG pathway注釋，并且可以歸為12類（見圖2-3)。在這12類pathway中顯著富集的基因都參與了核糖體pathway。此夕卜，我們專門對在ODFl/PDFl中表現(xiàn)為上調(diào)的42個基因進行KEGG pathway分析，發(fā)現(xiàn)CYP11A1和CYP19A1參與了類固醇激素生物合成
【參考文獻】：
期刊論文
[1]補體系統(tǒng)絲氨酸蛋白酶的結(jié)構(gòu)與功能[J]. 何智,陳政良. 國外醫(yī)學(xué)(免疫學(xué)分冊). 2004(06)
博士論文
[1]PRRSV和CSFV實時熒光定量PCR方法的建立及PRRSV M蛋白重組質(zhì)粒實驗免疫研究[D]. 牛偉.吉林大學(xué) 2012
本文編號：3038788
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