【摘要】：江口蘿卜豬是貴州省優(yōu)良的地方畜禽品種,具有肉質細嫩,鮮香濃郁的特點。因此,篩選有效的分子標記,對于江口蘿卜豬的選種選育有著重要意義。STAT3是JAK-STAT通路中重要的轉錄激活因子,對于脂質代謝有重要的調控作用,UCP2、UCP3作為解耦聯蛋白家族成員,對動物機體的能量代謝模式有著重大的影響,因此它們均是作為改善畜禽生產性能和肉質性能的重要候選基因。本試驗以江口蘿卜豬為試驗材料采用混合DNA池直接測序法篩選SNPs位點,并做生物信息學分析、群體遺傳參數分析以及連鎖不平衡分析;對SNPs位點采用直接測序法分型各個體基因型并對各基因型與肉質性狀進行關聯性分析。同時采用qPCR方法檢測各基因不同組織、不同月齡的表達量。另外分析了這三個基因在背最長肌表達量與肉質性狀的相關性。獲得主要結果如下:1.在STAT3基因中篩查出1個SNP位點(STAT3-C56621T),位于16外顯子,為同義突變,生物信息學分析發(fā)現該突變位點對mRNA二級結構的構象造成較大的影響,最小自由能增大,使結構穩(wěn)定性降低。在樣本群體中STAT3基因C56621T位點只發(fā)現突變型TT和雜合型TC,其中T為優(yōu)勢等位基因,基因頻率為0.7430�；蛐团c肉質關聯性分析發(fā)現TT型的江口蘿卜豬大理石紋和熟肉率顯著高于TC型,TT型剪切力和失水率顯著低于TC型豬,總體來看TT型豬肉質好于TC型豬。對不同組織、不同月齡江口蘿卜豬STAT3基因的表達分析表明:不同組織之間比較,肺、十二指腸、脾中的表達量顯著高于其它組織。江口蘿卜豬背最長肌STAT3基因表達量與肌內脂肪含量、大理石紋評分、熟肉率呈正相關,與剪切力呈負相關,突變型TT個體背最長肌中STAT3基因的表達量顯著高于雜合型CT。不同月齡中,在腎、胃、肝臟和心4個組織中,其表達量與月齡無關,背最長肌、腰大肌、肺以及十二指腸中STAT3基因的表達量隨月齡的增長而增長;2、在UCP2基因上篩查到6個SNPs位點,其中3個位于啟動子,另外3個位于3’UTR區(qū),江口蘿卜豬UCP2基因啟動子序列與Genbank參考序列對比發(fā)現了一段長17 bp的插入序列,生物信息學分析表明3個位于啟動子上的多態(tài)位點和17bp插入序列可能導致UCP2基因轉錄因子結合效率增高。3個位于3’UTR區(qū)的多態(tài)位點會不同程度的影響mRNA二級結構穩(wěn)定性。在樣本群體中UCP2基因連鎖不平衡分析發(fā)現Promoter-T-366A、Promoter-G-161C、UCP2-T5728G、UCP2-T5774G、UCP2-C5878T這5個位點中除Promoter-T-366A位點與UCP2-C5878T位點之外,其余兩兩位點之間為強連鎖不平衡�；蛐团c肉質相關性分析發(fā)現Promoter-T-366A位點TA型,Promoter-G-161C位點GC型、UCP2-C5878T位點CT型,剪切力差異均顯著高于其它基因型。UCP2-T5728G和UCP2-T5774G位點完全連鎖,均為TT型大理石紋顯著高于TG型。對不同組織、不同月齡江口蘿卜豬UCP2基因的表達分析表明:不同組織相比,肺、肝、脾中UCP2基因表達量較高,腎和心中的表達量處于中等水平,背最長肌、腰大肌、十二指腸和胃中UCP2基因的表達量較低。不同月齡相比十二指腸與胃差異不顯著,其余組織呈現隨著月齡增長而下降的趨勢。在江口蘿卜豬背最長肌UCP2基因表達量與肉質指標相關性分析表明:UCP2基因表達量與大理石紋評分和肌內脂肪含量呈極顯著負相關,與剪切力呈極顯著正相關。UCP2基因Promoter-T-366A位點雜合型TA表達量顯著高于野生型TT,Promoter-G-161C位點雜合型GC表達量顯著高于突變型CC和野生型GG。UCP2-T5728G、UCP2-T5774G、UCP2-C5878T 3個位點均為雜合型個體表達量極顯著高于突變型和野生型個體。3、UCP3基因上篩查到6個SNPs位點3個位于5’UTR區(qū),3個位于3’UTR區(qū)。UCP3-A3127G、UCP3-C10439T位點不影響mRNA二級結構穩(wěn)定性,UCP3-C10441A和UCP3-A10479G/T位點AT型突變會降低mRNA二級結構結構穩(wěn)定性。UCP3-T3205C和UCP3-A10479G/T位點AG型突變會增強mRNA二級結構結構穩(wěn)定性。其中UCP3-A10479G/T位點,存在兩種突變類型:AG型的轉換和AT型的顛換,共檢測到4種基因型,包括野生型AA,突變型GG和TT,以及雜合型AG,其余位點則表現為3種基因型。UCP3基因連鎖不平衡分析發(fā)現UCP3-A3127G和UCP3-T3205C位點、UCP3-C10439T和UCP3-G10466A位點為完全連鎖不平衡。基因型與肉質相關性分析表明UCP3-A10479G/T位點不同基因型個體的大理石紋評分差異顯著,大理石紋評分及肌內脂肪含量突變型明顯高于野生型以及雜合型。其余位點基因型與肉質指標差異不顯著。對不同組織、不同月齡江口蘿卜豬UCP3基因的表達分析表明:江口蘿卜豬UCP3基因在背最長肌和腰大肌中表達量較高,心次之,十二指腸、肺、肝、脾、腎、胃中表達量極低。在不同月齡江口蘿卜豬中,在背最長肌和腰大肌中表達量隨著月齡的增長呈現大幅上升的趨勢,且差異顯著;十二指腸、肺、肝、脾、腎、胃中表達量在各月齡中均表達量較低。UCP3基因表達量與肌內脂肪含量呈極顯著正相關,與剪切力呈極顯著負相關,與大理石紋評分呈較強正相關,在對大理石紋評分有顯著影響的UCP3-A10479G/T位點中則為突變型GG和TT表達量極顯著高于雜合型和野生型。
【圖文】：

圖 2.1 基因組 DNA 提取結果Fig. 2.1 Results of genome DNA extraction3、UCP2、UCP3 基因進行 PCR 特異性擴增后糖凝膠電泳檢測，，擴增圖譜如下圖 2.2、2.3、說明基因引物特異性較好。擴增片段大小與明擴增出的 DNA 片段是試驗所需片段。

妞1從衛(wèi)從生
【學位授予單位】：貴州大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2019
【分類號】：S828.2

【參考文獻】

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