本文關(guān)鍵詞：基于Cytoscape的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)可視化聚類(lèi)分析插件　出處：《生物信息學(xué)》2014年01期 　論文類(lèi)型：期刊論文

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【摘要】：蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)聚類(lèi)是識(shí)別功能模塊的重要手段,不僅有利于理解生物系統(tǒng)的組織結(jié)構(gòu),對(duì)預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)功能也具有重要的意義。聚類(lèi)結(jié)果的可視化分析是實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)聚類(lèi)的有效途徑。本論文基于開(kāi)源的Cytoscape平臺(tái),設(shè)計(jì)并實(shí)現(xiàn)了一個(gè)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)聚類(lèi)分析及可視化插件CytoCluster。該插件集成了MCODE,FAG-EC,HC-PIN,OH-PIN,IPCA,EAGLE等六種典型的聚類(lèi)算法;實(shí)現(xiàn)了聚類(lèi)結(jié)果的可視化,將分析所得的clusters以縮略圖列表的形式直觀地顯示出來(lái),對(duì)于單個(gè)cluster,可顯示在原網(wǎng)絡(luò)中的位置,并能生成相應(yīng)的子圖單獨(dú)顯示;可對(duì)聚類(lèi)結(jié)果進(jìn)行導(dǎo)出,記錄了算法名稱(chēng)、參數(shù)、聚類(lèi)結(jié)果等信息。該插件具有良好的擴(kuò)展性,提供了統(tǒng)一的算法接口,可不斷添加新的聚類(lèi)算法。
[Abstract]:Protein network clustering is an important way to identify functional modules. It is not only conducive to understand the organizational structure of biological systems, but also has important significance in predicting protein function. The visualization analysis of clustering results is an effective way to cluster the protein network. Based on the open source Cytoscape platform, this paper designs and implements a protein network clustering analysis and visual plug-in CytoCluster. This plugin is integrated with MCODE, FAG-EC, HC-PIN, OH-PIN, IPCA, EAGLE and other six kinds of typical clustering algorithm; realizing the visualization of clustering results, the analysis of the clusters in the form of a list of thumbnails displayed directly, for a single cluster can be displayed in the original location in the network, and can generate the corresponding sub map can be displayed separately; derived on the clustering results, the algorithm records the name, parameters, clustering results and other information. The plug-in has good scalability, provides a unified algorithm interface, and can constantly add new clustering algorithms.
【作者單位】： 中南大學(xué)信息科學(xué)與工程學(xué)院;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金(61003124) 教育部新世紀(jì)優(yōu)秀人才支持計(jì)劃資助(NCET-12-0547)
【分類(lèi)號(hào)】：R341
【正文快照】： 蛋白質(zhì)是生物完成各種生命活動(dòng),實(shí)現(xiàn)各種生命功能所必需的大分子物質(zhì)。生物體的各種功能并不是通過(guò)單個(gè)蛋白質(zhì)表現(xiàn)出來(lái),而是通過(guò)眾多蛋白質(zhì)之間在特定條件下的相互作用才能表現(xiàn)出一定的功能。生物系統(tǒng)是由許多相互作用的、相對(duì)獨(dú)立的結(jié)構(gòu)化功能模塊組成,識(shí)別出這些模塊對(duì)于理

【共引文獻(xiàn)】

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10 王庚;宋傳超;盛玉曉;王童童;李盛恩;;基于標(biāo)簽傳播的社區(qū)挖掘算法研究綜述[J];計(jì)算機(jī)技術(shù)與發(fā)展;2013年12期

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1 Yun Li;Gang Liu;Song-yang Lao;;Overlapping Community Detection in Complex Networks based on the Boundary Information of Disjoint Community[A];第25屆中國(guó)控制與決策會(huì)議論文集[C];2013年

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1 陳t，

本文編號(hào)：1339826