目的預(yù)測潛在的γ-和β-珠蛋白表達調(diào)控因子,為珠蛋白基因表達調(diào)控研究提供新的思路。方法從GEO數(shù)據(jù)庫中下載γ-和β-珠蛋白基因差異表達相關(guān)的兩組RNA-seq數(shù)據(jù),利用分化各時期共同存在的不同組織來源細胞間的差異表達基因及其預(yù)測出的上游調(diào)控因子,通過STRING數(shù)據(jù)庫、Centiscape軟件進行潛在調(diào)控因子的預(yù)測。結(jié)果除預(yù)測到BCL11A、NF-E2、YY1和GATA1等已知的γ-和β-珠蛋白基因表達調(diào)控因子外,從兩組數(shù)據(jù)共同預(yù)測出14個潛在調(diào)控因子。結(jié)論分析預(yù)測出的包括MAPK1、TNF和IFNG等潛在的調(diào)控因子可能調(diào)控γ-和β-珠蛋白基因表達,需要近一步的分子生物學實驗證實。

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圖1外周血與胎肝來源間差異表達基因及上游調(diào)控因子間的蛋白質(zhì)間相互作用網(wǎng)絡(luò)圖Fig1Protein-proteininteractionnetworkofdifferentiallyexpressedgenesandupstreamregulatorsderivedfromperipheralbloodandfetalliver

基礎(chǔ)醫(yī)學與臨床Basic＆ClinicalMedicine2018.38(11)行上游調(diào)控因子的預(yù)測，共預(yù)測出30個，如表2所示前20個。2.3γ-和β-珠蛋白基因表達調(diào)控因子的預(yù)測過STＲING數(shù)據(jù)庫和Cytoscape對外周血與胎肝來源間不同分化時期共有的635個差異表達基因....

圖２胎肝期Ｙ－珠蛋白向成年型ｐ－珠蛋白基因表達轉(zhuǎn)換的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)示意圖??眾多轉(zhuǎn)錄因子和輔助因子參與到了胎肝期７－珠蛋白向Ｐ－珠蛋白基因表達轉(zhuǎn)換過程中

使ＬＣＲ與ｙ－珠蛋白基因啟動子相互靠近；在成年期紅細胞中，ＬＣＲ會與Ｐ－珠??蛋白基因啟動子相互靠近［２２］。??如圖２所示，眾多調(diào)控Ｙ－和（３－珠蛋白基因表達的轉(zhuǎn)錄因子并不是獨立地調(diào)控??珠蛋白基因表達，而是各因子間相互協(xié)調(diào)，在多層次的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中發(fā)揮調(diào)控功??能。??Ｉ??丄?....

圖３本研究實驗設(shè)計的技術(shù)路線圖??

圖３本研究實驗設(shè)計的技術(shù)路線圖??

圖６紅系分化第１１天和第１４天外周血與胎肝來源細胞間差異表達基因的篩選和聚類分析??（Ａ）分化第〗１天，外周血與胎肝來源相比有４０９個基因表達上調(diào)，３１７個基因表達下??調(diào)；分化第１１天，外周血與胎肝來源相比有７１８個基因表達上調(diào)，７９８個基因表達下調(diào)??（Ｂ）?（Ｃ）利用紅系分化第１１天和第１４天的外周血與胎肝來源間的差異表達基因繪制??熱圖和韋?

圖６紅系分化第１１天和第１４天外周血與胎肝來源細胞間差異表達基因的篩選和聚類分析??（Ａ）分化第〗１天，外周血與胎肝來源相比有４０９個基因表達上調(diào)，３１７個基因表達下??調(diào)；分化第１１天，外周血與胎肝來源相比有７１８個基因表達上調(diào)，７９８個基因表達下調(diào)??（Ｂ）?（Ｃ）利用紅系分....

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