呼吸道病毒是引起呼吸道感染的主要病原,其變異頻繁。突變可增加病毒傳播力、致病性,產生耐藥,形成新的型別,是導致新發(fā)突發(fā)傳染病的重要病原。因此,在呼吸道傳染病防控中,檢測并鑒定其基因組序列信息,是明確基因變異特征,評估病毒潛在流行傳播特征和致病性的關鍵。下一代測序技術突破了傳統(tǒng)的分離培養(yǎng)和基于已知序列設計引物鑒定病原的局限性,已廣泛用于各種樣本中病原基因組序列的獲取。但高豐度的宿主基因組使得深度測序從臨床樣本中中獲取病毒基因組序列受到很大干擾,近年發(fā)展了多種富集技術,以提高深度測序對臨床樣本中病毒基因組的獲取,其中基于二代測序的的靶向捕獲富集探針體系被認為是開啟了分子檢測的新時代。目前有兩篇報道提出病毒捕獲體系設計策略,在測序靈敏度和基因組覆蓋度上均具有較好結果。由于其針對所有脊椎動物病毒,受限于當前商品化合成探針最高為200兆庫容限制,探針設計僅用各物種中的一條或幾條基因組序列作為參考,不足以鑒定基因多態(tài)性。因此,針對不同感染癥候群病毒病原設計針對性的富集捕獲體系成為趨勢。呼吸道病毒由于其序列多態(tài)性強,如何優(yōu)化探針的設計,采用何種探針合成策略,如何優(yōu)化建庫條件是建立這一富集體系需要解決... 

【文章來源】：北京協和醫(yī)學院北京市 211工程院校 985工程院校

【文章頁數】：83 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略詞表
引言
1. 實驗材料與方法
    1.1 實驗材料
        1.1.1 樣本
        1.1.2 主要試劑
        1.1.3 主要儀器設備
        1.1.4 生物信息分析軟件
    1.2 實驗方法
        1.2.1 探針設計
        1.2.2 捕獲富集探針的樣本制備
        1.2.3 建庫樣本DNA制備
        1.2.4 二代測序建庫
        1.2.5 雜交捕獲建庫
        1.2.6 測序與數據前處理
        1.2.7 統(tǒng)計分析
2. 結果
    2.1 探針序列庫的建立
        2.1.1 小RNA病毒科腸道病毒屬
        2.1.2 冠狀病毒
        2.1.3 流感病毒
        2.1.4 副流感病毒
        2.1.5 呼吸道合胞病毒、偏肺病毒、博卡病毒和腺病毒
    2.2 探針的設計
        2.2.1 去冗余的序列相似度閾值分析
        2.2.2 過濾去除與宿主基因組相似的探針序列
        2.2.3 信息質控
    2.3 探針庫靶向富集效率分析
        2.3.1 測試庫制備
        2.3.2 富集捕獲效率分析
    2.4 富集探針在臨床樣本中的捕獲效率分析
討論
小結
附錄
參考文獻
在學期間發(fā)表的學術論文
致謝



本文編號：3026671