第一章 前 言

目前傳染病的復(fù)發(fā)和流行已不僅是健康問題，也成為涉及到社會(huì)穩(wěn)定和人心安定的全球公共衛(wèi)生問題，這也提示了開展傳染病流行和傳播規(guī)律、傳播風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估及預(yù)測(cè)預(yù)警研究的必要性。傳染病的發(fā)生與流行，是病原體、環(huán)境和宿主三者相互作用的結(jié)果，其影響因素多而且具有明顯的區(qū)域性差異，自然條件、社會(huì)經(jīng)濟(jì)狀況以及人類生產(chǎn)活動(dòng)、行為方式等環(huán)境因素不僅直接影響傳染病的傳播，而且還決定病原體及其宿主、媒介的時(shí)空分布，從而導(dǎo)致傳染病和病原的分布往往具有明顯的時(shí)空特異性。因此，目前迫切需要采用新的技術(shù)手段，開展傳染病分布動(dòng)態(tài)及傳播風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)，環(huán)境因素對(duì)傳染病傳播、蔓延和疫區(qū)演化、變遷的影響，傳染病病原體的時(shí)空遷移圖譜以及病原體、環(huán)境和宿主之間相互作用的研究。近些年，人們逐漸認(rèn)識(shí)到時(shí)間、空間這兩個(gè)關(guān)鍵的信息能給傳染病及其病原的研究帶來巨大價(jià)值，從而促進(jìn)了空間信息技術(shù)和系統(tǒng)發(fā)育地理學(xué)分析技術(shù)在公共衛(wèi)生領(lǐng)域的快速發(fā)展與應(yīng)用。它們從傳染病本身及其病原體的角度出發(fā)，有效地利用了現(xiàn)有的數(shù)據(jù)，主要目的在于全面系統(tǒng)地挖掘傳染病流行病學(xué)特征、傳播動(dòng)態(tài)及其時(shí)空分布格局，從而探索和評(píng)估與傳染病相關(guān)的因素，以期更好地認(rèn)識(shí)傳染病的流行規(guī)律和傳播風(fēng)險(xiǎn)，從而為制訂防控策略、進(jìn)行快速有效的應(yīng)急反應(yīng)提供科學(xué)支持，保障人類健康和生命安全。

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第二章 我國(guó)狂犬病的傳播動(dòng)態(tài)及其病原的系統(tǒng)發(fā)育地理學(xué)研究

2.1 研究背景

我國(guó)目前是全球狂犬病流行的重災(zāi)區(qū)，尤其是我國(guó)的農(nóng)村地區(qū)，我國(guó)的狂犬病發(fā)病率在全球排名第二，僅次于印度[7]，所以說狂犬病是我國(guó)一個(gè)長(zhǎng)存已久的嚴(yán)重的公共衛(wèi)生問題�？袢≡谖覈�(guó)屬于乙類傳染病，其死亡人數(shù)一直居我國(guó)法定報(bào)告?zhèn)魅静∷劳鰯?shù)的前三位，對(duì)我國(guó)人民的健康構(gòu)成了嚴(yán)重威脅，是嚴(yán)重的公共衛(wèi)生問題。1950-2004 年期間，我國(guó)就報(bào)道了將近 108412 例狂犬病病例[8,9]。近些年，由于我國(guó)經(jīng)濟(jì)的快速增長(zhǎng)，人們跨區(qū)遷徙、飼養(yǎng)寵物等活動(dòng)日益頻繁，使得我國(guó)狂犬病在 20 世紀(jì)末期就迎來了狂犬病第三波流行高峰，同時(shí)也呈現(xiàn)出疫區(qū)擴(kuò)散的趨勢(shì)，我國(guó)近十年來每年因狂犬病死亡人數(shù)平均都超過了 1000 例[10,11]。有報(bào)道指出狂犬病復(fù)發(fā)和擴(kuò)散的主要原因是近些年我國(guó)本地犬?dāng)?shù)量的快速增長(zhǎng)、較低的犬免疫覆蓋率和人被犬抓傷或咬傷暴露后的消極治療[12-16]。此外，我國(guó)部分農(nóng)村地區(qū)可能存在漏報(bào)的情況，加上本地犬?dāng)?shù)目和動(dòng)物狂犬病綜合監(jiān)測(cè)等數(shù)據(jù)的缺乏，導(dǎo)致國(guó)內(nèi)目前對(duì)狂犬病的疾病負(fù)擔(dān)估計(jì)也相對(duì)局限[15,17]。

2.2 資料來源及處理

為了描述我國(guó)狂犬病的發(fā)病趨勢(shì)和季節(jié)性特征，利用 Microsoft Excel 2010 整理2004-2013 年我國(guó)狂犬病患者的報(bào)告卡數(shù)據(jù)，統(tǒng)計(jì)全國(guó)逐月發(fā)病率和年發(fā)病率，繪制并疊加月發(fā)病率柱狀圖和年發(fā)病率流行曲線；為了描述我國(guó)狂犬病的發(fā)病人群特征，以 10 歲為間隔劃分年齡組（50 歲以上單獨(dú)為一組），統(tǒng)計(jì)各年齡組的男女發(fā)病率，并用柱狀圖表示，并統(tǒng)計(jì)不同職業(yè)人群的發(fā)病百分比，同時(shí)統(tǒng)計(jì)不同時(shí)間段、不同縣區(qū)的人群分布特征，比較它們的差異；為了探索我國(guó)狂犬病的時(shí)空分布動(dòng)態(tài)，根據(jù)我國(guó)各縣區(qū)狂犬病的發(fā)病數(shù)和人口數(shù)計(jì)算各縣區(qū)的年發(fā)病率，利用 ArcGIS 軟件，通過縣區(qū)代碼將各縣區(qū)的流行情況與全國(guó)縣區(qū)基礎(chǔ)地圖關(guān)聯(lián)，，繪制每年的縣區(qū)發(fā)病率分布圖，展示發(fā)病率逐年的動(dòng)態(tài)分布趨勢(shì)；為了更好地展示和比較各省流行的動(dòng)態(tài)變化，統(tǒng)計(jì)各省的狂犬病年發(fā)病數(shù)，以柱狀圖的形式展示各省近十年的發(fā)病變化。

第三章 塞拉利昂埃博拉病毒病的傳播動(dòng)態(tài)及干預(yù)措施效能研究........................44

3.1 研究背景..... 44
3.2 資料來源.......... 46
3.3 分析方法..................49
第四章 塞拉利昂埃博拉病毒的遺傳多樣性及其系統(tǒng)發(fā)育地理學(xué)研究................88
4.1 研究背景...............88
4.2 資料來源.....................89
4.3 分析方法...........................90
4.4 研究結(jié)果.........................91
第五章 全文總結(jié)...................107

第四章 塞拉利昂埃博拉病毒的遺傳多樣性及其系統(tǒng)發(fā)育地理學(xué)研究

4.1 研究背景

2014 年前，研究人員從非人類靈長(zhǎng)類動(dòng)物中獲取的 EBOV 全基因組序列較少，根據(jù)僅有的一些序列進(jìn)行了分子鐘溯源進(jìn)化分析，發(fā)現(xiàn)這五種亞型在數(shù)千年前就開始分化。有研究者對(duì) 2013 年前的 97 株絲狀病毒的基因組進(jìn)行了共同祖先分析，發(fā)現(xiàn)萊斯頓型 EBOV 和扎伊爾型 EBOV 的共同祖先可能出現(xiàn)在 50 年前，馬爾堡病毒和蘇丹型的共同祖先則出現(xiàn)在 700 年～850 年前[5,7]。近些年，基于基因測(cè)序的實(shí)時(shí)PCR 技術(shù)快速發(fā)展，實(shí)際應(yīng)用中不但能夠?qū)崟r(shí)獲得檢測(cè)結(jié)果，還可以通過設(shè)計(jì)不同的引物對(duì)病原耐藥位點(diǎn)、毒力位點(diǎn)突變情況進(jìn)行檢測(cè)，從而指導(dǎo)臨床救治和疫情防控。隨著新一代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，2014 年西非疫情暴發(fā)后，中國(guó)、美國(guó)、英國(guó)、法國(guó)、荷蘭等國(guó)的傳染病防控專家不僅積極協(xié)助西非防控 EVD 疫情，而且也為 EBOV的科學(xué)研究做出了重要的貢獻(xiàn)，共測(cè)出了近千條 EBOV 的全基因組序列，為 EBOV的分子進(jìn)化特征研究、疫苗和治療藥物的研制等方面做了很好鋪墊。

4.2 資料來源

收集所有公開發(fā)表的、來自塞拉利昂的 EBOV 全基因組序列，該序列中記錄樣本的采樣時(shí)間和采樣地點(diǎn)，該數(shù)據(jù)主要來源于美國(guó)共享的 GenBank 數(shù)據(jù)庫()，下載的序列有部分缺乏發(fā)病地點(diǎn)和分離時(shí)間等信息，這些缺失的信息主要從已發(fā)表的文獻(xiàn)中補(bǔ)充獲取[8-11,17]。另外，我們還收集了 3 條來自幾內(nèi)亞國(guó)家的 EBOV 全基因組序列，這 3 條序列是西非 EVD 疫情中最早分離出來的序列，納入這 3 條序列旨在于確定系統(tǒng)發(fā)育樹的根。此外，中國(guó)移動(dòng)實(shí)驗(yàn)檢測(cè)隊(duì)在塞拉利昂執(zhí)行 EBOV 檢測(cè)任務(wù)期間，測(cè)序了60 條新的 EBOV 全基因序列，采樣時(shí)間為 2014 年 10 月 7 日至 2014 年 11 月 11日。本研究納入了這 60 條新的 EBOV 全基因組序列。
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第五章 全文總結(jié)

我國(guó)狂犬病的傳播動(dòng)態(tài)及其病原的系統(tǒng)發(fā)育地理學(xué)研究：明確了我國(guó)近十年來狂犬病疫情的流行動(dòng)態(tài)及三間分布特征，探索了高發(fā)熱點(diǎn)區(qū)的演化趨勢(shì)，通過將狂犬病的時(shí)空擴(kuò)散動(dòng)態(tài)進(jìn)行可視化展示，我們?nèi)娴卣J(rèn)識(shí)到我國(guó)狂犬病在近些年的發(fā)病總數(shù)雖逐年下降，但總體疫情卻呈現(xiàn)出一種―由高發(fā)區(qū)向低發(fā)區(qū)或無病例區(qū)擴(kuò)散，由東部、南部地區(qū)向西部、北部地區(qū)擴(kuò)散‖的流行態(tài)勢(shì)，這表明我國(guó)狂犬病的防控工作不僅要關(guān)注高發(fā)地區(qū)，還應(yīng)加強(qiáng)對(duì)高發(fā)區(qū)周邊的低發(fā)地區(qū)和新出現(xiàn)疫情地區(qū)的防控工作。另外，利用面板 Poisson 回歸，我們探索并評(píng)估了人均經(jīng)濟(jì)水平和人均教育水平對(duì)我國(guó)狂犬病流行的影響，還發(fā)現(xiàn)了動(dòng)物疫情的暴發(fā)對(duì)狂犬病的流行具有預(yù)警作用，這些提示著我國(guó)應(yīng)重點(diǎn)關(guān)注農(nóng)村地區(qū)或落后地區(qū)的狂犬病防控工作，提高這些地區(qū)的衛(wèi)生資源分配和防控力度。通過進(jìn)一步的系統(tǒng)發(fā)育地理學(xué)研究，發(fā)現(xiàn)我國(guó)狂犬病高發(fā)地區(qū)的狂犬病毒遺傳多樣性比較豐富，低發(fā)地區(qū)則比較單一，這很好地提示了這些高發(fā)地區(qū)可能是狂犬病毒進(jìn)化和對(duì)外傳播的中心區(qū)。我們同時(shí)還明確了Clade I 和 Clade II 這兩大狂犬病毒家系是我國(guó)近些年狂犬病流行和擴(kuò)散的主要家系，尤其是 Clade I-G，這給我國(guó)未來的狂犬病病原監(jiān)測(cè)和疫苗研究提供了重點(diǎn)方向。

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參考文獻(xiàn)（略）

本文編號(hào)：128476