近年來在醫(yī)療行業(yè)、農業(yè)及畜牧養(yǎng)殖業(yè)大量投入使用的抗生素(antibiotics)長期混合暴露于環(huán)境中將會對水生環(huán)境帶來污染最終威脅到人類的健康,它們種類繁多且混合時相互作用機理復雜,通過實驗難以對其毒性進行預測和評價。本文旨在采用計算機模擬技術研究恩諾沙星(enrofloxacin,ENR)、鹽酸金霉素(chlortetracycline,CTC)、甲氧芐啶(trimethoprim,TMP)、氯霉素(chloramphenicol,CMP)和紅霉素(erythromycin,ETM)五種抗生素的單一及二元混合物對青�；【�(Vibrio vulnificus,Q67)的毒性作用機理和生態(tài)風險評估。(1)以同源建模技術建立Q67熒光素酶的三維晶體結構,通過分子動力學模擬優(yōu)化后α、β亞基拉氏圖中處于允許區(qū)域的氨基酸為100%,Verify-3D氨基酸評分高于0.2的占比分別為91.48%和91.98%。(2)通過分子對接和分子動力學研究配體-受體的結合模式,范德華力為五個復合物體系的結合自由能提供了最主要的貢獻,因此抗生素與熒光素酶結合的主導因素是形狀補償;分子結構中處于活性口袋區(qū)域外的二...

【文章頁數(shù)】：78 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖1.1技術路線圖

桂林理工大學碩士畢業(yè)論文81.5.3技術路線圖1.1技術路線圖1.5.4創(chuàng)新點（1）結合分子對接與分子動力學模擬研究抗生素與Q67熒光素酶的結合模式，通過結合自由能分解比較分析五個抗生素的活性位點與關鍵殘基貢獻揭示其毒性差異。（2）建立五種抗生素二元混合物不同毒性狀態(tài)（暴露時間和....

圖3.1模板蛋白晶體結構

乳酸菌噬菌體阻遏蛋白（6TRI）突觸球菌雙磷酸羧化酶（1RBL）

圖3.25TCL、3FGC-A鏈、1RBL-A鏈與目標蛋白α鏈的序列對比及結構預測

桂林理工大學碩士畢業(yè)論文20圖3.25TCL、3FGC-A鏈、1RBL-A鏈與目標蛋白α鏈的序列對比及結構預測3.2.4分子動力學優(yōu)化結果Modeller9.23軟件的PDF函數(shù)和POPE程序得到的雖然是打分最優(yōu)構象，但是所有目標蛋白結構都是基于與模板蛋白的相似性預測得到的，在建....

圖3.4α亞基與β亞基在45ns平衡模擬中的RMSD

桂林理工大學碩士畢業(yè)論文21子動力學模擬，本研究運用GROMACS5.1.4的“AMBER-ILDN99”力場作為蛋白質結構的優(yōu)化力場，經過20000步最陡下降法使其結構達到能量最小化，系綜平衡使其在100ps內溫度到達300K，在下個100ps內壓力達到一個標準大氣壓，使得體系....

本文編號：3991392