閱讀《環(huán)境微生物學(xué)(第二版)》鄭平
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一、微生物
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微生物(microorganism)是一切肉眼看不見或看不清楚的微小生物的總稱。微生物種類繁多、形態(tài)各異、營養(yǎng)龐雜,但都表現(xiàn)為簡(jiǎn)單、低等的生命形態(tài);微生物包括非細(xì)胞型微生物、原核細(xì)胞型微生物和真核細(xì)胞型微生物。
(二)微生物的特點(diǎn)
1.個(gè)體微小、結(jié)構(gòu)簡(jiǎn)單
微生物形體微小。觀察微生物必須借助于顯微鏡甚至電子顯微鏡,將其放大幾千倍至幾十萬倍。測(cè)量微生物需用測(cè)微尺,細(xì)菌以微米(μm)為計(jì)量單位;病毒以納米(nm)為計(jì)量單位。
微生物結(jié)構(gòu)簡(jiǎn)單。大多數(shù)微生物是單細(xì)胞生物,一個(gè)細(xì)胞就是一個(gè)生物個(gè)體。病毒由核酸和蛋白質(zhì)組成,沒有細(xì)胞結(jié)構(gòu);亞病毒僅由核酸組成;朊病毒則僅由蛋白質(zhì)組成。
2.代謝活躍、類型多樣
微生物代謝活躍。由于其個(gè)體小,比表面積大(細(xì)菌表面積大約為12m2/g干重),微生物能從環(huán)境中快速攝取各種營養(yǎng)物質(zhì),并將大量代謝產(chǎn)物排出體外。例如,乳酸桿菌每小時(shí)產(chǎn)生的代謝產(chǎn)物(乳酸)可多達(dá)其體重的1000至10000倍。
微生物代謝類型多樣。①基質(zhì)廣泛。既能利用無機(jī)物(二氧化碳),也能利用有機(jī)物作為碳源。②能源譜寬。既能利用太陽能,也能利用化學(xué)能作為能源。③適應(yīng)性強(qiáng)。既能進(jìn)行有氧呼吸,也能進(jìn)行發(fā)酵或無氧呼吸。④代謝產(chǎn)物多樣。既可產(chǎn)生無機(jī)產(chǎn)物,也可產(chǎn)生有機(jī)產(chǎn)物;既可產(chǎn)生小分子有機(jī)物,也可以產(chǎn)生大分子有機(jī)物。
3.繁殖迅速、容易變異
微生物繁殖很快。生長(zhǎng)旺盛時(shí),有些細(xì)菌每20min就能增殖一代,24h可增殖72代。如果沒有其他條件限制,經(jīng)過一晝夜,1個(gè)細(xì)菌就可增至47萬億億(4.7×1021)個(gè)。若設(shè)1012個(gè)細(xì)菌的干重為1g,則在1天內(nèi),生物量將從10-12g增加到4.7×109g。
微生物容易變異。每一世代,細(xì)菌出現(xiàn)自發(fā)突變的頻率約為10-6(即在100萬個(gè)細(xì)菌中有1個(gè)發(fā)生基因突變),液體培養(yǎng)中的細(xì)菌濃度可達(dá)108個(gè)/mL,這意味著在每毫升培養(yǎng)液中,就有100個(gè)細(xì)菌發(fā)生基因突變。
4.抗逆性強(qiáng)、休眠期長(zhǎng)
微生物抗逆性很強(qiáng)。高溫菌可在2.65×107Pa和300℃的高壓高溫條件下生活;嗜酸菌可在pH 0.5的強(qiáng)酸性條件下生活;嗜鹽菌則可在鹽濃度30%以上的“死!敝猩。
微生物休眠期很長(zhǎng)。在不利條件下,微生物可進(jìn)入休眠狀態(tài),有些種類形成特殊休眠體(如細(xì)菌芽孢)。據(jù)報(bào)道,有些細(xì)菌芽孢在休眠幾百甚至上千年后仍有活力。
5.種類繁多、數(shù)量巨大
微生物種類繁多。它包括病毒、細(xì)菌、古菌、放線菌、真菌、藻類和原生動(dòng)物等類群。據(jù)估計(jì),微生物種類數(shù)目約為50萬~600萬種,有記載的約為20萬種(1995年),其中病毒4000多種,原核生物3500多種,真菌9萬多種,原生動(dòng)物和藻類10萬多種。
微生物數(shù)量巨大。在溫度和濕度適宜、養(yǎng)分豐富的土壤耕作層中,每克土壤的微生物含量高達(dá)數(shù)億個(gè)。
6.分布廣泛、分類界級(jí)寬
微生物分布廣泛。在自然界,不論是土壤、水體和空氣,還是植物、動(dòng)物和人體的內(nèi)部或表面,都存在大量微生物。上至8萬多米的高空,下至3000多米的油井;冷至南北極地,熱至幾百攝氏度的深;鹕娇,都有微生物蹤跡。
微生物的分類界級(jí)很寬。在反映生物系統(tǒng)發(fā)育的三域分類系統(tǒng)中,微生物包含了細(xì)菌域和古菌域的全部生物,以及真核生物域的部分生物。
(三)微生物的分類、鑒定和命名
由于微生物種類繁多,為了便于各類微生物的識(shí)別、研究和應(yīng)用,有必要對(duì)其進(jìn)行分類、鑒定和命名。
1.微生物分類
分類(classification)是根據(jù)一定原則對(duì)微生物進(jìn)行分群歸類,把相似或相近的微生物放在一個(gè)分類單位中。從大到小,微生物的分類單位依次是域(domain)、界(kingdom)、門(phylum)、綱(class)、目(order)、科(family)、屬(genus)、種(species)。在主要分類單位之間,還經(jīng)常加進(jìn)次要分類單位,如亞門(subphylum)、亞綱(subclass)、亞目(suborder)、亞科(subfamily)、亞種(subspecies)、變種(variety)。
種是分類的基本單位,它是表型特征高度相似、親緣關(guān)系極其接近、與其他種有明顯差別的一群菌株的總稱。種的特征常用一個(gè)指定的典型菌株(type strain)來代表。菌株(strain)是指任何一個(gè)獨(dú)立分離的單細(xì)胞(或單個(gè)病毒粒子)繁殖而成的純種群體及其后代。
2.微生物鑒定
鑒定(identification)是借助現(xiàn)有分類系統(tǒng),通過特征測(cè)定,確定某一微生物的歸屬單位。
微生物的鑒定方法可分成4個(gè)水平:①細(xì)胞形態(tài)和習(xí)性水平。主要以經(jīng)典研究方法,觀察微生物的形態(tài)特征、運(yùn)動(dòng)性、酶反應(yīng)等。②細(xì)胞組分水平。主要以化學(xué)分析技術(shù),測(cè)定微生物細(xì)胞壁、細(xì)胞膜、細(xì)胞質(zhì)等的化學(xué)成分。③蛋白質(zhì)水平。主要采用氨基酸序列分析、凝膠電脈、免疫標(biāo)記等手段,測(cè)定微生物蛋白質(zhì)的特性。④核酸水平。主要采用G+C%值測(cè)定、核酸分子雜交、16S(18S)rRNA序列分析等手段,測(cè)定微生物核酸的特性。
3.微生物命名
命名(nomenclature)是按照國際命名法則,給每一個(gè)微生物類群或物種一個(gè)專有名稱。微生物名稱有俗名和學(xué)名之分。
俗名(common name)指普通的、通俗的、地區(qū)性的名字,,具有簡(jiǎn)明和大眾化的優(yōu)點(diǎn);但往往涵義不確切,易于相互重復(fù),使用范圍受到限制。例如,俗名“綠膿桿菌”指“銅綠假單胞菌”(Pseudomonas aeruginosa)。
學(xué)名(scientific name)是一個(gè)菌種的科學(xué)名稱,它是按照國際學(xué)術(shù)界的通用規(guī)則命名的。學(xué)名采用拉丁詞或拉丁化的詞構(gòu)成。在出版物中,學(xué)名排成斜體(在書寫或打字時(shí),在學(xué)名之下劃一橫線,以表示它是斜體)。根據(jù)雙名法規(guī)則,學(xué)名通常由一個(gè)屬名(第一個(gè)字母大寫)加一個(gè)種名(第一個(gè)字母小寫)構(gòu)成。出現(xiàn)在分類學(xué)文獻(xiàn)上的學(xué)名,在雙名之后往往加上首次定名人(放在括號(hào)內(nèi))、現(xiàn)名定名人和現(xiàn)名定名年份。即:
學(xué)名=屬名+種名必要(斜體)+(首次定名人)+現(xiàn)名定名人+現(xiàn)名定名年份可省略(正體)例如,大腸埃希氏菌(簡(jiǎn)稱大腸桿菌)
Escherichia coli (Migula)Castellani et Chalmers 1919
在少數(shù)情況下,當(dāng)某菌株歸入一個(gè)亞種[subspecies,簡(jiǎn)寫subsp.(正體)]或變種[variety,簡(jiǎn)寫var.(正體)]時(shí),學(xué)名應(yīng)按“三名法”構(gòu)成。即:
學(xué)名=屬名+種名必要(斜體)+(subsp.或var.)可省略(正體)+亞種或變種名必要(斜體)例如,蘇云金芽孢桿菌蠟螟亞種
Bacillus thuringiensis subsp.galleria
二、微生物學(xué)
微生物學(xué)(microbiology)是在分子、細(xì)胞、個(gè)體或群體水平上研究微生物的形態(tài)構(gòu)造、生理代謝、遺傳變異、生態(tài)分布和分類進(jìn)化等生命活動(dòng)的基本規(guī)律,并將其應(yīng)用于工業(yè)發(fā)酵、農(nóng)業(yè)生產(chǎn)、醫(yī)療衛(wèi)生、生物工程和環(huán)境保護(hù)等領(lǐng)域的學(xué)科。它的根本任務(wù)是發(fā)掘、改善、利用有益微生物,控制、改造、消滅有害微生物。
經(jīng)過長(zhǎng)期發(fā)展,微生物學(xué)產(chǎn)生了許多分支學(xué)科。依據(jù)所研究的生命現(xiàn)象,可將微生物學(xué)劃分為微生物分類學(xué)、微生物生理學(xué)、微生物遺傳學(xué)等。依據(jù)微生物的應(yīng)用領(lǐng)域,又可將微生物學(xué)劃分為工業(yè)微生物學(xué)、農(nóng)業(yè)微生物學(xué)、環(huán)境微生物學(xué)等。按照不同標(biāo)準(zhǔn),還可將微生物學(xué)劃分出更多的分支學(xué)科。環(huán)境微生物學(xué)是微生物學(xué)的重要分支學(xué)科之一。
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