本文關(guān)鍵詞：血色喙紐蟲的DNA鑒定及種群遺傳多樣性分析

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【摘要】：血色喙紐蟲Ramphogordius sanguineus (紐形動(dòng)物門：異紐目)廣泛分布于世界各地,是潮間帶的常見種,生活于石下、牡蠣、貽貝、海藻或其他污損生物間。個(gè)體可以身體片段的再生進(jìn)行無性繁殖。長期以來,關(guān)于該種的命名及分類學(xué)比較混亂,有大量異名或疑似異名。1、血色喙紐蟲的DNA分類及其地理分布血色喙紐蟲在形態(tài)上與Lineus ruber和Lineus viridis等物種極其相似。三者主要是依據(jù)體色以及受到刺激時(shí)的收縮反應(yīng)來進(jìn)行區(qū)別的,但該鑒別方法并非完全是可靠的。在本文的研究中,我們通過DNA條形碼的方法,采集了來自中國、加拿大、西班牙和阿根廷海岸的129個(gè)樣品,并且參考了來自GeneBank的13個(gè)個(gè)體(包括Ramphogordius sanguineus, Ramphogordius lacteus, Lineus ruber, Lineus viridis)的序列,進(jìn)行了基于COl序列的單倍型網(wǎng)絡(luò)和系統(tǒng)樹分析。結(jié)果表明：R. sanguineus在中國沿海(渤海、黃海、東海和南海)廣泛分布,這也是首次報(bào)道了該種在中國的東海和南海的分布。該種是加拿大溫哥華島的常見種,分析的42個(gè)標(biāo)本中均為R. sanguineus,未發(fā)現(xiàn)L. ruber和L. viridis,提示過去在該地區(qū)報(bào)道的L. ruber和L. viridis很可能是R. sanguineus的錯(cuò)誤鑒定;R. sanguineus在南美洲(阿根廷和智利沿海)也有分布,部分文獻(xiàn)在智利報(bào)道的L. ruber應(yīng)屬于本種。此外,本文還首次在中國沿海(青島)發(fā)現(xiàn)了綠縱溝紐蟲Lineus viridis。2、血色喙紐蟲的種群遺傳多樣性分析以前對(duì)血色喙紐蟲的研究主要集中在分類、生理、再生等,關(guān)于其種群分化的研究卻寥寥無幾。本文利用線粒體非編碼區(qū)(m-NCR)和ITS作為分子標(biāo)記,研究了血色喙紐蟲的種群遺傳結(jié)構(gòu)和種群歷史動(dòng)態(tài)�；诰�粒體非編碼區(qū)的數(shù)據(jù)分析發(fā)現(xiàn)：血色喙紐蟲具有較高的單倍型多樣性(Hd=0.94±0.0096)和核苷酸多樣性(π=0.044±0.022),來源于中國、加拿大和西班牙的所有樣品在系統(tǒng)發(fā)育分析中分為兩個(gè)譜系(Lineage A和Lineage B),并且兩個(gè)譜系沒有表現(xiàn)出種群遺傳結(jié)構(gòu),即來自不同區(qū)域的個(gè)體并沒有優(yōu)先的聚為一支,不存在地理格局。大部分種群的遺傳分化指數(shù)值Fst都達(dá)到了顯著水平,但依地理區(qū)域?qū)⑺袠悠穭澐譃槿M(即中國、加拿大和西班牙)時(shí),AMOVA分析發(fā)現(xiàn)種群并不存在遺傳結(jié)構(gòu)(FCT=0.039, P0.05),可能與取樣不均衡及有的種群樣本較小有關(guān)。AMOVA分析還顯示,群體內(nèi)的核酸變異貢獻(xiàn)率(55.53%)高于群體間的遺傳變異貢獻(xiàn)率(3.92%)。中性檢驗(yàn)Fu's Fs表明,譜系A(chǔ)的個(gè)體在歷史上經(jīng)歷過種群擴(kuò)張,而譜系B的個(gè)體則是穩(wěn)定增長。血色喙紐蟲可以隨船體、藻類和漂浮物等傳播,該種在過去很可能存在異域分化,后來由于譜系A(chǔ)的種群擴(kuò)張,導(dǎo)致各種群間發(fā)生了二次混合。對(duì)血色喙紐蟲核基因ITS分析發(fā)現(xiàn)個(gè)體基因組內(nèi)普遍存在ITS的多態(tài)性。同一個(gè)體各拷貝的5.8S rDNA均存在保守的M1、M2和M3區(qū)域,具有該片段典型的二級(jí)結(jié)構(gòu),且ITS各個(gè)區(qū)域的G+C含量較高(60%以上),說明所獲得的ITS基因片段并非假基因。運(yùn)用ITS數(shù)據(jù)沒有得到一致的貝葉斯樹,說明個(gè)體內(nèi)ITS的多態(tài)性影響了血色喙紐蟲種群水平的研究。其個(gè)體內(nèi)ITS的多樣性可能是由于基因致同進(jìn)化不完全導(dǎo)致的,這與血色喙紐蟲有性繁殖的頻率較低,通過身體斷裂無性繁殖的頻率較高,使得基因轉(zhuǎn)換和基因間的不等交換發(fā)生的幾率降低有關(guān)。
【關(guān)鍵詞】：血色喙紐蟲 COI基因 線粒體非編碼區(qū) ITS基因 種群遺傳 致同進(jìn)化不完全
【學(xué)位授予單位】：中國海洋大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：S917.4
【目錄】：

• 摘要5-7
• Abstract7-12
• 第一章 文獻(xiàn)綜述12-24
• 1.1 DNA分類學(xué)12-14
• 1.1.1 DNA條形碼的特點(diǎn)及其應(yīng)用12
• 1.1.2 分子系統(tǒng)進(jìn)化樹的構(gòu)建12-14
• 1.1.3 單倍型網(wǎng)絡(luò)14
• 1.2 分子系統(tǒng)地理學(xué)14-20
• 1.2.1 分子系統(tǒng)地理學(xué)的研究內(nèi)容14-15
• 1.2.2 常用的分子標(biāo)記15-17
• 1.2.3 線粒體非編碼區(qū)和ITS17-19
• 1.2.4 種群遺傳結(jié)構(gòu)影響因素19-20
• 1.3 血色喙紐蟲分類學(xué)研究進(jìn)展20-22
• 1.4 血色喙紐蟲生態(tài)習(xí)性及種群遺傳結(jié)構(gòu)研究進(jìn)展22-23
• 1.5 本文研究的內(nèi)容23-24
• 第二章 血色喙紐蟲的DNA分類24-35
• 2.1 材料與方法24-29
• 2.1.1 樣品采集24-25
• 2.1.2 序列獲取25-28
• 2.1.3 序列編輯28
• 2.1.4 系統(tǒng)發(fā)育分析28-29
• 2.1.5 單倍型網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及遺傳距離計(jì)算29
• 2.2 結(jié)果29-32
• 2.3 討論32-35
• 第三章 基于M-NCR分子標(biāo)記的血色喙紐蟲系統(tǒng)地理學(xué)分析35-48
• 3.1 材料與方法35-40
• 3.1.1 樣品采集和DNA提取35-36
• 3.1.2 引物設(shè)計(jì)及序列獲取36-39
• 3.1.3 數(shù)據(jù)分析39-40
• 3.2 結(jié)果40-45
• 3.3 討論45-48
• 3.3.1 種群遺傳多樣性45
• 3.3.2 系統(tǒng)發(fā)育45
• 3.3.3 種群歷史動(dòng)態(tài)45-48
• 第四章 血色喙紐蟲基因組內(nèi)ITS遺傳多樣性分析48-53
• 4.1 材料與方法49-50
• 4.1.1 樣品采集及DNA提取49
• 4.1.2 引物設(shè)計(jì)及序列獲取49-50
• 4.1.3 數(shù)據(jù)分析50
• 4.2 結(jié)果與討論50-53
• 4.2.1 ITS假基因判斷51-52
• 4.2.2 系統(tǒng)發(fā)育分析52
• 4.2.3 基因組內(nèi)ITS基因遺傳多樣性分析52-53
• 參考文獻(xiàn)53-63
• 個(gè)人簡歷63-64
• 學(xué)術(shù)成果64-65
• 致謝65

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 ;國際年代地層表[J];地層學(xué)雜志;2013年03期

2 尹左芬;史繼華;李諾;;山東沿海紐形動(dòng)物的初步調(diào)查[J];海洋通報(bào);1986年01期

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本文編號(hào)：579250