水稻(Oryza sativa L.)屬禾本科稻屬植物,是世界一半人口的主要食物。水稻在長(zhǎng)期的馴化過(guò)程中,野生稻與栽培稻之間以及栽培稻兩個(gè)亞種粳稻和秈稻之間在形態(tài)學(xué)特征和生理生化等方面都發(fā)生了一定的分化。而與農(nóng)藝性狀相關(guān)的遺傳分化一直是水稻研究的重要內(nèi)容�？勺兗羟惺巧镄纬刹煌D(zhuǎn)錄本的直接原因,對(duì)動(dòng)植物的生長(zhǎng)、發(fā)育、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)等生物學(xué)過(guò)程具有重要意義。本研究以野生稻和兩種栽培稻作為研究對(duì)象,選取具有代表性的66個(gè)水稻品種,利用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù),對(duì)野生稻和栽培稻的可變剪切進(jìn)行全基因組差異研究。在此基礎(chǔ)上,使用rMATS分析了野生稻和栽培稻的可變剪切事件,篩選出野生稻與栽培稻之間,栽培稻中粳稻和秈稻之間的差異可變剪切基因并做了GO富集分析,同時(shí)對(duì)與農(nóng)藝性狀相關(guān)的重點(diǎn)基因進(jìn)行了注釋分析。主要研究結(jié)果:1.基于野生稻和兩種栽培稻的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),過(guò)濾后經(jīng)與參考基因組比對(duì),野生稻有76.28%能比對(duì)到參考基因組上,粳稻有84.54%能比對(duì)到參考基因組上,秈稻有77.87%能比對(duì)到參考基因組上。2.在栽培稻兩大亞種粳稻與秈稻中,共有7301個(gè)基因發(fā)生了可變剪切事件,其中外顯子跳躍為主要類(lèi)型。其中121個(gè)為...

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖1水稻的馴化過(guò)程

饕?澄鎩Ｋ?荊∣ryza）屬禾本科稻屬植物。目前全球具有23個(gè)種，大部分是野生種，主要的栽培種有普通栽培稻（Oryzasativa）和非洲栽培稻（Oryzaglaberrima）兩大品種[1]。其中普通栽培稻又稱為亞洲栽培稻，分為兩個(gè)亞種——粳亞種（O.sativassp.Jap....

圖2以分子生物學(xué)技術(shù)為基礎(chǔ)的測(cè)序技術(shù)發(fā)展史Fig.2Developmenthistoryofsequencingtechnologybasedonmolecularbiologytechnology

野生稻和栽培稻間可變剪切的全基因組差異研究3圖2以分子生物學(xué)技術(shù)為基礎(chǔ)的測(cè)序技術(shù)發(fā)展史Fig.2Developmenthistoryofsequencingtechnologybasedonmolecularbiologytechnology1.2.2轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的應(yīng)用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序在....

圖3可變剪切的七種類(lèi)型Fig.3Seventypesofalternativesplicing

野生稻和栽培稻間可變剪切的全基因組差異研究3圖3可變剪切的七種類(lèi)型Fig.3Seventypesofalternativesplicing注：其中白色圖形是組成型外顯子，黑色圖形是可變外顯子，連接的線條表示剪切方式，其中Skippedexon表示外顯子跳躍(SE)，Alterna....

圖4TopHat2的算法示意圖[31]

野生稻和栽培稻間可變剪切的全基因組差異研究13圖4TopHat2的算法示意圖[31]Fig.4TopHat2algorithmdiagram

本文編號(hào)：3954284