棉花作為世界上重要的經(jīng)濟(jì)作物之一,在農(nóng)業(yè)與紡織業(yè)等國(guó)民基礎(chǔ)產(chǎn)業(yè)中都占有重要的地位。自2012年起,各棉種基因組相繼組裝完成,棉花的各組學(xué)的研究也日趨火熱,公共平臺(tái)數(shù)據(jù)庫(kù)中棉花測(cè)序原始數(shù)據(jù)也逐漸增多。本研究通過(guò)對(duì)這些不同棉花組學(xué)數(shù)據(jù)的收集及有效的整理分析,建立了一個(gè)完善的多組學(xué)在線數(shù)據(jù)庫(kù),方便用戶(hù)查詢(xún)與可視化這些分析過(guò)后的結(jié)果,有助于棉花育種、棉花分子生物學(xué)及生物信息學(xué)的研究。取得的主要結(jié)果如下:（1）本研究對(duì)不同棉種的基因組的最新版本進(jìn)行了收集與補(bǔ)充注釋。通過(guò)比對(duì)至多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù),重新預(yù)測(cè)了基因的KEGG、GO、蛋白注釋、同源基因等多種信息。同時(shí),收集了棉花多個(gè)機(jī)構(gòu)開(kāi)發(fā)的SSR引物信息,去除冗余之后結(jié)合最新版本的海島棉、陸地棉基因組開(kāi)發(fā)出一套覆蓋全基因組的6萬(wàn)余對(duì)的基因組SSR引物信息;結(jié)合海島棉及陸地棉基因組之間差異,發(fā)掘出1358773個(gè)InDel位點(diǎn),基于這些位點(diǎn)設(shè)計(jì)出了一套高密度覆蓋海陸基因組的InDel引物。（2）本研究以公共數(shù)據(jù)的棉花多組學(xué)數(shù)據(jù)為基礎(chǔ),結(jié)合課題組自有的一部分?jǐn)?shù)據(jù),共收集分析了1180份重測(cè)序、314份常規(guī)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和384份表觀組數(shù)據(jù)。結(jié)合重測(cè)序數(shù)據(jù)在陸地棉、海... 

【文章頁(yè)數(shù)】：91 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
本文所用主要縮略詞
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 基因組測(cè)序發(fā)展
    1.2 多組學(xué)數(shù)據(jù)分析策略
        1.2.1 重測(cè)序數(shù)據(jù)研究
        1.2.2 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)研究
        1.2.3 表觀組測(cè)序數(shù)據(jù)研究
    1.3 多組學(xué)測(cè)序在植物中的應(yīng)用
    1.4 生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)
        1.4.1 組學(xué)數(shù)據(jù)的積累與存放
        1.4.2 二級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)
    1.5 研究的目的與意義
第二章 多組學(xué)數(shù)據(jù)的收集、分析與數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建
    2.1 研究背景
    2.2 材料和方法
        2.2.1 棉花多組學(xué)數(shù)據(jù)的收集與整理
        2.2.2 基因組注釋
        2.2.3 原始數(shù)據(jù)質(zhì)控
        2.2.4 重測(cè)序數(shù)據(jù)分析
        2.2.5 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析
        2.2.6 表觀組數(shù)據(jù)分析
        2.2.7 引物數(shù)據(jù)的收集與分析
        2.2.8 數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建
    2.3 組學(xué)數(shù)據(jù)分析結(jié)果
        2.3.1 原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)
        2.3.2 基因組注釋結(jié)果分析
        2.3.3 變異的鑒定與注釋
        2.3.4 群體結(jié)構(gòu)分析
        2.3.5 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)定量分析與共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
        2.3.6 表觀組學(xué)的數(shù)據(jù)整理
        2.3.7 全基因組引物開(kāi)發(fā)
        2.3.8 不同機(jī)構(gòu)的參考基因組及標(biāo)準(zhǔn)系重測(cè)序數(shù)據(jù)的差異
    2.4 棉花多組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建及應(yīng)用
        2.4.1 基因組注釋模塊
        2.4.2 變異查詢(xún)模塊
        2.4.3 基因表達(dá)模塊
        2.4.4 多組學(xué)數(shù)據(jù)瀏覽器
        2.4.5 其他在線工具
    2.5 討論
    2.6 本章小結(jié)
第三章 總結(jié)與展望
    3.1 結(jié)論
    3.2 展望
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
碩士論文
[1]非生物脅迫下棉花植物同源結(jié)構(gòu)域（PHD）轉(zhuǎn)錄因子的研究[D]. 楊雷.石河子大學(xué) 2013
[2]轉(zhuǎn)錄因子OSPHD1的過(guò)表達(dá)提高水稻耐逆性的研究[D]. 劉雨.安徽農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010



本文編號(hào)：3652171