牛結節(jié)性皮膚�。↙umpy skin disease,LSD）是由牛結節(jié)性皮膚病病毒（Lumpy skin disease virus,LSDV）感染牛,而引起的一種急性、亞急性的牛病毒性傳染病,以發(fā)燒（40℃以上）、多個部位出現(xiàn)皮膚結節(jié)、淺表淋巴結腫大等為主要臨床癥狀,還會伴有產奶量下降、流產、死胎、暫時性或永久性不育甚至死亡等嚴重后果,是嚴重影響我國畜牧業(yè)發(fā)展的一種外來病。近年來,隨著LSD不斷在世界其他地區(qū)的暴發(fā)和流行,該病于2019年8月在我國新疆伊犁哈薩克自治州首次大規(guī)模暴發(fā)。由于我國之前缺乏LSDV病原學和分子生物學的相關研究,本研究以中國農業(yè)科學院蘭州獸醫(yī)研究所分離、保存的LSDV/Xinjiang/2019株為研究對象,對其P32、GPCR、RPO30全長基因進行克隆和測序,并與國外其他分離毒株的進行遺傳演化關系及結構特征分析。目的:1.通過對LSDV/Xinjiang/2019分離株的P32、GPCR、RPO30基因進行遺傳進化分析,為LSDV的追蹤溯源提供參考依據(jù)。2.通過對LSDV/Xinjiang/2019株的P32、GPCR、RPO30基因所編碼蛋白質進行生物... 

【文章來源】：蘭州大學甘肅省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：62 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

LSDV/Xinjiang/2019分離株P32，GPCR和RPO30基因的PCR擴增

蘭州大學碩士學位論文我國首個LSDV分離株P32、GPCR和RPO30基因克隆及其遺傳演化關系與蛋白結構分析21圖2.2LSDV/Xinjiang/2019株與其他分離株P32核苷酸同源性比較Fig2.2ComparisonofnucleotideconsistencyofP32amongLSDV/Xinjiang/2019andotherisolates（2）GPCR基因核苷酸同源性分析結果利用BLAST工具對LSDV/Xinjiang/2019株的GPCR基因核苷酸序列（GenBankID：MN598006）進行比對分析，從中篩選了15株國內外已公布的其他CaPV毒株（見下表2.8）；利用MegAlin分析工具對這些不同毒株的GPCR基因做核苷酸同源性比較分析，結果如圖2.3所示，LSDV/Xinjiang/2019株的GPCR基因與其他CaPV分離株的核苷酸同源性為95.8%~99.2%，與LSDVRussia/2018株（MK358808）同源性較高，為99.2%；相比之下，LSDV/Xinjiang/2019株與Yemen/1983株（FJ869362）、Metekel/001/2010株（KP663705）這兩GTPV分離株的同源性則較低，分別為95.9%、95.8%。表2.8用于LSDVGPCR基因序列分析的參考序列Table2.8SequenceanalysisindifferentstrainsofLSDVGPCRgeneGenBank登錄號毒株名稱MN598006LSDVXinjiang/2019MK358808LSDVRussia/2018MH029290LSDVRussia/2017MK302071LSDVEmbu/B338/2011MK302087LSDVHoleta/B9/2008KY595106LSDVRussia/2015FJ869352LSDVBurkinaFasoFJ869369LSDVSudan/2006MF156211LSDVEgypt/VRLCU/2014

蘭州大學碩士學位論文我國首個LSDV分離株P32、GPCR和RPO30基因克隆及其遺傳演化關系與蛋白結構分析22續(xù)表2.8用于LSDVGPCR基因序列分析的參考序列KP663707LSDVMojo/B02/2011FJ869365LSDVNigerIbetecene/2009MF156212LSDVEgyptVRLCU-2/2014KP071936LSDVEgypt/2011FJ869353GTPVBurkinaBenogo3A/2009FJ869362GTPVYemen/1983KP663705GTPVMetekel/001/2010圖2.3LSDV/Xinjiang/2019株與其他分離株GPCR核苷酸同源性比較Fig2.3ComparisonofnucleotideconsistencyofGPCRamongLSDV/Xinjiang/2019andotherisolates（3）RPO30基因核苷酸同源性分析結果將LSDV/Xinjiang/2019株的RPO30基因核苷酸序列（GenBankID：MN598007）通過BLAST比對分析，從GenBank數(shù)據(jù)庫中選取12株已公布的CaPV其他毒株RPO30基因核苷酸序列（見下表2.9），利用MegAlign分析軟件對其做核苷酸同源性比較，結果如圖2.4所示，LSDV/Xinjiang/2019株的RPO30基因與其他CaPV分離株的核苷酸同源性為93.7%~99.7%，與LSDVSouthAfrica/1954株（GU119937）同源性最高，為99.7%；與來自我國的兩株SPPV分離株（MG458364和JQ310673）相比則同源性較低，均為93.7%。

【參考文獻】：
期刊論文
[1]我國首例牛結節(jié)性皮膚病的緊急流行病學調查[J]. 劉平,李金明,陳榮貴,程子瑞,施遠翔,包蘇雅拉圖,孫向東.  中國動物檢疫. 2020(01)
[2]新型鴨呼腸孤病毒QY株σB蛋白基因特征、二級結構預測及其細胞抗原表位分析[J]. 吳陽開,范文勝,張雪蓮,李智麗,郭錦玥,李文鋒,黃淑堅.  中國畜牧獸醫(yī). 2019(10)
[3]牛結節(jié)性皮膚病的流行現(xiàn)狀與傳播特征及其我國的防控策略[J]. 景志忠,賈懷杰,陳國華,何小兵,房永祥,王國蒨,陳思睿,楊帆,呂彥蓉,Takele Tesgera HURISA,殷宏.  中國獸醫(yī)科學. 2019(10)
[4]牛結節(jié)性皮膚病預警信息與風險管理[J]. 孫映雪,Tsviatko Alexandrov,宋建德,鄭雪光,魏榮,陳繼明.  中國動物檢疫. 2019(04)
[5]山胡椒LgCMK基因克隆與生物信息學預測分析[J]. 張金松,林子欣,胡錦赫,安基永,王佳,林善枝.  分子植物育種. 2020(07)
[6]牛結節(jié)性皮膚病病毒野毒株TaqMan-MGB熒光定量PCR檢測方法的建立[J]. 聶福平,孟向閣,王昱,楊俊,李賢良,王國民,韓雪清,李應國,侯長軍.  中國獸醫(yī)科學. 2019(04)
[7]奶牛常見的傳染性乳頭疾病[J]. 許殿洪.  畜牧獸醫(yī)科技信息. 2018(08)
[8]2013-2016年全球牛結節(jié)性皮膚病流行狀況分析[J]. 袁麗萍,宋建德.  中國動物檢疫. 2017(09)
[9]2015—2016年歐洲牛結節(jié)性皮膚病流行狀況分析[J]. 袁麗萍,宋建德.  中國動物檢疫. 2017(08)
[10]禽呼腸孤病毒σB和σC蛋白二級結構及其細胞抗原表位預測[J]. 黃莉,謝芝勛,謝麗基,鄧顯文,謝志勤,范晴,羅思思,黃嬌玲,曾婷婷,張艷芳,王盛.  中國畜牧獸醫(yī). 2016(11)

碩士論文
[1]綿羊痘病毒GY株的分離鑒定及靶向其RNA聚合酶基因siRNA的篩選[D]. 王曼.中國農業(yè)科學院 2015
[2]羊痘病毒屬病毒的基因芯片檢測方法研究[D]. 丁森.重慶理工大學 2012



本文編號：3119839