線粒體DNA（mtDNA）獨(dú)立于核基因組進(jìn)行復(fù)制轉(zhuǎn)錄,具有極高的專一性和獨(dú)特性,是進(jìn)行分類與鑒定的重要標(biāo)記。傻松口蘑作為松口蘑的取代產(chǎn)品備受關(guān)注,合理地開發(fā)利用傻松口蘑這一珍貴的野生資源意義深遠(yuǎn)。到目前為止,尚無傻松口蘑線粒體基因組的報(bào)道。本文以采自遼寧的一株傻松口蘑（Tricholoma bakamatsutake）菌株為研究對(duì)象,通過高通量測(cè)序組裝線粒體基因組,并進(jìn)行注釋分析。選取NCBI已發(fā)表的4個(gè)近緣物種,即Tricholoma matsutake、Laccaria amethystina、Laccaria bicolor以及Desarmillaria tabescens的基因組序列與傻松口蘑進(jìn)行比較,并根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)蛋白編碼基因進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析。傻松口蘑的線粒體基因組全長(zhǎng)122565 bp,包含了2個(gè)核糖體RNA（rnl、rns）、29個(gè)轉(zhuǎn)運(yùn)RNA（tRNA）、14個(gè)標(biāo)準(zhǔn)蛋白編碼基因（PCGs）、1個(gè)rps3以及13個(gè)基因間區(qū)開放閱讀框（ORF）。該線粒體基因組AT含量高達(dá)78.5%,符合真菌線粒體基因組高AT含量的特征。標(biāo)準(zhǔn)蛋白編碼基因PCGs的起始密碼子除cox1是以GTG起始... 

【文章來源】：山西大學(xué)山西省

【文章頁(yè)數(shù)】：51 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

傻松口蘑線粒體基因組環(huán)狀圖

傻松口蘑線粒體基因組的注釋分析及與近緣物種的比較20蘇氨酸的tRNA-Ile、tRNA-Ser、tRNA-Trp、tRNA-Met均有2個(gè)拷貝基因，其余15個(gè)tRNA分別對(duì)應(yīng)一個(gè)拷貝基因。圖2.2傻松口蘑線粒體基因組密碼子使用情況及堿基組成Figure2.2CodonusageandbasecompositionofthemitochondrialgenomeofTricholomabakamatsutake2.3.7基因間隔與重復(fù)序列在傻松口蘑線粒體基因組中，基因間隔范圍為0-3124bp；基因nad2和nad3，nad4L和nad5基因之間都有1bp的重疊，即有1個(gè)堿基共用。nad2基因的終止密碼子TAA的最后一個(gè)堿基A正是nad3起始密碼子ATG的第一個(gè)堿基A；nad5起始密碼子ATG的第一個(gè)堿基A是nad4L終止密碼子TAA的最后一個(gè)堿基。2.4小結(jié)(1)傻松口蘑線粒體基因組全長(zhǎng)為122565bp，包含14個(gè)PCGs、2個(gè)rRNA、29個(gè)tRNA，rps3以及13個(gè)獨(dú)立的ORF，基因間隔區(qū)序列較長(zhǎng)，無長(zhǎng)片段的重復(fù)。(2)傻松口蘑線粒體基因組28個(gè)內(nèi)含子分布于7個(gè)基因中。nad4-i1、cob-i6、cox2-i1以及核糖體大亞基rnl-i4中未發(fā)現(xiàn)ORF，顯示出序列退化的特征。(3)傻松口蘑mtDNA序列堿基組成、密碼子使用和氨基酸組成均具有偏好性。

傻松口蘑線粒體基因組的注釋分析及與近緣物種的比較26Laccariabicolor以及Desarmillariatabescens分別包含13個(gè)、5個(gè)、4個(gè)、8個(gè)以及9個(gè)ORF，將這些ORF序列進(jìn)行單獨(dú)抽調(diào)，通過NCBI進(jìn)行BLASTN分析，結(jié)果可以證明ORF只是單獨(dú)存在于各個(gè)線粒體基因組中對(duì)應(yīng)的基因中，序列未發(fā)現(xiàn)具有高相似性。3.3.7氨基酸組成對(duì)5個(gè)近緣物種的線粒體基因組編碼蛋白的氨基酸使用情況進(jìn)行詳細(xì)統(tǒng)計(jì)，結(jié)果如圖3.1所示。將編碼蛋白的氨基酸種類作比對(duì)分析，5個(gè)真菌均使用了20種氨基酸，對(duì)亮氨酸、異亮氨酸、苯丙氨酸、絲氨酸以及酪氨酸的使用頻率都很高，對(duì)于天冬酰胺的較高使用頻率則出現(xiàn)在Tricholomabakamatsutake、Tricholomamatsutake、Laccariaamethystina中，不是普遍現(xiàn)象；其余的氨基酸使用頻率相對(duì)較低。值得注意的是，Tricholomabakamatsutake與Tricholomamatsutake對(duì)于氨基酸的使用頻率的排序較一致，由此推斷Tricholomabakamatsutake與Tricholomamatsutake的親緣關(guān)系可能更相近。圖3.15個(gè)近緣物種線粒體基因組中氨基酸組成Figure3.1AminoacidcompositioninthemitochondrialgenomeoffiveRelatedspecies

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
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[3]膨大彎頸霉基因組進(jìn)化及交配型基因的初步研究[D]. 楊曉青.山西大學(xué) 2018
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