本文關(guān)鍵詞：家畜基因組選擇信號(hào)的比較研究，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：隨著生物學(xué)的不斷發(fā)展,生物遺傳學(xué)結(jié)合計(jì)算機(jī)科學(xué)和統(tǒng)計(jì)學(xué),利用先進(jìn)的理論知識(shí)對(duì)生物數(shù)據(jù)進(jìn)行研究和分析,了解生物學(xué)意義。選擇信號(hào)檢測(cè)是生物信息學(xué)的熱門研究之一,也是現(xiàn)代群體遺傳學(xué)研究中廣泛使用的方法,對(duì)于理解物種在自然選擇和人工選擇的進(jìn)化過程,具有促進(jìn)作用。利用選擇信號(hào)檢測(cè)方法對(duì)家畜全基因組進(jìn)行檢測(cè),了解基因型和表型性狀之間的關(guān)系,并為家畜育種方面提供了理論依據(jù)。首先,本文描述了研究背景及意義,介紹了選擇信號(hào)檢測(cè)在國(guó)內(nèi)外研究現(xiàn)狀及成果,對(duì)相關(guān)概念進(jìn)行了闡述,并且介紹了5種主要的選擇信號(hào)檢測(cè)方法：Fst檢測(cè)、EHH檢測(cè)、iHS檢測(cè)、Xp-EHH檢測(cè)和hapFLK檢測(cè)。其次,本文詳細(xì)的介紹了試驗(yàn)過程,包括試驗(yàn)材料、試驗(yàn)方法、數(shù)據(jù)的處理方法和數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)分析方法。以ovine SNP50 HapMap中4個(gè)肉用和4個(gè)毛用綿羊品種的數(shù)據(jù)為主要研究對(duì)象,然后利用Plink軟件對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控處理,并按照樣本個(gè)體數(shù)量和樣本個(gè)體SNP數(shù)量的差異進(jìn)行分組,選取Fst檢測(cè)、Xp-EHH檢測(cè)和hapFLK檢測(cè)方法對(duì)整理好的數(shù)據(jù)進(jìn)行檢測(cè)。最后,本文對(duì)三種檢測(cè)方法得到的數(shù)據(jù)結(jié)果進(jìn)行比較分析,通過數(shù)據(jù)說明三種檢測(cè)方法的差異和特性,并對(duì)檢測(cè)結(jié)果進(jìn)行相關(guān)生物學(xué)分析。結(jié)果說明三種檢測(cè)方法中,在樣本個(gè)體數(shù)量和樣本個(gè)體SNP數(shù)量不同的檢測(cè)條件下,Xp-EHH檢測(cè)方法穩(wěn)定性較好；Fst檢測(cè)方法在樣本個(gè)體SNP數(shù)量差異的條件下檢測(cè)效果較好；hapFLK受兩種檢測(cè)條件的影響較大。然后選取檢測(cè)結(jié)果中選擇信號(hào)較強(qiáng)的部分進(jìn)行基因注釋,找到的大部分基因都有相關(guān)文獻(xiàn)資料為依據(jù)。
【關(guān)鍵詞】：生物信息學(xué) 選擇信號(hào) 全基因組 家畜
【學(xué)位授予單位】：新疆農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：S813
【目錄】：

• 摘要3-4
• Abstract4-7
• 第1章 緒論7-16
• 1.1 研究背景及意義7-8
• 1.2 國(guó)內(nèi)外研究現(xiàn)狀8-9
• 1.2.1 國(guó)外研究現(xiàn)狀8
• 1.2.2 國(guó)內(nèi)研究現(xiàn)狀8-9
• 1.3 SNP概述9-10
• 1.3.1 SNP的定義9-10
• 1.3.2 SNP分類10
• 1.3.3 SNP的研究意義10
• 1.4 單倍型相關(guān)概念10-11
• 1.4.1 單倍型10-11
• 1.4.2 單倍型塊11
• 1.4.3 單倍型標(biāo)簽SNP11
• 1.5 連鎖不平衡11-13
• 1.5.1 連鎖不平衡的定義11-12
• 1.5.2 連鎖不平衡的理論12-13
• 1.5.3 連鎖不平衡的影響因素13
• 1.5.4 連鎖不平衡關(guān)聯(lián)分析13
• 1.6 MAF13-14
• 1.7 選擇信號(hào)檢測(cè)概述14-15
• 1.7.1 選擇信號(hào)的定義14
• 1.7.2 選擇信號(hào)的檢測(cè)方法14-15
• 1.7.3 選擇信號(hào)研究與發(fā)展15
• 1.8 基因組注釋15
• 1.9 GO富集分析15-16
• 第2章 材料與方法16-31
• 2.1 試驗(yàn)材料16-23
• 2.2 試驗(yàn)方法23-30
• 2.2.1 技術(shù)路線23
• 2.2.2 實(shí)驗(yàn)方法23-25
• 2.2.3 基因型數(shù)據(jù)處理25-26
• 2.2.4 統(tǒng)計(jì)分析26-30
• 2.3 本章小結(jié)30-31
• 第3章 結(jié)果與分析31-52
• 3.1 基因型質(zhì)控結(jié)果31-32
• 3.2 選擇信號(hào)分析結(jié)果32-47
• 3.2.1 選擇信號(hào)檢測(cè)32-42
• 3.2.2 檢測(cè)方法分析比較42-47
• 3.3 基因注釋結(jié)果分析47-48
• 3.4 基因富集結(jié)果分析48-51
• 3.5 本章小結(jié)51-52
• 第4章 討論52-54
• 4.1 選擇信號(hào)分析52-53
• 4.2 候選基因分析53
• 4.3 本章小節(jié)53-54
• 第5章 全文總結(jié)54-55
• 參考文獻(xiàn)55-58
• 致謝58-59
• 作者簡(jiǎn)歷59

【相似文獻(xiàn)】

中國(guó)博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

1 馬云龍;畜禽基因組選擇信號(hào)檢測(cè)策略與應(yīng)用研究[D];中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

中國(guó)碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

1 羅鵬;家畜基因組選擇信號(hào)的比較研究[D];新疆農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

  本文關(guān)鍵詞：家畜基因組選擇信號(hào)的比較研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號(hào)：271089