懷地黃連作障礙的微生物學(xué)機(jī)制及益生菌劑的研發(fā)
【圖文】:
圖 2-1 樣品群落稀釋曲線(A:細(xì)菌;B:真菌)所有樣品的稀釋曲線在 0-5000 條序列時(shí)快速上升,,5000 條序列之后增速逐漸接近飽和點(diǎn),曲線趨于平坦,說(shuō)明測(cè)序數(shù)據(jù)量漸進(jìn)合理,更多的序列只會(huì)產(chǎn)生少量新的物種(圖 2-1),而本次測(cè)序深度均達(dá)到 30000 條,所以測(cè)序深度已基本可以覆蓋樣品中的所有微生物,達(dá)到后續(xù)分析要求。(2)OTU 聚類(lèi)及物種注釋概況為了方便快速全面的了解各樣品的 OTU 聚類(lèi)情況和注釋情況,對(duì)各樣品的 OTU 聚類(lèi)和注釋結(jié)果進(jìn)行了綜合統(tǒng)計(jì)。就細(xì)菌而言,13 個(gè)樣品共得到 711347 個(gè)有種屬標(biāo)記的Tags,平均每個(gè)樣品約有 54719 個(gè) Tags(圖 2-2 A),有效數(shù)據(jù)以 97%的一致性(Identity)進(jìn)行 OTUs 聚類(lèi),13 個(gè)樣品共獲得 50356 個(gè) OTUs。在 G1h2、G1h3、G1d1、G1d2、G1d3、G1d4、G2h1、G2h2、G2h4、G2d1、G2d2、G2d3 和 G2d4 中分別有 4862、4293、4710、4501、2666、3954、3286、3783、3881、3215、3420、3653 和 4132 個(gè) OTUs。真菌方A B
17B圖 2-2 各樣品的 OTUs 聚類(lèi)和注釋情況統(tǒng)計(jì) A:細(xì)菌;B:真菌。橫坐標(biāo)是樣品名;第一縱坐標(biāo)(TagsNumber)是 Tags 數(shù)目;Total Tags(紅色):指每個(gè)樣品的總的 Tags 數(shù)目(等同于 Effective Tags,每個(gè)樣品用于 OTU 聚類(lèi)等后續(xù)分析的有效數(shù)據(jù));Unique Tags(橙色):指頻數(shù)為 1,并且無(wú)法被聚類(lèi)到 OTUs 的 Tags 數(shù)目(無(wú)法聚類(lèi)到 OTUs 的序列將不用于后續(xù)分析);Taxon Tags(藍(lán)色):指用于構(gòu)建 OTUs 并且獲得注釋信息的 Tags 數(shù)目;Unclassified Tags(茶綠色)指沒(méi)有獲得注釋信息的 Tags數(shù)目;第二縱坐標(biāo)(OTUs Number)是 OTUs 的數(shù)目,OTUs(紫色):指每個(gè)樣品得到的 OTUs 數(shù)目。G1h1 樣品可能因取樣問(wèn)題,得到的 OTU 絕大部分是植物的,所以不用于后續(xù)分析。(3)連作與非連作條件下健康和病害懷地黃根際土壤門(mén)水平的微生物群落組成研究
【學(xué)位授予單位】:河南師范大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2017
【分類(lèi)號(hào)】:S435.672
【參考文獻(xiàn)】
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本文編號(hào):2540646
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