胃癌是一種基因異質性腫瘤,其發(fā)生率和死亡率位于消化系統(tǒng)腫瘤的第二位。目前,胃癌的分型以Lauran分型應用最為廣泛。隨著基因測序技術的發(fā)展,新的分型形式如分子分型應勢被提出,且隨著人們對胃癌分子特征及臨床意義的認識的深入,發(fā)現(xiàn)目前的分子分型體系并不能滿足臨床的應用,因此急需新的分型系統(tǒng)去進行補充和完善。另外,胃癌的治療策略單一,藥物靶標少、療效差,從而使得胃癌的治愈率一直很低。因此本論文主要針對以上兩個問題來開展研究。本研究主要利用TCGA分型系統(tǒng)中2014和2018數(shù)據(jù)集各亞型(CIN,EBV,GS,MSI)的RNA-seq數(shù)據(jù),對胃癌中腫瘤與正常樣本以及四個亞型間進行差異表達分析,再將各個比較組的差異表達基因進行取交集分析。最終,篩選出了74個在各亞型中具有差異表達,且低突變率的涉及多個生物學過程的基因;另外,這些基因甲基化狀態(tài)與表達狀態(tài)呈負相關,且基因之間沒有很強的相互作用關系�；跓o監(jiān)督層次聚類的分類方法,利用以上篩選出來的74個差異表達基因將TCGA數(shù)據(jù)集中的樣本分成了三種亞型:A亞型,B亞型和C亞型,而將ACRG數(shù)據(jù)集中的分成兩種亞型:A亞型和B亞型;隨后,分別對兩數(shù)據(jù)集中各...

【文章頁數(shù)】：177 頁

【學位級別】：博士

【部分圖文】：

圖1.2胃癌的分子機制及其生物標志物Figure1.2Molecularmechanismsandbiomarkersingastriccancer

圖1.2胃癌的分子機制及其生物標志物Figure1.2Molecularmechanismsandbiomarkersingastriccancer附注：該表格引自2018ASCOEducationalBOOK:WhatWillWeExpectFromNov....

圖1.3AKRs家族系統(tǒng)發(fā)育樹

圖1.3AKRs家族系統(tǒng)發(fā)育樹Figure1.3PhylogenetictreeofhumanAKRs二醇脫氫酶2，與家族成員AKR1C1，AKR1C源性，都位于10號染色體上，它們的序列有8-9個長度一致的內含子組成，因此有學者。通過轉錄組測序分析AK....

圖1.4AKR1C2剪切異構體

圖1.4AKR1C2剪切異構體Figure1.4ThespliceisoformsofAKR1C2[129]AKR1C2的表達異常會引起雄性激素分泌紊亂，月經(jīng)前期綜合征及子宮內膜異位等癥狀，在卵巢和子宮內膜中它的過表達會加快孕酮的代謝，且會促進前列腺癌，膀胱癌，乳....

圖2.1TCGA數(shù)據(jù)庫中胃癌樣本信息Figure2.1SampleinformationofgastriccancerinTCGAdatabase

第二章74個差異表達基因的篩選癌種及多平臺所得的分子分型，在宏觀角度解釋了各自的特了其具有的臨床意義，但是對于臨床的應用卻是比較困難的太多，且是在不同分子水平上（SNV，CNV，RNA及甲基化素太多且檢測指標多和不明確是目前該分子分型在臨床應用。因此本章主要目的就是基于以上....

本文編號：4016308