原發(fā)性膽汁性膽管炎(primary biliary cholangitis,PBC)是一種以血清堿性磷酸酶異常升高、肝內(nèi)中小膽管損傷和抗線粒體抗體抗體(anti-mitochondrial antibodies,AMA)產(chǎn)生為主要特點的自身免疫病。除了AMA,抗sp100抗體和抗gp210抗體是PBC的兩個重要抗核抗體(anti-nuclear antibodies,ANA)血清標(biāo)志物,特異性接近100%,出現(xiàn)在10%⁴0%的患者血清中并且可能參與疾病進(jìn)展。PBC有很強的遺傳易感性,不同人種的遺傳學(xué)研究發(fā)現(xiàn)多個PBC易感位點。目前PBC抗核抗體產(chǎn)生的遺傳基礎(chǔ)還不清楚,揭示與這些抗體產(chǎn)生相關(guān)的遺傳因素將有助于我們對疾病的認(rèn)識和深入理解發(fā)病機制。本研究在全基因組范圍內(nèi)探究分別與PBC抗gp210抗體和抗sp100抗體產(chǎn)生關(guān)聯(lián)的主要遺傳決定因素。主要內(nèi)容如下:1、AMA、抗sp100抗體和抗gp210抗體檢測的酶聯(lián)免疫吸附法的建立和對患者血清自身抗體的定性檢測。2、基于漢族人群PBC樣本的Illumina中華芯片的SNP分型數(shù)據(jù),使用PLINK軟件對930例PBC患者中...

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【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

圖1MHC基因型填充[26]

GWA數(shù)據(jù)的基因型填充能夠增加單核苷酸多態(tài)性的密度,尋找已知的關(guān)聯(lián)位點周圍的其他關(guān)聯(lián)SNP,同時提高對采用了不合適的標(biāo)簽SNP(taggingSNP,tagSNP)進(jìn)行標(biāo)記的SNP的檢驗效能。此外,基因型填充也被用到GWAS數(shù)據(jù)的Meta分析中。由于不同GWAS使用的芯片不同,....

圖2技術(shù)路線圖

本課題的目的及意義:在漢族人群PBC全基因組SNP分型數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)上,確定與PBC抗核抗體亞型顯著關(guān)聯(lián)的遺傳變異位點,探討這些遺傳變異和多態(tài)性的在PBC發(fā)病機制中可能的作用,為PBC的風(fēng)險預(yù)測,早期診斷和治療提供靶目標(biāo)。2.1PBC遺傳學(xué)研究

圖3SNP2HLAImputation過程概述[27]

SNP2HLA能夠?qū)LA等位基因、氨基酸殘基(標(biāo)記為存在/缺失)、SNP和插入/缺失(insertion/deletions,indels)進(jìn)行標(biāo)記。SNP2HLA的基因型填充過程如圖3所示,目的是盡量減少提前假設(shè)致病變異類型,在一個非偏倚的模式下檢測所有的變異。SNP2HLA....

圖4BPO重組蛋白和BP重組蛋白示意圖

AMA-M2的靶抗原是線粒體內(nèi)膜上2-OADC家族的主要成分,包括PDC-E2、BCOADC-E2、OGDC-E2、E3BP、PDC-E1α和PDC-E1β。PBC患者針對后三者抗原的血清反應(yīng)較少,主要與前三者抗原成分反應(yīng)。本研究對PDC-E2、BCOADC-E2和OGDC-E2....

本文編號：3946188